182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1208 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1353  putative signal transduction protein  81.47 
 
 		 491 aa  837    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000653082  unclonable  0.00000000000231151 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3337  hypothetical protein  87.77 
 
 		 466 aa  852    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3025  putative signal transduction protein  81.26 
 
 		 491 aa  836    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00183954  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1208  putative signal transduction protein  100 
 
 		 488 aa  1008    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00549389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1279  putative signal transduction protein  99.59 
 
 		 488 aa  1004    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.013927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1209  putative signal transduction protein  95.08 
 
 		 488 aa  963    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3168  putative signal transduction protein  81.47 
 
 		 491 aa  836    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00384337  unclonable  0.00000465328 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3010  putative signal transduction protein  82.23 
 
 		 451 aa  721    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0105038  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2379  putative signal transduction protein  60.53 
 
 		 488 aa  610  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.591266 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1247  hypothetical protein  58.49 
 
 		 489 aa  591  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349611  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1103  putative signal transduction protein  59.67 
 
 		 484 aa  581  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1529  putative signal transduction protein  59.27 
 
 		 494 aa  581  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.977426  normal  0.03285 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1416  putative signal transduction protein  57.79 
 
 		 493 aa  578  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1277  putative signal transduction protein  56.85 
 
 		 482 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1291  putative signal transduction protein  55.97 
 
 		 491 aa  548  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1009  hypothetical protein  32.77 
 
 		 486 aa  273  7e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26696  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2062  putative signal transduction protein  30.99 
 
 		 480 aa  230  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.100878 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0557  putative signal transduction protein  32.16 
 
 		 477 aa  229  6e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2025  putative signal transduction protein  28.25 
 
 		 476 aa  196  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0465595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0250  putative signal transduction protein  28.39 
 
 		 470 aa  187  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.889459  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1602  protein kinase:GAF  24.9 
 
 		 790 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.711215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0100  signal transduction protein  25.05 
 
 		 546 aa  111  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.114046  normal  0.288231 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1323  putative signal transduction protein  24.84 
 
 		 476 aa  92.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.282046  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2728  serine/threonine protein kinase  22.56 
 
 		 824 aa  90.9  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5604  hypothetical protein  21.73 
 
 		 480 aa  89.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1797  serine/threonine protein kinase  31.1 
 
 		 791 aa  87.8  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0902277  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1364  serine/threonine protein kinase  29.15 
 
 		 790 aa  84.7  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.498929  normal  0.194256 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5787  putative signal transduction protein  21.83 
 
 		 488 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.490103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1054  putative signal transduction protein  25.23 
 
 		 582 aa  75.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1569  putative signal transduction protein  26.52 
 
 		 485 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2435  putative signal transduction protein  27.71 
 
 		 438 aa  72.4  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2872  hypothetical protein  22.63 
 
 		 484 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2914  signal transduction protein-like  26.25 
 
 		 485 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.87511 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1735  hypothetical protein  20.82 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00484301  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1495  hypothetical protein  26.59 
 
 		 484 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1356  hypothetical protein  26.59 
 
 		 484 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1362  hypothetical protein  26.59 
 
 		 484 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.408165  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2117  putative signal transduction protein  25.59 
 
 		 499 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1778  putative signal transduction protein  24.81 
 
 		 485 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.8908 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0709  putative signal transduction protein  26.21 
 
 		 507 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2064  metal dependent phosphohydrolase  27.5 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.482341  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1188  putative signal transduction protein  26.21 
 
 		 507 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4147  putative signal transduction protein  23.68 
 
 		 274 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4280  putative signal transduction protein  23.68 
 
 		 274 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0660971 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  26.44 
 
 		 517 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4298  putative signal transduction protein  26.47 
 
 		 499 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.184086 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0187  putative signal transduction protein  23.68 
 
 		 274 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1164  putative signal transduction protein  26.21 
 
 		 502 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.115265 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0100  hypothetical protein  24.88 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254877  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0073  metal dependent phosphohydrolase  26.34 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2245  hypothetical protein  25.63 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0596147  normal  0.358585 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3758  putative signal transduction protein  22.9 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3831  putative signal transduction protein  22.9 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3956  putative signal transduction protein  22.78 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2448  HDIG domain-containing protein  27.94 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3984  metal dependent phosphohydrolase  27.43 
 
 		 427 aa  63.5  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0188  putative signal transduction protein  22.81 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1978  HDIG  34.27 
 
 		 280 aa  62.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.663445 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1592  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.18 
 
 		 703 aa  62.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1068  putative signal transduction protein  21.37 
 
 		 507 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02093  HD domain protein  22.73 
 
 		 292 aa  62.8  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.394256  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0073  metal dependent phosphohydrolase  25.81 
 
 		 292 aa  62.4  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1068  putative signal transduction protein  25.49 
 
 		 507 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2479  hypothetical protein  24.78 
 
 		 275 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3214  putative signal transduction protein  26.07 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4563  hypothetical protein  23.11 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0035  metal dependent phosphohydrolase  24.14 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0532  hypothetical protein  21.4 
 
 		 274 aa  59.3  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0294  HD domain-containing protein  24.34 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0824041  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2486  histidine kinase  23.2 
 
 		 716 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1506  hypothetical protein  22.29 
 
 		 481 aa  58.9  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.107758  normal  0.907122 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1582  thiamine-phosphate kinase  26.51 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2936  putative signal transduction protein  24.73 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0085333  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2349  metal dependent phosphohydrolase  25.19 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.382123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1312  metal dependent phosphohydrolase  30.43 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368639  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3744  sensor histidine kinase  24.07 
 
 		 718 aa  57  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.297445 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1403  putative signal transduction protein  26.52 
 
 		 280 aa  57  0.0000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1128  putative signal transduction protein  26.34 
 
 		 270 aa  57  0.0000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3455  putative signal transduction protein  22.38 
 
 		 274 aa  57  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0779  metal dependent phosphohydrolase  27.53 
 
 		 297 aa  57  0.0000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0559606  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1497  metal dependent phosphohydrolase  29.93 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1771  metal dependent phosphohydrolase  27.69 
 
 		 297 aa  56.6  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1690  putative signal transduction protein  22.9 
 
 		 305 aa  55.8  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2242  metal dependent phosphohydrolase  28.14 
 
 		 291 aa  55.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1583  putative signal transduction protein  22.5 
 
 		 279 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.23287  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1184  histidine kinase  23.36 
 
 		 730 aa  55.5  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0470361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0515  metal dependent phosphohydrolase  22.99 
 
 		 282 aa  55.5  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000329454  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0944  metal dependent phosphohydrolase  25.4 
 
 		 284 aa  54.7  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1199  putative signal transduction protein  25.11 
 
 		 269 aa  54.7  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000261595  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2515  putative signal transduction protein  24.52 
 
 		 293 aa  54.7  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2772  metal dependent phosphohydrolase  21.78 
 
 		 285 aa  54.3  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.846457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2816  metal dependent phosphohydrolase  22.41 
 
 		 297 aa  54.3  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3214  metal dependent phosphohydrolase  21.53 
 
 		 282 aa  53.9  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000585577  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0904  HD domain-containing protein  24.04 
 
 		 289 aa  53.5  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3014  HD domain-containing protein  26.05 
 
 		 302 aa  53.5  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3268  metal dependent phosphohydrolase  22.66 
 
 		 297 aa  52.8  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.927802  hitchhiker  0.0000364844 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2695  metal dependent phosphohydrolase  24.62 
 
 		 409 aa  53.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3231  putative signal transduction protein  24.74 
 
 		 352 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  26.36 
 
 		 634 aa  52.4  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0281  metal dependent phosphohydrolase  24.88 
 
 		 284 aa  52.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00372927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>