178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1277 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1416  putative signal transduction protein  67.15 
 
 		 493 aa  671    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1277  putative signal transduction protein  100 
 
 		 482 aa  993    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1291  putative signal transduction protein  62.63 
 
 		 491 aa  629  1e-179  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1529  putative signal transduction protein  64.09 
 
 		 494 aa  625  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.977426  normal  0.03285 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2379  putative signal transduction protein  63.67 
 
 		 488 aa  619  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.591266 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1247  hypothetical protein  58.25 
 
 		 489 aa  594  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349611  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3168  putative signal transduction protein  58.14 
 
 		 491 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00384337  unclonable  0.00000465328 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3025  putative signal transduction protein  57.73 
 
 		 491 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00183954  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1353  putative signal transduction protein  57.73 
 
 		 491 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000653082  unclonable  0.00000000000231151 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1279  putative signal transduction protein  57.05 
 
 		 488 aa  578  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.013927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1103  putative signal transduction protein  57.62 
 
 		 484 aa  580  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1208  putative signal transduction protein  56.85 
 
 		 488 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00549389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1209  putative signal transduction protein  56.85 
 
 		 488 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280161  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3337  hypothetical protein  55.46 
 
 		 466 aa  541  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3010  putative signal transduction protein  58.57 
 
 		 451 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0105038  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1009  hypothetical protein  34.17 
 
 		 486 aa  290  5.0000000000000004e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26696  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2062  putative signal transduction protein  31.73 
 
 		 480 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.100878 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0557  putative signal transduction protein  31.15 
 
 		 477 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2025  putative signal transduction protein  26.54 
 
 		 476 aa  183  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0465595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0250  putative signal transduction protein  26.53 
 
 		 470 aa  168  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.889459  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0100  signal transduction protein  26.26 
 
 		 546 aa  129  8.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.114046  normal  0.288231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1602  protein kinase:GAF  24.5 
 
 		 790 aa  120  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.711215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1364  serine/threonine protein kinase  24.08 
 
 		 790 aa  116  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.498929  normal  0.194256 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1797  serine/threonine protein kinase  22.22 
 
 		 791 aa  98.2  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0902277  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2728  serine/threonine protein kinase  22.73 
 
 		 824 aa  97.1  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1323  putative signal transduction protein  25.21 
 
 		 476 aa  96.3  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.282046  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1054  putative signal transduction protein  29.91 
 
 		 582 aa  89  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5787  putative signal transduction protein  21.41 
 
 		 488 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.490103 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5604  hypothetical protein  22.08 
 
 		 480 aa  83.6  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1495  hypothetical protein  21.86 
 
 		 484 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1356  hypothetical protein  21.86 
 
 		 484 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2872  hypothetical protein  22.18 
 
 		 484 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1362  hypothetical protein  21.86 
 
 		 484 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.408165  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1068  putative signal transduction protein  21.25 
 
 		 507 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1068  putative signal transduction protein  24.88 
 
 		 507 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4280  putative signal transduction protein  24.04 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0660971 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0187  putative signal transduction protein  24.04 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4147  putative signal transduction protein  24.04 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0073  metal dependent phosphohydrolase  27.19 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2117  putative signal transduction protein  24.15 
 
 		 499 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0709  putative signal transduction protein  21.24 
 
 		 507 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1506  hypothetical protein  22.31 
 
 		 481 aa  69.3  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.107758  normal  0.907122 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1403  putative signal transduction protein  28.32 
 
 		 280 aa  69.7  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1188  putative signal transduction protein  21.24 
 
 		 507 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4298  putative signal transduction protein  21.16 
 
 		 499 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.184086 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1164  putative signal transduction protein  24.52 
 
 		 502 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.115265 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0188  putative signal transduction protein  23.56 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3956  putative signal transduction protein  23.08 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1735  hypothetical protein  21.67 
 
 		 477 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00484301  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3758  putative signal transduction protein  22.6 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3831  putative signal transduction protein  22.6 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0073  metal dependent phosphohydrolase  26.51 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2914  signal transduction protein-like  21.49 
 
 		 485 aa  67  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.87511 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1312  metal dependent phosphohydrolase  28.22 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368639  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2448  HDIG domain-containing protein  27.64 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4563  hypothetical protein  22.12 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1592  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.63 
 
 		 703 aa  64.3  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1569  putative signal transduction protein  21.75 
 
 		 485 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3214  putative signal transduction protein  26.58 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1778  putative signal transduction protein  24.51 
 
 		 485 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.8908 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  26.26 
 
 		 517 aa  60.8  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0944  metal dependent phosphohydrolase  24.29 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0663  metal dependent phosphohydrolase  24.57 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1161  metal dependent phosphohydrolase  23.53 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.663858  normal  0.172045 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2936  putative signal transduction protein  25.41 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0085333  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0476  putative signal transduction protein  27.72 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.16695  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0532  hypothetical protein  24.33 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2816  metal dependent phosphohydrolase  21.76 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3455  putative signal transduction protein  24.75 
 
 		 274 aa  59.7  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0281  metal dependent phosphohydrolase  26.6 
 
 		 284 aa  59.7  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00372927  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1583  putative signal transduction protein  23.08 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.23287  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1497  metal dependent phosphohydrolase  31.91 
 
 		 285 aa  58.9  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0651  metal dependent phosphohydrolase  24.37 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0100  hypothetical protein  24.52 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254877  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0515  metal dependent phosphohydrolase  21.84 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000329454  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0674  hypothetical protein  21.94 
 
 		 284 aa  57  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0011  putative signal transduction protein  27.64 
 
 		 334 aa  57  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000072807 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0035  metal dependent phosphohydrolase  24.39 
 
 		 298 aa  57  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2435  putative signal transduction protein  25.71 
 
 		 438 aa  57  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0840  hypothetical protein  23.86 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0225813 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02093  HD domain protein  21.5 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.394256  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1981  metal dependent phosphohydrolase  25.65 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1184  histidine kinase  22.22 
 
 		 730 aa  56.6  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0470361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1582  thiamine-phosphate kinase  29.03 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0904  HD domain-containing protein  25.12 
 
 		 289 aa  55.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1978  HDIG  38.46 
 
 		 280 aa  56.6  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.663445 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1986  metal dependent phosphohydrolase  27.03 
 
 		 280 aa  56.6  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0536621  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2349  metal dependent phosphohydrolase  25.94 
 
 		 293 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.382123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4190  metal dependent phosphohydrolase  24.32 
 
 		 284 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885116  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2296  HD domain-containing protein  24.86 
 
 		 304 aa  55.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.569971  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4398  hypothetical protein  24.44 
 
 		 283 aa  55.5  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0168  metal dependent phosphohydrolase  25.82 
 
 		 407 aa  55.5  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3214  metal dependent phosphohydrolase  24.64 
 
 		 282 aa  55.1  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000585577  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0007  putative signal transduction protein  26.9 
 
 		 346 aa  55.1  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4407  hypothetical protein  22.84 
 
 		 280 aa  54.7  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.413637  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2064  metal dependent phosphohydrolase  24.71 
 
 		 397 aa  54.3  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.482341  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3649  hypothetical protein  22.08 
 
 		 283 aa  54.7  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  26.46 
 
 		 505 aa  54.3  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3356  putative signal transduction protein  26.15 
 
 		 276 aa  54.3  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000102808  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3984  metal dependent phosphohydrolase  30.33 
 
 		 427 aa  54.3  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>