42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2038 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2038  lycopene beta and epsilon cyclase  100 
 
 		 417 aa  845    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1488  Lycopene beta and epsilon cyclase  33.15 
 
 		 388 aa  151  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000548703 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0447  Lycopene beta and epsilon cyclase  28.76 
 
 		 393 aa  150  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0382  Lycopene beta and epsilon cyclase  30.77 
 
 		 397 aa  149  9e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02164  hypothetical protein  27.94 
 
 		 385 aa  146  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00930  putative lycopene cyclase  25 
 
 		 383 aa  140  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0157351  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1563  Lycopene beta and epsilon cyclase  30.75 
 
 		 391 aa  140  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0926  lycopene beta and epsilon cyclase  25.33 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.294994  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4955  Lycopene beta and epsilon cyclase  25.71 
 
 		 388 aa  130  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127751  normal  0.0780528 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3568  Lycopene beta and epsilon cyclase  30.96 
 
 		 410 aa  129  8.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2408  lycopene beta and epsilon cyclase  31.28 
 
 		 419 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3088  putative lycopene cyclase  31.77 
 
 		 393 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2557  lycopene beta and epsilon cyclase  30.48 
 
 		 416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.329611  decreased coverage  0.00000286937 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0091  Lycopene beta and epsilon cyclase  29.87 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.457408  normal  0.139356 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2209  lycopene cyclase  26.33 
 
 		 384 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3135  lycopene cyclase  28.83 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2062  lycopene cyclase (CrtL-type)  25.65 
 
 		 411 aa  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1713  lycopene cyclase  24.44 
 
 		 395 aa  56.6  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0564818  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3576  lycopene cyclase  25.94 
 
 		 385 aa  54.7  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.243504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1817  lycopene cyclase  27.63 
 
 		 398 aa  54.7  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43800  predicted protein  22.9 
 
 		 528 aa  54.7  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5144  lycopene cyclase family protein  27.98 
 
 		 359 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0688  lycopene cyclase (CrtL-type)  26.07 
 
 		 414 aa  52.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.103999  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15221  putative lycopene beta cyclase  26.07 
 
 		 414 aa  51.6  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2643  lycopene cyclase family protein  26.1 
 
 		 413 aa  50.4  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3060  lycopene beta and epsilon cyclase  28.64 
 
 		 401 aa  50.8  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11691  putative lycopene beta cyclase  24.89 
 
 		 403 aa  50.4  0.00006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.451912  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1941  lycopene cyclase (CrtL-type)  28.21 
 
 		 412 aa  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0950  lycopene cyclase family protein  28.09 
 
 		 401 aa  49.7  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.75613 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09161  putative lycopene beta cyclase  27.56 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.345698 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11701  putative lycopene beta cyclase  24.89 
 
 		 403 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_56484  precursor of cyclase lycopene beta cyclase  31.01 
 
 		 659 aa  48.9  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00169655  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43511  predicted protein  33.33 
 
 		 442 aa  48.1  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.746424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23511  putative lycopene epsilon cyclase  24.35 
 
 		 426 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.96532 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11541  putative lycopene beta cyclase  27.01 
 
 		 403 aa  47  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0749733  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1075  lycopene cyclase (CrtL-type)  25 
 
 		 403 aa  46.6  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3200  lycopene cyclase  22.95 
 
 		 380 aa  45.8  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.696424  normal  0.730117 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0073  lycopene cyclase (CrtL-type)  26.63 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06951  putative lycopene epsilon cyclase  24.1 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.261974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0857  lycopene cyclase, beta and epsilon  27.12 
 
 		 435 aa  43.9  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.27031 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06991  putative lycopene epsilon cyclase  23.46 
 
 		 427 aa  43.1  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.28746  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0724  lycopene cyclase, beta and epsilon  28.06 
 
 		 407 aa  43.1  0.01  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.499997  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>