21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2408 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2408  lycopene beta and epsilon cyclase  100 
 
 		 419 aa  804    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2557  lycopene beta and epsilon cyclase  91.42 
 
 		 416 aa  646    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.329611  decreased coverage  0.00000286937 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3088  putative lycopene cyclase  45.53 
 
 		 393 aa  251  1e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3568  Lycopene beta and epsilon cyclase  46.84 
 
 		 410 aa  240  4e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0091  Lycopene beta and epsilon cyclase  45.72 
 
 		 382 aa  236  5.0000000000000005e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.457408  normal  0.139356 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1563  Lycopene beta and epsilon cyclase  38.38 
 
 		 391 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1488  Lycopene beta and epsilon cyclase  38.6 
 
 		 388 aa  225  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000548703 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0382  Lycopene beta and epsilon cyclase  37.96 
 
 		 397 aa  224  3e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00930  putative lycopene cyclase  27.06 
 
 		 383 aa  187  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0157351  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0447  Lycopene beta and epsilon cyclase  30.61 
 
 		 393 aa  185  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0926  lycopene beta and epsilon cyclase  28.08 
 
 		 389 aa  162  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.294994  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2038  lycopene beta and epsilon cyclase  32.8 
 
 		 417 aa  150  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4955  Lycopene beta and epsilon cyclase  27.15 
 
 		 388 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127751  normal  0.0780528 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02164  hypothetical protein  24.94 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3060  lycopene beta and epsilon cyclase  26.91 
 
 		 401 aa  60.5  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1713  lycopene cyclase  27.65 
 
 		 395 aa  57  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0564818  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1941  lycopene cyclase (CrtL-type)  26.05 
 
 		 412 aa  50.8  0.00005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43800  predicted protein  27.24 
 
 		 528 aa  49.3  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2062  lycopene cyclase (CrtL-type)  22.92 
 
 		 411 aa  46.6  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0950  lycopene cyclase family protein  31.15 
 
 		 401 aa  45.8  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.75613 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2394  lycopene cyclase family protein  30.03 
 
 		 374 aa  44.7  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.990938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>