22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_3088 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_3088  putative lycopene cyclase  100 
 
 		 393 aa  780    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3568  Lycopene beta and epsilon cyclase  54.97 
 
 		 410 aa  335  7e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2408  lycopene beta and epsilon cyclase  46.53 
 
 		 419 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0382  Lycopene beta and epsilon cyclase  43.94 
 
 		 397 aa  237  3e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2557  lycopene beta and epsilon cyclase  46.61 
 
 		 416 aa  237  3e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.329611  decreased coverage  0.00000286937 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1563  Lycopene beta and epsilon cyclase  40.2 
 
 		 391 aa  236  8e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0091  Lycopene beta and epsilon cyclase  41.54 
 
 		 382 aa  217  2.9999999999999998e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.457408  normal  0.139356 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1488  Lycopene beta and epsilon cyclase  37.76 
 
 		 388 aa  213  7e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000548703 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00930  putative lycopene cyclase  28.34 
 
 		 383 aa  189  5.999999999999999e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0157351  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0447  Lycopene beta and epsilon cyclase  31.66 
 
 		 393 aa  182  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4955  Lycopene beta and epsilon cyclase  29.12 
 
 		 388 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127751  normal  0.0780528 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0926  lycopene beta and epsilon cyclase  26.15 
 
 		 389 aa  139  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.294994  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2038  lycopene beta and epsilon cyclase  31.77 
 
 		 417 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02164  hypothetical protein  25.68 
 
 		 385 aa  94.7  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1713  lycopene cyclase  27.04 
 
 		 395 aa  57  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0564818  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3060  lycopene beta and epsilon cyclase  24.85 
 
 		 401 aa  50.8  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2209  lycopene cyclase  28.85 
 
 		 384 aa  50.1  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2394  lycopene cyclase family protein  28.85 
 
 		 374 aa  46.6  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.990938  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3135  lycopene cyclase  31.19 
 
 		 385 aa  46.6  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43511  predicted protein  23.94 
 
 		 442 aa  46.2  0.0009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.746424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1817  lycopene cyclase  27.61 
 
 		 398 aa  45.8  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43800  predicted protein  25.32 
 
 		 528 aa  44.7  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>