16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4955 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4955  Lycopene beta and epsilon cyclase  100 
 
 		 388 aa  808    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127751  normal  0.0780528 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1488  Lycopene beta and epsilon cyclase  35.77 
 
 		 388 aa  237  3e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000548703 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0382  Lycopene beta and epsilon cyclase  34.24 
 
 		 397 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1563  Lycopene beta and epsilon cyclase  32.29 
 
 		 391 aa  214  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0447  Lycopene beta and epsilon cyclase  31.3 
 
 		 393 aa  210  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00930  putative lycopene cyclase  29.26 
 
 		 383 aa  186  5e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0157351  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0926  lycopene beta and epsilon cyclase  28.53 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.294994  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3088  putative lycopene cyclase  29.12 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2038  lycopene beta and epsilon cyclase  25.71 
 
 		 417 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2408  lycopene beta and epsilon cyclase  26.88 
 
 		 419 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2557  lycopene beta and epsilon cyclase  26.59 
 
 		 416 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.329611  decreased coverage  0.00000286937 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3568  Lycopene beta and epsilon cyclase  27.49 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0091  Lycopene beta and epsilon cyclase  24.23 
 
 		 382 aa  94  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.457408  normal  0.139356 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02164  hypothetical protein  23.42 
 
 		 385 aa  87.4  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3060  lycopene beta and epsilon cyclase  24.38 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2209  lycopene cyclase  22.75 
 
 		 384 aa  46.2  0.0009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.133481 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>