40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2394 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2394  lycopene cyclase family protein  100 
 
 		 374 aa  727    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.990938  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5914  lycopene cyclase family protein  39.75 
 
 		 399 aa  203  5e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0950  lycopene cyclase family protein  37.69 
 
 		 401 aa  192  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.75613 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5144  lycopene cyclase family protein  43.52 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2495  Lycopene beta and epsilon cyclase  41.58 
 
 		 351 aa  166  9e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.693198  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2643  lycopene cyclase family protein  34.17 
 
 		 413 aa  149  8e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0688  lycopene cyclase (CrtL-type)  30.19 
 
 		 414 aa  145  9e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.103999  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2062  lycopene cyclase (CrtL-type)  30.92 
 
 		 411 aa  144  2e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15221  putative lycopene beta cyclase  30.43 
 
 		 414 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11541  putative lycopene beta cyclase  28.72 
 
 		 403 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0749733  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11691  putative lycopene beta cyclase  27.51 
 
 		 403 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.451912  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06991  putative lycopene epsilon cyclase  26.33 
 
 		 427 aa  142  7e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.28746  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0073  lycopene cyclase (CrtL-type)  27.96 
 
 		 428 aa  140  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11701  putative lycopene beta cyclase  27.25 
 
 		 403 aa  140  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06951  putative lycopene epsilon cyclase  28.39 
 
 		 428 aa  140  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.261974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1075  lycopene cyclase (CrtL-type)  27.74 
 
 		 403 aa  139  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0633  lycopene cyclase (CrtL-type)  26.77 
 
 		 427 aa  139  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09161  putative lycopene beta cyclase  32.49 
 
 		 408 aa  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.345698 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2711  lycopene cyclase family protein  33.75 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06891  putative lycopene epsilon cyclase  26.88 
 
 		 422 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.895812  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06601  putative lycopene epsilon cyclase  26.88 
 
 		 427 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1941  lycopene cyclase (CrtL-type)  32.51 
 
 		 412 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0857  lycopene cyclase, beta and epsilon  33.77 
 
 		 435 aa  128  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.27031 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11261  putative lycopene beta cyclase  31.3 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43800  predicted protein  26.44 
 
 		 528 aa  126  8.000000000000001e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07411  putative lycopene epsilon cyclase  27.66 
 
 		 427 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0418129  normal  0.37911 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23511  putative lycopene epsilon cyclase  30.63 
 
 		 426 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.96532 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0724  lycopene cyclase, beta and epsilon  31.54 
 
 		 407 aa  122  8e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.499997  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43511  predicted protein  28.09 
 
 		 442 aa  121  3e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.746424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_56484  precursor of cyclase lycopene beta cyclase  26.81 
 
 		 659 aa  93.2  6e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00169655  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1817  lycopene cyclase  30.67 
 
 		 398 aa  69.7  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1713  lycopene cyclase  29.35 
 
 		 395 aa  67  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0564818  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3576  lycopene cyclase  26.19 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.243504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3135  lycopene cyclase  27.03 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2209  lycopene cyclase  26 
 
 		 384 aa  54.3  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3088  putative lycopene cyclase  28.85 
 
 		 393 aa  49.7  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2408  lycopene beta and epsilon cyclase  29.72 
 
 		 419 aa  48.9  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2038  lycopene beta and epsilon cyclase  25.95 
 
 		 417 aa  46.6  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0091  Lycopene beta and epsilon cyclase  29.19 
 
 		 382 aa  45.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.457408  normal  0.139356 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2557  lycopene beta and epsilon cyclase  28.49 
 
 		 416 aa  43.9  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.329611  decreased coverage  0.00000286937 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>