40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5144 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5144  lycopene cyclase family protein  100 
 
 		 359 aa  692    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5914  lycopene cyclase family protein  48.94 
 
 		 399 aa  265  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0950  lycopene cyclase family protein  47.75 
 
 		 401 aa  262  4.999999999999999e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.75613 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2394  lycopene cyclase family protein  44.2 
 
 		 374 aa  209  5e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.990938  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2643  lycopene cyclase family protein  36.05 
 
 		 413 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2711  lycopene cyclase family protein  37.31 
 
 		 413 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0073  lycopene cyclase (CrtL-type)  31.05 
 
 		 428 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06601  putative lycopene epsilon cyclase  29.14 
 
 		 427 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0633  lycopene cyclase (CrtL-type)  29.63 
 
 		 427 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06951  putative lycopene epsilon cyclase  31.36 
 
 		 428 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.261974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06891  putative lycopene epsilon cyclase  29.14 
 
 		 422 aa  156  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.895812  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06991  putative lycopene epsilon cyclase  29.78 
 
 		 427 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.28746  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2062  lycopene cyclase (CrtL-type)  32.99 
 
 		 411 aa  154  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1941  lycopene cyclase (CrtL-type)  33.92 
 
 		 412 aa  151  1e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0857  lycopene cyclase, beta and epsilon  39.31 
 
 		 435 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.27031 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23511  putative lycopene epsilon cyclase  33.9 
 
 		 426 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.96532 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09161  putative lycopene beta cyclase  32.27 
 
 		 408 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.345698 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11541  putative lycopene beta cyclase  28.93 
 
 		 403 aa  139  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0749733  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43800  predicted protein  29.4 
 
 		 528 aa  135  8e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15221  putative lycopene beta cyclase  29.35 
 
 		 414 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1075  lycopene cyclase (CrtL-type)  28.46 
 
 		 403 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11701  putative lycopene beta cyclase  28.28 
 
 		 403 aa  132  6e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0688  lycopene cyclase (CrtL-type)  29.21 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.103999  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0724  lycopene cyclase, beta and epsilon  33 
 
 		 407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.499997  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11691  putative lycopene beta cyclase  28.14 
 
 		 403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.451912  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11261  putative lycopene beta cyclase  30.2 
 
 		 407 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2495  Lycopene beta and epsilon cyclase  36.21 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.693198  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07411  putative lycopene epsilon cyclase  29.27 
 
 		 427 aa  126  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0418129  normal  0.37911 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43511  predicted protein  30.69 
 
 		 442 aa  119  9.999999999999999e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.746424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_56484  precursor of cyclase lycopene beta cyclase  26.63 
 
 		 659 aa  91.7  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00169655  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2209  lycopene cyclase  27.56 
 
 		 384 aa  66.6  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2038  lycopene beta and epsilon cyclase  28.52 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3576  lycopene cyclase  27.57 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.243504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  29.22 
 
 		 395 aa  51.2  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0012  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.15 
 
 		 566 aa  46.6  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.492266  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2408  lycopene beta and epsilon cyclase  28.48 
 
 		 419 aa  46.6  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  33.33 
 
 		 1000 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2557  lycopene beta and epsilon cyclase  31.49 
 
 		 416 aa  43.5  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.329611  decreased coverage  0.00000286937 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3052  glucose inhibited division protein A  34 
 
 		 610 aa  43.5  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000734832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1713  lycopene cyclase  27.24 
 
 		 395 aa  43.5  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0564818  normal  0.226642 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>