38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2643 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2711  lycopene cyclase family protein  80.15 
 
 		 413 aa  652    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2643  lycopene cyclase family protein  100 
 
 		 413 aa  833    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2062  lycopene cyclase (CrtL-type)  52.83 
 
 		 411 aa  434  1e-120  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06601  putative lycopene epsilon cyclase  45.32 
 
 		 427 aa  402  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06891  putative lycopene epsilon cyclase  45.43 
 
 		 422 aa  401  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.895812  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0633  lycopene cyclase (CrtL-type)  45.08 
 
 		 427 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06991  putative lycopene epsilon cyclase  44.87 
 
 		 427 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.28746  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1941  lycopene cyclase (CrtL-type)  51.48 
 
 		 412 aa  389  1e-107  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0688  lycopene cyclase (CrtL-type)  45.82 
 
 		 414 aa  377  1e-103  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.103999  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15221  putative lycopene beta cyclase  45.57 
 
 		 414 aa  373  1e-102  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0073  lycopene cyclase (CrtL-type)  45 
 
 		 428 aa  371  1e-101  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07411  putative lycopene epsilon cyclase  45.54 
 
 		 427 aa  366  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0418129  normal  0.37911 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06951  putative lycopene epsilon cyclase  44.52 
 
 		 428 aa  367  1e-100  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.261974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11261  putative lycopene beta cyclase  46.21 
 
 		 407 aa  360  2e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23511  putative lycopene epsilon cyclase  48.92 
 
 		 426 aa  359  4e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.96532 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09161  putative lycopene beta cyclase  46.04 
 
 		 408 aa  355  7.999999999999999e-97  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.345698 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11541  putative lycopene beta cyclase  42.14 
 
 		 403 aa  354  2e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0749733  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0724  lycopene cyclase, beta and epsilon  47.51 
 
 		 407 aa  347  2e-94  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.499997  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11701  putative lycopene beta cyclase  41.71 
 
 		 403 aa  344  2e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11691  putative lycopene beta cyclase  41.46 
 
 		 403 aa  342  5.999999999999999e-93  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.451912  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1075  lycopene cyclase (CrtL-type)  40.95 
 
 		 403 aa  336  3.9999999999999995e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0857  lycopene cyclase, beta and epsilon  42.49 
 
 		 435 aa  243  5e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.27031 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43800  predicted protein  34.36 
 
 		 528 aa  230  3e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43511  predicted protein  34.31 
 
 		 442 aa  196  9e-49  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.746424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0950  lycopene cyclase family protein  36.25 
 
 		 401 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.75613 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5914  lycopene cyclase family protein  35 
 
 		 399 aa  176  9e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_56484  precursor of cyclase lycopene beta cyclase  32.3 
 
 		 659 aa  175  9.999999999999999e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00169655  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2394  lycopene cyclase family protein  33.67 
 
 		 374 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.990938  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5144  lycopene cyclase family protein  34.85 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2495  Lycopene beta and epsilon cyclase  30.81 
 
 		 351 aa  86.3  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.693198  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  31.17 
 
 		 413 aa  53.5  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0697  FAD dependent oxidoreductase  29.78 
 
 		 393 aa  51.6  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2038  lycopene beta and epsilon cyclase  26.1 
 
 		 417 aa  50.4  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1754  monooxygenase, FAD-binding  26.06 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2209  lycopene cyclase  24.32 
 
 		 384 aa  46.2  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  23.78 
 
 		 452 aa  45.8  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0431  hypothetical protein  24.39 
 
 		 422 aa  44.3  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.446535  normal  0.169558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3576  lycopene cyclase  27.6 
 
 		 385 aa  44.3  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.243504  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>