More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0440 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  51.09 
 
 		 883 aa  687    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2611  translation initiation factor IF-2  75.08 
 
 		 981 aa  978    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.709252  normal  0.107051 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  57.17 
 
 		 882 aa  665    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  46.03 
 
 		 894 aa  653    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2981  translation initiation factor IF-2  57.68 
 
 		 980 aa  672    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.22631e-28 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2070  translation initiation factor IF-2  56.67 
 
 		 907 aa  723    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.464953 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2295  translation initiation factor IF-2  68.43 
 
 		 886 aa  1126    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0792369 
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  61.17 
 
 		 959 aa  979    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4618  translation initiation factor IF-2  74.47 
 
 		 975 aa  967    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  68.51 
 
 		 885 aa  926    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3727  translation initiation factor IF-2  72.18 
 
 		 971 aa  955    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.057525 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1669  translation initiation factor IF-2  52.95 
 
 		 949 aa  641    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2923  translation initiation factor IF-2  68.72 
 
 		 989 aa  915    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.707465  normal  0.0820286 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  46.08 
 
 		 922 aa  646    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0024  translation initiation factor IF-2  82.68 
 
 		 871 aa  1314    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  56.59 
 
 		 947 aa  661    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4387  translation initiation factor IF-2  57.29 
 
 		 917 aa  933    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.582492 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2819  translation initiation factor IF-2  66.9 
 
 		 990 aa  916    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  56.35 
 
 		 884 aa  683    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1047  translation initiation factor IF-2  70.78 
 
 		 1053 aa  1024    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002609  translation initiation factor 2  46.79 
 
 		 902 aa  640    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3781  translation initiation factor IF-2  58.99 
 
 		 873 aa  806    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322768  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0600  translation initiation factor IF-2  88.58 
 
 		 886 aa  1405    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2490  translation initiation factor IF-2  52.16 
 
 		 875 aa  660    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  47.48 
 
 		 885 aa  640    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  61.59 
 
 		 990 aa  980    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0480  translation initiation factor IF-2  83.01 
 
 		 880 aa  1360    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471358  normal  0.3853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  53.77 
 
 		 907 aa  647    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0440  translation initiation factor IF-2  100 
 
 		 883 aa  1766    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0231  translation initiation factor IF-2  87.88 
 
 		 883 aa  1445    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0340219  normal  0.876251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0031  translation initiation factor IF-2  81.91 
 
 		 868 aa  1298    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0057  translation initiation factor IF-2  82.14 
 
 		 921 aa  1364    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  58.72 
 
 		 835 aa  766    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0612  translation initiation factor IF-2  54.82 
 
 		 845 aa  677    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0968574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4067  translation initiation factor IF-2  68.59 
 
 		 917 aa  900    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  61.53 
 
 		 856 aa  966    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0225  translation initiation factor IF-2  59.08 
 
 		 887 aa  761    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2697  translation initiation factor IF-2  68.72 
 
 		 989 aa  914    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0169  translation initiation factor IF-2  57.07 
 
 		 926 aa  947    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  60 
 
 		 887 aa  917    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3043  translation initiation factor IF-2  59.07 
 
 		 861 aa  766    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0033  translation initiation factor IF-2  58.14 
 
 		 1045 aa  759    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.286863 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  62.85 
 
 		 964 aa  983    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0293  translation initiation factor IF-2  71.73 
 
 		 1083 aa  1071    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928073 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  54.99 
 
 		 949 aa  645    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  54.66 
 
 		 898 aa  643    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  53.51 
 
 		 921 aa  644    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3816  translation initiation factor IF-2  55.27 
 
 		 856 aa  714    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134229  normal  0.0174936 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2594  translation initiation factor IF-2  52.89 
 
 		 848 aa  779    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.914394 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  56.01 
 
 		 848 aa  905    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1302  translation initiation factor IF-2  57.85 
 
 		 986 aa  675    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.454709  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1422  translation initiation factor IF-2  54.96 
 
 		 972 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0279549 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  54.88 
 
 		 975 aa  632  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  55.05 
 
 		 975 aa  634  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  55.05 
 
 		 975 aa  634  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  55.05 
 
 		 975 aa  634  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  52.26 
 
 		 896 aa  632  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  48.12 
 
 		 903 aa  635  1e-180  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  55.05 
 
 		 975 aa  634  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1476  translation initiation factor IF-2  55.29 
 
 		 971 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  55.29 
 
 		 971 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  54.96 
 
 		 971 aa  634  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  55.29 
 
 		 971 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  54.88 
 
 		 975 aa  632  1e-179  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0725  translation initiation factor IF-2  50.87 
 
 		 912 aa  630  1e-179  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0457048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  54.88 
 
 		 975 aa  632  1e-179  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4641  translation initiation factor IF-2  53 
 
 		 972 aa  631  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2564  translation initiation factor IF-2  54.55 
 
 		 976 aa  631  1e-179  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0419633  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1755  translation initiation factor IF-2  54.71 
 
 		 969 aa  629  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.718536  normal  0.0607148 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  46.23 
 
 		 890 aa  626  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  46.23 
 
 		 890 aa  626  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  46.23 
 
 		 890 aa  626  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0598  translation initiation factor IF-2  44.87 
 
 		 891 aa  629  1e-178  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223745  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  46.23 
 
 		 890 aa  626  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3188  translation initiation factor IF-2  51.52 
 
 		 1029 aa  627  1e-178  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000140569  normal  0.29235 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1003  translation initiation factor IF-2  51.84 
 
 		 853 aa  625  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  51.93 
 
 		 894 aa  628  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000180014 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  54.05 
 
 		 989 aa  628  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1662  translation initiation factor IF-2  54.68 
 
 		 822 aa  627  1e-178  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  51.76 
 
 		 896 aa  628  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1692  translation initiation factor IF-2  47.89 
 
 		 968 aa  628  1e-178  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258602  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3603  translation initiation factor IF-2  46.23 
 
 		 890 aa  626  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4489  translation initiation factor IF-2  46.23 
 
 		 890 aa  626  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  45.86 
 
 		 881 aa  628  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  46.23 
 
 		 890 aa  626  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  0.0000498988 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  50.52 
 
 		 985 aa  626  1e-178  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02986  hypothetical protein  46.23 
 
 		 890 aa  626  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201323  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  52.07 
 
 		 868 aa  625  1e-177  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2689  translation initiation factor IF-2  51.9 
 
 		 868 aa  623  1e-177  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3464  translation initiation factor IF-2  46.23 
 
 		 890 aa  625  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.345648 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2120  translation initiation factor IF-2  46.7 
 
 		 845 aa  625  1e-177  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0599462  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1729  translation initiation factor IF-2  53.72 
 
 		 965 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1632  translation initiation factor IF-2  53.55 
 
 		 986 aa  624  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141337 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  53.79 
 
 		 992 aa  624  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  53.37 
 
 		 979 aa  625  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  52.69 
 
 		 895 aa  624  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2748  translation initiation factor IF-2  53.76 
 
 		 984 aa  624  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1210  translation initiation factor IF-2  50.84 
 
 		 964 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1117  translation initiation factor IF-2  50.69 
 
 		 964 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.988321  normal  0.615167 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  51.09 
 
 		 882 aa  619  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>