More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2912 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  49.34 
 
 		 890 aa  660    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  49.34 
 
 		 890 aa  660    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  53.47 
 
 		 883 aa  657    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  52.66 
 
 		 895 aa  658    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0157  translation initiation factor IF-2  51.92 
 
 		 905 aa  654    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  56.55 
 
 		 898 aa  650    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  49.34 
 
 		 890 aa  660    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  0.0000498988 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4712  translation initiation factor IF-2  55.46 
 
 		 842 aa  640    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.940521  normal  0.658182 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1289  translation initiation factor IF-2  53 
 
 		 964 aa  652    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.772813 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0033  translation initiation factor IF-2  54.88 
 
 		 1045 aa  723    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.286863 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  51.79 
 
 		 889 aa  645    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  50.21 
 
 		 880 aa  671    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  50.49 
 
 		 885 aa  672    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  57.2 
 
 		 959 aa  858    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  50.7 
 
 		 885 aa  667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2697  translation initiation factor IF-2  61.57 
 
 		 989 aa  765    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  57.32 
 
 		 990 aa  857    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1027  translation initiation factor IF-2  46.41 
 
 		 854 aa  644    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  64.69 
 
 		 885 aa  826    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  52.87 
 
 		 975 aa  652    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  55.46 
 
 		 868 aa  649    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2689  translation initiation factor IF-2  55.63 
 
 		 868 aa  650    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3464  translation initiation factor IF-2  49.34 
 
 		 890 aa  659    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.345648 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0069  translation initiation factor IF-2  48.97 
 
 		 908 aa  643    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00377162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2452  translation initiation factor IF-2  48.58 
 
 		 904 aa  655    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1749  translation initiation factor IF-2  56.22 
 
 		 890 aa  636    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0133551  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1476  translation initiation factor IF-2  52.34 
 
 		 971 aa  650    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  52.87 
 
 		 975 aa  652    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  50.47 
 
 		 922 aa  665    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0024  translation initiation factor IF-2  60.48 
 
 		 871 aa  751    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  52.71 
 
 		 975 aa  650    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2120  translation initiation factor IF-2  48.23 
 
 		 845 aa  657    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0599462  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3993  translation initiation factor IF-2  48.11 
 
 		 884 aa  657    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.116527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1165  translation initiation factor IF-2  77.05 
 
 		 836 aa  1109    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  49.3 
 
 		 947 aa  640    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4641  translation initiation factor IF-2  52.34 
 
 		 972 aa  645    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3727  translation initiation factor IF-2  61.48 
 
 		 971 aa  771    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.057525 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  49.93 
 
 		 894 aa  658    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000180014 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  52.34 
 
 		 884 aa  642    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  54.2 
 
 		 896 aa  649    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3280  translation initiation factor IF-2  50.21 
 
 		 880 aa  671    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3816  translation initiation factor IF-2  55.52 
 
 		 856 aa  742    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134229  normal  0.0174936 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  48.17 
 
 		 894 aa  672    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  57.65 
 
 		 882 aa  677    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3348  translation initiation factor IF-2  55.76 
 
 		 848 aa  659    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0346308  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3781  translation initiation factor IF-2  56.13 
 
 		 873 aa  749    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322768  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3730  translation initiation factor IF-2  49.74 
 
 		 892 aa  654    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187768  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2564  translation initiation factor IF-2  52.71 
 
 		 976 aa  649    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0419633  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1227  translation initiation factor IF-2  54.62 
 
 		 920 aa  646    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0619631  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0600  translation initiation factor IF-2  51.57 
 
 		 886 aa  757    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2490  translation initiation factor IF-2  57.06 
 
 		 875 aa  734    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  50.14 
 
 		 896 aa  667    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0038  translation initiation factor IF-2  77.61 
 
 		 824 aa  1169    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1755  translation initiation factor IF-2  52.9 
 
 		 969 aa  649    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.718536  normal  0.0607148 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  49.34 
 
 		 890 aa  660    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0480  translation initiation factor IF-2  50.68 
 
 		 880 aa  769    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471358  normal  0.3853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  50.74 
 
 		 907 aa  683    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2611  translation initiation factor IF-2  61.1 
 
 		 981 aa  761    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.709252  normal  0.107051 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  52.28 
 
 		 989 aa  649    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1007  translation initiation factor IF-2  52.8 
 
 		 884 aa  665    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.605303  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0231  translation initiation factor IF-2  51.49 
 
 		 883 aa  775    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0340219  normal  0.876251 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3074  translation initiation factor 2  55.18 
 
 		 843 aa  645    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0031  translation initiation factor IF-2  60.57 
 
 		 868 aa  746    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0074  translation initiation factor IF-2  48.56 
 
 		 908 aa  640    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0422922  normal  0.247669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  50.7 
 
 		 979 aa  657    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0057  translation initiation factor IF-2  58.3 
 
 		 921 aa  775    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  52.71 
 
 		 975 aa  650    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  100 
 
 		 835 aa  1652    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0612  translation initiation factor IF-2  57.94 
 
 		 845 aa  718    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0968574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  52.34 
 
 		 971 aa  651    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  53.12 
 
 		 848 aa  834    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3563  translation initiation factor IF-2  79.59 
 
 		 832 aa  1188    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  56.32 
 
 		 856 aa  837    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  49.34 
 
 		 890 aa  660    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3605  translation initiation factor IF-2  48.68 
 
 		 898 aa  646    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.600034  normal  0.0461803 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2757  translation initiation factor IF-2  81.35 
 
 		 838 aa  1038    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.141804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0821  translation initiation factor IF-2  48.56 
 
 		 831 aa  644    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.175155  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  50.84 
 
 		 885 aa  670    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  0.0000041871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  50.84 
 
 		 885 aa  670    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  49.12 
 
 		 881 aa  677    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0225  translation initiation factor IF-2  58.72 
 
 		 887 aa  743    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3043  translation initiation factor IF-2  59.75 
 
 		 861 aa  776    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  50.37 
 
 		 971 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3596  translation initiation factor IF-2  49.74 
 
 		 892 aa  654    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000160504  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  52.87 
 
 		 975 aa  652    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  54.78 
 
 		 992 aa  645    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  57.65 
 
 		 964 aa  853    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  52.71 
 
 		 975 aa  650    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2826  translation initiation factor IF-2  77.05 
 
 		 836 aa  1111    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0817  translation initiation factor IF-2  47.48 
 
 		 880 aa  642    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00792511 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  52.34 
 
 		 971 aa  651    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0203  translation initiation factor IF-2  46.2 
 
 		 892 aa  658    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.665385  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  48.71 
 
 		 949 aa  650    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  50.56 
 
 		 889 aa  668    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000967139 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  52.87 
 
 		 975 aa  652    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3417  translation initiation factor IF-2  50.21 
 
 		 880 aa  671    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0572462  hitchhiker  0.00115564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0721  translation initiation factor IF-2  55.29 
 
 		 843 aa  639    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.467302  normal  0.0872602 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  49.19 
 
 		 880 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2594  translation initiation factor IF-2  77.86 
 
 		 848 aa  1192    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.914394 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0293  translation initiation factor IF-2  57.08 
 
 		 1083 aa  780    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>