More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0169 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0169  translation initiation factor IF-2  100 
 
 		 926 aa  1854    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  54.45 
 
 		 882 aa  651    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  56.45 
 
 		 883 aa  677    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4387  translation initiation factor IF-2  77.4 
 
 		 917 aa  1341    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.582492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  53.46 
 
 		 894 aa  637    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000180014 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  85.16 
 
 		 885 aa  1152    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2611  translation initiation factor IF-2  66 
 
 		 981 aa  838    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.709252  normal  0.107051 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  72.9 
 
 		 990 aa  1157    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  61.57 
 
 		 848 aa  1103    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0293  translation initiation factor IF-2  68.91 
 
 		 1083 aa  913    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928073 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  52.95 
 
 		 885 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  48.75 
 
 		 985 aa  645    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  72.9 
 
 		 959 aa  1154    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 		 885 aa  636    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2697  translation initiation factor IF-2  62.21 
 
 		 989 aa  800    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3280  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 		 880 aa  637    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1210  translation initiation factor IF-2  53.45 
 
 		 964 aa  641    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  72.85 
 
 		 964 aa  1173    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2923  translation initiation factor IF-2  62.21 
 
 		 989 aa  800    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.707465  normal  0.0820286 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1047  translation initiation factor IF-2  60.37 
 
 		 1053 aa  881    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2819  translation initiation factor IF-2  60.11 
 
 		 990 aa  805    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2981  translation initiation factor IF-2  51.69 
 
 		 980 aa  664    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.22631e-28 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0598  translation initiation factor IF-2  53.77 
 
 		 891 aa  637    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223745  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  45.82 
 
 		 922 aa  665    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0440  translation initiation factor IF-2  69.51 
 
 		 883 aa  878    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1165  translation initiation factor IF-2  64.69 
 
 		 836 aa  790    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  45.26 
 
 		 947 aa  650    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4067  translation initiation factor IF-2  78.04 
 
 		 917 aa  1341    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1128  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 		 880 aa  637    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.247429  unclonable  0.0000000000185319 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2826  translation initiation factor IF-2  65.47 
 
 		 836 aa  791    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2295  translation initiation factor IF-2  56.43 
 
 		 886 aa  932    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0792369 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  54.86 
 
 		 884 aa  667    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1117  translation initiation factor IF-2  51.24 
 
 		 964 aa  644    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.988321  normal  0.615167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0057  translation initiation factor IF-2  67.26 
 
 		 921 aa  889    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  66.77 
 
 		 887 aa  856    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  53.63 
 
 		 896 aa  644    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3781  translation initiation factor IF-2  60.09 
 
 		 873 aa  806    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322768  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  51.76 
 
 		 903 aa  637    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3417  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 		 880 aa  637    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0572462  hitchhiker  0.00115564 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0600  translation initiation factor IF-2  55.94 
 
 		 886 aa  892    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2490  translation initiation factor IF-2  55.78 
 
 		 875 aa  695    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  53.45 
 
 		 880 aa  642    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0038  translation initiation factor IF-2  62.26 
 
 		 824 aa  778    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0480  translation initiation factor IF-2  57.54 
 
 		 880 aa  924    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471358  normal  0.3853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  54.37 
 
 		 907 aa  662    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1007  translation initiation factor IF-2  52.28 
 
 		 884 aa  636    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.605303  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0231  translation initiation factor IF-2  56.36 
 
 		 883 aa  890    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0340219  normal  0.876251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0031  translation initiation factor IF-2  69.41 
 
 		 868 aa  872    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3727  translation initiation factor IF-2  64.36 
 
 		 971 aa  814    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.057525 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  54.01 
 
 		 979 aa  644    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4618  translation initiation factor IF-2  66 
 
 		 975 aa  836    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  49.06 
 
 		 882 aa  675    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  63.71 
 
 		 835 aa  804    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  55.31 
 
 		 894 aa  651    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  66.17 
 
 		 856 aa  1100    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3816  translation initiation factor IF-2  55.23 
 
 		 856 aa  699    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134229  normal  0.0174936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0033  translation initiation factor IF-2  59.06 
 
 		 1045 aa  802    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.286863 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1669  translation initiation factor IF-2  55.13 
 
 		 949 aa  639    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0821  translation initiation factor IF-2  55.48 
 
 		 831 aa  637    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.175155  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 		 885 aa  637    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  0.0000041871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 		 885 aa  637    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3563  translation initiation factor IF-2  64.52 
 
 		 832 aa  805    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  49.12 
 
 		 881 aa  646    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  54.13 
 
 		 895 aa  638    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3043  translation initiation factor IF-2  63.35 
 
 		 861 aa  820    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3676  translation initiation factor IF-2  49.23 
 
 		 971 aa  640    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156109  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1692  translation initiation factor IF-2  47.49 
 
 		 968 aa  641    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258602  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 		 880 aa  637    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2757  translation initiation factor IF-2  65.31 
 
 		 838 aa  787    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.141804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2594  translation initiation factor IF-2  55.85 
 
 		 848 aa  784    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.914394 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  57.27 
 
 		 898 aa  658    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 		 889 aa  637    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000967139 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002609  translation initiation factor 2  55.14 
 
 		 902 aa  642    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  53.55 
 
 		 921 aa  646    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1302  translation initiation factor IF-2  51.4 
 
 		 986 aa  660    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.454709  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1289  translation initiation factor IF-2  53.78 
 
 		 964 aa  634  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.772813 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  55.11 
 
 		 975 aa  635  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  54.94 
 
 		 975 aa  633  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  54.94 
 
 		 975 aa  633  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  52.61 
 
 		 896 aa  632  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  55.11 
 
 		 975 aa  635  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2564  translation initiation factor IF-2  54.61 
 
 		 976 aa  632  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0419633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  54.94 
 
 		 975 aa  632  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  55.11 
 
 		 975 aa  635  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  55.11 
 
 		 975 aa  635  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3346  translation initiation factor IF-2  54.56 
 
 		 901 aa  631  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.12411  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1729  translation initiation factor IF-2  54.12 
 
 		 965 aa  629  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1755  translation initiation factor IF-2  54.94 
 
 		 969 aa  630  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.718536  normal  0.0607148 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0391  translation initiation factor IF-2  54.67 
 
 		 875 aa  630  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3074  translation initiation factor 2  53.12 
 
 		 843 aa  630  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  54.35 
 
 		 971 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  54.27 
 
 		 971 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  54.35 
 
 		 971 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  50.71 
 
 		 949 aa  631  1e-179  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0555  translation initiation factor IF-2  54.67 
 
 		 875 aa  630  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.218131  normal  0.382755 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  49.92 
 
 		 889 aa  629  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  47.29 
 
 		 890 aa  625  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  0.0000498988 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1422  translation initiation factor IF-2  54.27 
 
 		 972 aa  628  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0279549 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1864  translation initiation factor IF-2  52.85 
 
 		 876 aa  626  1e-178  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  53.4 
 
 		 989 aa  627  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>