More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3389 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  66.15 
 
 		 890 aa  1117    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  66.15 
 
 		 890 aa  1117    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2826  translation initiation factor IF-2  55.06 
 
 		 836 aa  648    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  56.63 
 
 		 883 aa  686    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4712  translation initiation factor IF-2  65.58 
 
 		 846 aa  860    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.333126  normal  0.0123461 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  46.45 
 
 		 990 aa  660    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3993  translation initiation factor IF-2  66 
 
 		 884 aa  1126    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.116527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  83.5 
 
 		 896 aa  1392    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1289  translation initiation factor IF-2  62.75 
 
 		 964 aa  825    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.772813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5462  translation initiation factor IF-2  69.81 
 
 		 837 aa  854    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  70.8 
 
 		 889 aa  1014    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  56.46 
 
 		 882 aa  678    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  55.12 
 
 		 959 aa  664    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  75.17 
 
 		 885 aa  1311    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4490  translation initiation factor IF-2  56.14 
 
 		 841 aa  907    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0593821  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0157  translation initiation factor IF-2  48.93 
 
 		 905 aa  799    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  55.63 
 
 		 964 aa  669    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1027  translation initiation factor IF-2  53.09 
 
 		 854 aa  886    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295152  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  64.3 
 
 		 975 aa  826    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  66.24 
 
 		 868 aa  863    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2689  translation initiation factor IF-2  66.24 
 
 		 868 aa  863    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0069  translation initiation factor IF-2  49.62 
 
 		 908 aa  812    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00377162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2452  translation initiation factor IF-2  51.78 
 
 		 904 aa  851    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1227  translation initiation factor IF-2  62.01 
 
 		 920 aa  770    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0619631  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  76.61 
 
 		 880 aa  1341    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2028  translation initiation factor IF-2  64.08 
 
 		 966 aa  785    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  50.42 
 
 		 922 aa  815    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0563  translation initiation factor IF-2  53.94 
 
 		 816 aa  876    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.852622  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  64.14 
 
 		 975 aa  823    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2120  translation initiation factor IF-2  53.68 
 
 		 845 aa  901    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0599462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0779  translation initiation factor IF-2  62.97 
 
 		 837 aa  848    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000679376  normal  0.0113763 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1165  translation initiation factor IF-2  54.89 
 
 		 836 aa  648    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  53.05 
 
 		 947 aa  672    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  68.02 
 
 		 894 aa  1176    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  82.69 
 
 		 880 aa  1204    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3596  translation initiation factor IF-2  66.01 
 
 		 892 aa  1116    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000160504  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  64.3 
 
 		 975 aa  826    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  55.61 
 
 		 884 aa  682    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3162  translation initiation factor IF-2  53.83 
 
 		 984 aa  646    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1123  translation initiation factor IF-2  65.75 
 
 		 818 aa  814    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3417  translation initiation factor IF-2  82.69 
 
 		 880 aa  1204    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0572462  hitchhiker  0.00115564 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1755  translation initiation factor IF-2  64.14 
 
 		 969 aa  822    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.718536  normal  0.0607148 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  64.14 
 
 		 975 aa  823    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1749  translation initiation factor IF-2  62.19 
 
 		 890 aa  763    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0133551  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3781  translation initiation factor IF-2  49.47 
 
 		 873 aa  643    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322768  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  53.76 
 
 		 903 aa  662    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  67.25 
 
 		 898 aa  1141    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  66.15 
 
 		 890 aa  1117    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  54.64 
 
 		 887 aa  662    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1600  translation initiation factor IF-2  53.72 
 
 		 803 aa  872    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0215539  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2134  translation initiation factor IF-2  60.3 
 
 		 978 aa  769    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149988  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2708  translation initiation factor IF-2  53.16 
 
 		 908 aa  822    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.334172  normal  0.377403 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  66.15 
 
 		 890 aa  1117    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  52.88 
 
 		 907 aa  909    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  63.39 
 
 		 989 aa  819    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1007  translation initiation factor IF-2  77.18 
 
 		 884 aa  1300    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.605303  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3563  translation initiation factor IF-2  50.75 
 
 		 832 aa  639    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  100 
 
 		 896 aa  1796    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0074  translation initiation factor IF-2  49.41 
 
 		 908 aa  814    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0422922  normal  0.247669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  62.24 
 
 		 979 aa  813    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0631  translation initiation factor IF2-2  56.64 
 
 		 880 aa  954    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  66.45 
 
 		 895 aa  1127    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2990  translation initiation factor IF-2  64.67 
 
 		 953 aa  772    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.292743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1695  translation initiation factor IF-2  61.69 
 
 		 869 aa  1031    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  54.44 
 
 		 856 aa  653    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1645  translation initiation factor IF-2  55 
 
 		 692 aa  637    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0509218  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4577  translation initiation factor IF-2  65.58 
 
 		 846 aa  860    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.126639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3280  translation initiation factor IF-2  82.69 
 
 		 880 aa  1204    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0821  translation initiation factor IF-2  62.94 
 
 		 831 aa  999    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.175155  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4712  translation initiation factor IF-2  68.63 
 
 		 842 aa  850    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.940521  normal  0.658182 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  81.19 
 
 		 885 aa  1180    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  0.0000041871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  81.19 
 
 		 885 aa  1180    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1948  translation initiation factor IF-2  64.39 
 
 		 883 aa  816    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0536071 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  77.02 
 
 		 881 aa  1350    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0900  translation initiation factor IF-2  52.95 
 
 		 882 aa  637    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.437883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  66.15 
 
 		 890 aa  1117    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  0.0000498988 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62760  translation initiation factor IF-2  69.81 
 
 		 840 aa  852    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0503522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3464  translation initiation factor IF-2  66.26 
 
 		 890 aa  1119    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.345648 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3608  translation initiation factor IF-2  64.64 
 
 		 828 aa  856    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  87.3 
 
 		 885 aa  1243    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2757  translation initiation factor IF-2  54.89 
 
 		 838 aa  645    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.141804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  64.3 
 
 		 975 aa  826    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1228  translation initiation factor IF-2  53.56 
 
 		 962 aa  667    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00145036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  52.07 
 
 		 949 aa  683    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  81.19 
 
 		 889 aa  1181    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000967139 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3605  translation initiation factor IF-2  65.8 
 
 		 898 aa  1150    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.600034  normal  0.0461803 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  55.54 
 
 		 921 aa  678    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  50.61 
 
 		 885 aa  651    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3730  translation initiation factor IF-2  66.01 
 
 		 892 aa  1116    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187768  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  54.93 
 
 		 985 aa  666    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  80.91 
 
 		 882 aa  1152    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0817  translation initiation factor IF-2  66.26 
 
 		 880 aa  1154    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00792511 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2749  translation initiation factor IF-2  61.14 
 
 		 990 aa  750    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.867679  normal  0.130193 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3348  translation initiation factor IF-2  63.12 
 
 		 848 aa  801    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0346308  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2433  translation initiation factor IF-2  55.48 
 
 		 1079 aa  671    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.189984  normal  0.802602 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3383  translation initiation factor IF-2  61.44 
 
 		 943 aa  791    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  61.55 
 
 		 992 aa  795    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2561  translation initiation factor IF-2  63.7 
 
 		 943 aa  763    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334789  normal  0.0201615 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  45.92 
 
 		 848 aa  644    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  64.3 
 
 		 975 aa  826    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>