More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2827 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  68.89 
 
 
890 aa  1154    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  68.89 
 
 
890 aa  1154    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2433  translation initiation factor IF-2  55.84 
 
 
1079 aa  666    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.189984  normal  0.802602 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  57.31 
 
 
883 aa  696    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4712  translation initiation factor IF-2  69.27 
 
 
846 aa  871    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.333126  normal  0.0123461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3605  translation initiation factor IF-2  68.62 
 
 
898 aa  1167    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.600034  normal  0.0461803 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  68.25 
 
 
895 aa  1164    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1315  translation initiation factor IF-2  66.72 
 
 
868 aa  812    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1289  translation initiation factor IF-2  63.51 
 
 
964 aa  834    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.772813 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0157  translation initiation factor IF-2  49.95 
 
 
905 aa  822    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  73.13 
 
 
889 aa  1023    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  82.23 
 
 
880 aa  1360    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  100 
 
 
885 aa  1768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  47.24 
 
 
959 aa  684    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  83.48 
 
 
885 aa  1374    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4490  translation initiation factor IF-2  69.98 
 
 
841 aa  855    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0593821  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4577  translation initiation factor IF-2  69.27 
 
 
846 aa  872    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.126639  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
885 aa  654    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  68.89 
 
 
890 aa  1154    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  63.2 
 
 
975 aa  836    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  55.47 
 
 
868 aa  934    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2689  translation initiation factor IF-2  55.36 
 
 
868 aa  932    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4180  translation initiation factor IF-2  70.15 
 
 
841 aa  854    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0069  translation initiation factor IF-2  50.7 
 
 
908 aa  843    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00377162  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2452  translation initiation factor IF-2  52.02 
 
 
904 aa  878    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00150352  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1749  translation initiation factor IF-2  62.71 
 
 
890 aa  771    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0133551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  55.14 
 
 
985 aa  652    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2028  translation initiation factor IF-2  65.94 
 
 
966 aa  803    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  52.32 
 
 
922 aa  844    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3280  translation initiation factor IF-2  82.23 
 
 
880 aa  1360    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  63.04 
 
 
975 aa  835    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2120  translation initiation factor IF-2  56.27 
 
 
845 aa  939    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0599462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0779  translation initiation factor IF-2  68.15 
 
 
837 aa  860    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000679376  normal  0.0113763 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1165  translation initiation factor IF-2  55.22 
 
 
836 aa  660    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  55.76 
 
 
947 aa  680    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4641  translation initiation factor IF-2  64.6 
 
 
972 aa  833    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269772  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  84.19 
 
 
896 aa  1399    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  54.97 
 
 
887 aa  672    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  45.64 
 
 
848 aa  656    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3162  translation initiation factor IF-2  53.22 
 
 
984 aa  659    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1123  translation initiation factor IF-2  67.97 
 
 
818 aa  827    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  47.06 
 
 
964 aa  684    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  63.55 
 
 
975 aa  835    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  63.2 
 
 
975 aa  836    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  62.24 
 
 
992 aa  796    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1864  translation initiation factor IF-2  51.9 
 
 
876 aa  855    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3781  translation initiation factor IF-2  54.15 
 
 
873 aa  655    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322768  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  55.9 
 
 
903 aa  667    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  63.2 
 
 
975 aa  836    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1027  translation initiation factor IF-2  55.17 
 
 
854 aa  896    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295152  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  47.24 
 
 
990 aa  682    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0563  translation initiation factor IF-2  55.62 
 
 
816 aa  894    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.852622  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2134  translation initiation factor IF-2  63.52 
 
 
978 aa  775    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149988  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2708  translation initiation factor IF-2  52.96 
 
 
908 aa  840    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.334172  normal  0.377403 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  69.29 
 
 
894 aa  1205    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  54.1 
 
 
907 aa  922    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  63.49 
 
 
989 aa  832    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1007  translation initiation factor IF-2  78.43 
 
 
884 aa  1336    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.605303  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5462  translation initiation factor IF-2  70.99 
 
 
837 aa  857    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3074  translation initiation factor 2  70.99 
 
 
843 aa  872    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  68.89 
 
 
890 aa  1154    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0074  translation initiation factor IF-2  50.59 
 
 
908 aa  845    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0422922  normal  0.247669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  64.31 
 
 
979 aa  833    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0631  translation initiation factor IF2-2  56.28 
 
 
880 aa  983    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0057  translation initiation factor IF-2  52.76 
 
 
921 aa  636    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  56.31 
 
 
835 aa  670    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3608  translation initiation factor IF-2  68.79 
 
 
828 aa  863    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  64.55 
 
 
971 aa  839    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  82.79 
 
 
880 aa  1380    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1695  translation initiation factor IF-2  64.67 
 
 
869 aa  1050    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  54.61 
 
 
856 aa  662    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3596  translation initiation factor IF-2  67.37 
 
 
892 aa  1138    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000160504  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1630  translation initiation factor IF-2  51.36 
 
 
956 aa  637    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  55.78 
 
 
882 aa  677    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0821  translation initiation factor IF-2  65.6 
 
 
831 aa  1018    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.175155  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3383  translation initiation factor IF-2  63.46 
 
 
943 aa  803    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121659  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  87.06 
 
 
885 aa  1236    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  0.0000041871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  87.06 
 
 
885 aa  1236    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1948  translation initiation factor IF-2  66.17 
 
 
883 aa  832    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0536071 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  80.34 
 
 
881 aa  1382    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0900  translation initiation factor IF-2  52.4 
 
 
882 aa  641    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.437883  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3043  translation initiation factor IF-2  54.1 
 
 
861 aa  636    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  65.16 
 
 
971 aa  840    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62760  translation initiation factor IF-2  70.99 
 
 
840 aa  856    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0503522  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2749  translation initiation factor IF-2  59.4 
 
 
990 aa  762    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.867679  normal  0.130193 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  63.04 
 
 
975 aa  835    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  63.2 
 
 
975 aa  836    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1227  translation initiation factor IF-2  62.03 
 
 
920 aa  789    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0619631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  64.55 
 
 
971 aa  839    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1228  translation initiation factor IF-2  58.05 
 
 
962 aa  672    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00145036  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  56.44 
 
 
949 aa  690    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  87.2 
 
 
889 aa  1238    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000967139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2757  translation initiation factor IF-2  55.05 
 
 
838 aa  655    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.141804  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2826  translation initiation factor IF-2  55.39 
 
 
836 aa  661    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  54.81 
 
 
921 aa  678    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  68.51 
 
 
898 aa  1154    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2594  translation initiation factor IF-2  54.38 
 
 
848 aa  638    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.914394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1921  translation initiation factor IF-2  63 
 
 
948 aa  797    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0602032 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  85.79 
 
 
882 aa  1201    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0817  translation initiation factor IF-2  67.83 
 
 
880 aa  1165    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00792511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>