More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0231 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  56.93 
 
 		 883 aa  688    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3727  translation initiation factor IF-2  70.76 
 
 		 971 aa  935    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.057525 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1669  translation initiation factor IF-2  55 
 
 		 949 aa  636    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  54.66 
 
 		 898 aa  637    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0225  translation initiation factor IF-2  58.03 
 
 		 887 aa  748    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4067  translation initiation factor IF-2  55.96 
 
 		 917 aa  909    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  61.03 
 
 		 964 aa  964    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  55.84 
 
 		 848 aa  898    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  60.52 
 
 		 959 aa  959    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3816  translation initiation factor IF-2  54.19 
 
 		 856 aa  715    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134229  normal  0.0174936 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  59.15 
 
 		 887 aa  914    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2611  translation initiation factor IF-2  73.48 
 
 		 981 aa  952    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.709252  normal  0.107051 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2295  translation initiation factor IF-2  67.55 
 
 		 886 aa  1110    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0792369 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  48.06 
 
 		 922 aa  641    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0024  translation initiation factor IF-2  83.01 
 
 		 871 aa  1303    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0033  translation initiation factor IF-2  60.44 
 
 		 1045 aa  753    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.286863 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  55.13 
 
 		 947 aa  652    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4387  translation initiation factor IF-2  56.53 
 
 		 917 aa  922    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.582492 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2697  translation initiation factor IF-2  67.17 
 
 		 989 aa  895    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0169  translation initiation factor IF-2  56.89 
 
 		 926 aa  933    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  68.3 
 
 		 885 aa  918    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  55.5 
 
 		 903 aa  637    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  60.4 
 
 		 990 aa  957    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0600  translation initiation factor IF-2  95.38 
 
 		 886 aa  1476    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2490  translation initiation factor IF-2  52.09 
 
 		 875 aa  662    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0038  translation initiation factor IF-2  49.72 
 
 		 824 aa  725    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3563  translation initiation factor IF-2  61.76 
 
 		 832 aa  785    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0480  translation initiation factor IF-2  82.88 
 
 		 880 aa  1360    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471358  normal  0.3853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  54.1 
 
 		 907 aa  645    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0231  translation initiation factor IF-2  100 
 
 		 883 aa  1769    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0340219  normal  0.876251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0031  translation initiation factor IF-2  82.94 
 
 		 868 aa  1303    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0057  translation initiation factor IF-2  80.22 
 
 		 921 aa  1342    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  58.25 
 
 		 835 aa  761    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0612  translation initiation factor IF-2  54.35 
 
 		 845 aa  673    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0968574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2981  translation initiation factor IF-2  56.54 
 
 		 980 aa  663    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.22631e-28 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  61.32 
 
 		 856 aa  951    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  57.05 
 
 		 882 aa  664    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  46.97 
 
 		 894 aa  649    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4618  translation initiation factor IF-2  71.16 
 
 		 975 aa  943    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1302  translation initiation factor IF-2  56.71 
 
 		 986 aa  667    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.454709  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1047  translation initiation factor IF-2  69.3 
 
 		 1053 aa  1002    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0293  translation initiation factor IF-2  72.51 
 
 		 1083 aa  1068    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928073 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3043  translation initiation factor IF-2  58.41 
 
 		 861 aa  761    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2923  translation initiation factor IF-2  67.17 
 
 		 989 aa  895    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.707465  normal  0.0820286 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0440  translation initiation factor IF-2  88.74 
 
 		 883 aa  1420    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  53.31 
 
 		 949 aa  636    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  53.43 
 
 		 921 aa  642    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2594  translation initiation factor IF-2  52.37 
 
 		 848 aa  782    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.914394 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2819  translation initiation factor IF-2  64.66 
 
 		 990 aa  896    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  47.07 
 
 		 885 aa  634  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1692  translation initiation factor IF-2  49.15 
 
 		 968 aa  632  1e-180  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258602  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002609  translation initiation factor 2  47.32 
 
 		 902 aa  634  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  55.24 
 
 		 989 aa  629  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0598  translation initiation factor IF-2  44.89 
 
 		 891 aa  631  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223745  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  52.86 
 
 		 895 aa  626  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  55.14 
 
 		 975 aa  628  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  55.14 
 
 		 975 aa  628  1e-178  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  52.56 
 
 		 868 aa  626  1e-178  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  55.14 
 
 		 975 aa  628  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  54.47 
 
 		 992 aa  626  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  54.97 
 
 		 975 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  52.43 
 
 		 896 aa  629  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  54.97 
 
 		 975 aa  627  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  55.46 
 
 		 971 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  45.87 
 
 		 896 aa  626  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1476  translation initiation factor IF-2  55.46 
 
 		 971 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  55.14 
 
 		 975 aa  628  1e-178  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  55.13 
 
 		 971 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  55.46 
 
 		 971 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  52.43 
 
 		 894 aa  625  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000180014 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  54.97 
 
 		 975 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 		 890 aa  624  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 		 890 aa  624  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 		 890 aa  624  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2689  translation initiation factor IF-2  52.4 
 
 		 868 aa  624  1e-177  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4489  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 		 890 aa  624  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4641  translation initiation factor IF-2  55.46 
 
 		 972 aa  624  1e-177  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 		 890 aa  624  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  0.0000498988 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1422  translation initiation factor IF-2  55.13 
 
 		 972 aa  625  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0279549 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2564  translation initiation factor IF-2  54.64 
 
 		 976 aa  624  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0419633  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1729  translation initiation factor IF-2  54.9 
 
 		 965 aa  625  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381605  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02986  hypothetical protein  46.74 
 
 		 890 aa  624  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201323  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1755  translation initiation factor IF-2  55.22 
 
 		 969 aa  624  1e-177  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.718536  normal  0.0607148 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3464  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 		 890 aa  623  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.345648 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0725  translation initiation factor IF-2  51.11 
 
 		 912 aa  624  1e-177  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0457048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 		 890 aa  624  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3603  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 		 890 aa  624  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1662  translation initiation factor IF-2  54.34 
 
 		 822 aa  619  1e-176  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1632  translation initiation factor IF-2  54.39 
 
 		 986 aa  621  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141337 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2748  translation initiation factor IF-2  53.51 
 
 		 984 aa  620  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3188  translation initiation factor IF-2  51.29 
 
 		 1029 aa  621  1e-176  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000140569  normal  0.29235 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3596  translation initiation factor IF-2  47.86 
 
 		 892 aa  619  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000160504  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1003  translation initiation factor IF-2  52.09 
 
 		 853 aa  620  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  53.7 
 
 		 979 aa  619  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3730  translation initiation factor IF-2  47.86 
 
 		 892 aa  619  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187768  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3581  translation initiation factor IF-2  47.18 
 
 		 892 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.544549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1117  translation initiation factor IF-2  54.09 
 
 		 964 aa  618  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.988321  normal  0.615167 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3475  translation initiation factor IF-2  47.18 
 
 		 892 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1027  translation initiation factor IF-2  50.84 
 
 		 854 aa  619  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3643  translation initiation factor IF-2  47.18 
 
 		 892 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102541  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>