More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0612 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1047  translation initiation factor IF-2  55.28 
 
 
1053 aa  669    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3816  translation initiation factor IF-2  71.05 
 
 
856 aa  953    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134229  normal  0.0174936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2611  translation initiation factor IF-2  54.1 
 
 
981 aa  644    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.709252  normal  0.107051 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0225  translation initiation factor IF-2  51.41 
 
 
887 aa  654    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  46.54 
 
 
848 aa  715    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  51.83 
 
 
959 aa  724    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2757  translation initiation factor IF-2  58.11 
 
 
838 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.141804  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0057  translation initiation factor IF-2  55.01 
 
 
921 aa  676    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4618  translation initiation factor IF-2  53.56 
 
 
975 aa  645    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0024  translation initiation factor IF-2  55.5 
 
 
871 aa  660    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4387  translation initiation factor IF-2  55.59 
 
 
917 aa  688    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.582492 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  56.99 
 
 
887 aa  706    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1165  translation initiation factor IF-2  56.48 
 
 
836 aa  704    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0033  translation initiation factor IF-2  55 
 
 
1045 aa  661    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.286863 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2826  translation initiation factor IF-2  56.63 
 
 
836 aa  705    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3781  translation initiation factor IF-2  55.87 
 
 
873 aa  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322768  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4067  translation initiation factor IF-2  55.9 
 
 
917 aa  693    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0440  translation initiation factor IF-2  48.18 
 
 
883 aa  681    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0600  translation initiation factor IF-2  47.12 
 
 
886 aa  675    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153879  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2490  translation initiation factor IF-2  76.73 
 
 
875 aa  998    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0038  translation initiation factor IF-2  57.25 
 
 
824 aa  703    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963114  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2697  translation initiation factor IF-2  53.18 
 
 
989 aa  651    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0480  translation initiation factor IF-2  50.47 
 
 
880 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471358  normal  0.3853 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3727  translation initiation factor IF-2  52.94 
 
 
971 aa  643    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.057525 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2295  translation initiation factor IF-2  48.31 
 
 
886 aa  701    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0792369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0231  translation initiation factor IF-2  48.18 
 
 
883 aa  691    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0340219  normal  0.876251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0031  translation initiation factor IF-2  54.96 
 
 
868 aa  657    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0293  translation initiation factor IF-2  55.59 
 
 
1083 aa  689    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00928073 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  58.39 
 
 
835 aa  718    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0612  translation initiation factor IF-2  100 
 
 
845 aa  1671    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0968574  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2923  translation initiation factor IF-2  53.18 
 
 
989 aa  651    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.707465  normal  0.0820286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  57.62 
 
 
856 aa  697    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  51.95 
 
 
964 aa  721    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3043  translation initiation factor IF-2  56.03 
 
 
861 aa  681    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3563  translation initiation factor IF-2  58.17 
 
 
832 aa  725    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  51.71 
 
 
990 aa  721    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2819  translation initiation factor IF-2  53.72 
 
 
990 aa  654    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17159  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  56.42 
 
 
885 aa  714    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2594  translation initiation factor IF-2  51.48 
 
 
848 aa  728    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.914394 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2070  translation initiation factor IF-2  53.03 
 
 
907 aa  643    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.464953 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  49.05 
 
 
882 aa  617  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0821  translation initiation factor IF-2  48.56 
 
 
831 aa  615  1e-175  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.175155  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  52.03 
 
 
889 aa  609  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  50.7 
 
 
895 aa  611  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  53.08 
 
 
885 aa  608  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  42.99 
 
 
907 aa  609  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1467  translation initiation factor IF-2  49.7 
 
 
897 aa  611  1e-173  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.382295  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  52.61 
 
 
883 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  54.15 
 
 
884 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  46.77 
 
 
881 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1003  translation initiation factor IF-2  53.95 
 
 
853 aa  608  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2748  translation initiation factor IF-2  52.78 
 
 
984 aa  604  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  44.27 
 
 
922 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  48.66 
 
 
880 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  52.17 
 
 
896 aa  599  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2981  translation initiation factor IF-2  54.5 
 
 
980 aa  600  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.22631e-28 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0725  translation initiation factor IF-2  54.5 
 
 
912 aa  599  1e-170  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0457048  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1302  translation initiation factor IF-2  54.15 
 
 
986 aa  600  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.454709  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0059  translation initiation factor IF-2  53.54 
 
 
997 aa  598  1e-170  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1662  translation initiation factor IF-2  51.52 
 
 
822 aa  599  1e-170  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  52.55 
 
 
949 aa  601  1e-170  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  53.81 
 
 
921 aa  600  1e-170  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  51.63 
 
 
896 aa  598  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  48.41 
 
 
985 aa  596  1e-169  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3383  translation initiation factor IF-2  52.31 
 
 
943 aa  597  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121659  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  49.76 
 
 
885 aa  592  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3417  translation initiation factor IF-2  48.07 
 
 
880 aa  594  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0572462  hitchhiker  0.00115564 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1692  translation initiation factor IF-2  45.72 
 
 
968 aa  594  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258602  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3476  translation initiation factor IF-2  54.1 
 
 
892 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  48.07 
 
 
880 aa  594  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3162  translation initiation factor IF-2  47.03 
 
 
984 aa  593  1e-168  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3280  translation initiation factor IF-2  48.07 
 
 
880 aa  594  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3544  translation initiation factor IF-2  54.1 
 
 
892 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1128  translation initiation factor IF-2  48.07 
 
 
880 aa  594  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.247429  unclonable  0.0000000000185319 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3074  translation initiation factor 2  51.86 
 
 
843 aa  595  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0585  translation initiation factor IF-2  47.58 
 
 
899 aa  593  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0808  translation initiation factor IF-2  46.74 
 
 
900 aa  595  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.925902  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3643  translation initiation factor IF-2  54.1 
 
 
892 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102541  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1027  translation initiation factor IF-2  45.75 
 
 
854 aa  593  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295152  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3581  translation initiation factor IF-2  54.1 
 
 
892 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.544549  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  49.76 
 
 
889 aa  593  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000967139 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3475  translation initiation factor IF-2  54.1 
 
 
892 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
890 aa  591  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
890 aa  591  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3465  translation initiation factor IF-2  45.91 
 
 
905 aa  592  1e-167  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3464  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
890 aa  591  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.345648 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4489  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
890 aa  591  1e-167  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0598  translation initiation factor IF-2  50.86 
 
 
891 aa  591  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223745  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3993  translation initiation factor IF-2  44.22 
 
 
884 aa  590  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.116527  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
890 aa  591  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1247  translation initiation factor IF-2  46.61 
 
 
943 aa  589  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0182707  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  51.83 
 
 
894 aa  592  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000180014 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  51.54 
 
 
894 aa  589  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  52.08 
 
 
898 aa  590  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1864  translation initiation factor IF-2  50.24 
 
 
876 aa  591  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02986  hypothetical protein  53.75 
 
 
890 aa  591  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201323  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
890 aa  591  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3603  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
890 aa  590  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
890 aa  591  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  0.0000498988 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0817  translation initiation factor IF-2  44.97 
 
 
880 aa  592  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00792511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>