More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1117 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  64.42 
 
 
890 aa  775    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  64.42 
 
 
890 aa  775    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4577  translation initiation factor IF-2  62.93 
 
 
846 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.126639  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  55.02 
 
 
883 aa  665    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4712  translation initiation factor IF-2  62.93 
 
 
846 aa  789    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.333126  normal  0.0123461 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  65.92 
 
 
898 aa  786    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2990  translation initiation factor IF-2  60.1 
 
 
953 aa  1030    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.292743  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1755  translation initiation factor IF-2  82.63 
 
 
969 aa  1108    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.718536  normal  0.0607148 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1315  translation initiation factor IF-2  60.12 
 
 
868 aa  785    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1289  translation initiation factor IF-2  90.89 
 
 
964 aa  1487    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.772813 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  62.34 
 
 
894 aa  818    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000180014 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  63.09 
 
 
889 aa  783    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  64.42 
 
 
890 aa  775    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  0.0000498988 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3348  translation initiation factor IF-2  61.44 
 
 
848 aa  754    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0346308  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  57.34 
 
 
885 aa  810    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4490  translation initiation factor IF-2  63.99 
 
 
841 aa  773    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0593821  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3464  translation initiation factor IF-2  64.42 
 
 
890 aa  776    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.345648 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3730  translation initiation factor IF-2  55.47 
 
 
892 aa  786    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187768  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0926  translation initiation factor IF-2  52.04 
 
 
888 aa  659    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0148793  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  85.03 
 
 
975 aa  1118    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  64.03 
 
 
868 aa  798    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2689  translation initiation factor IF-2  64.03 
 
 
868 aa  797    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4180  translation initiation factor IF-2  64.15 
 
 
841 aa  776    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0069  translation initiation factor IF-2  45.62 
 
 
908 aa  785    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00377162  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  62.46 
 
 
882 aa  825    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3608  translation initiation factor IF-2  66.13 
 
 
828 aa  812    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2028  translation initiation factor IF-2  81.39 
 
 
966 aa  1338    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  65.73 
 
 
922 aa  951    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1027  translation initiation factor IF-2  58.32 
 
 
854 aa  784    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295152  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1921  translation initiation factor IF-2  67.85 
 
 
948 aa  969    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0602032 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  85.19 
 
 
975 aa  1120    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2120  translation initiation factor IF-2  55.78 
 
 
845 aa  783    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0599462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0779  translation initiation factor IF-2  63.71 
 
 
837 aa  784    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000679376  normal  0.0113763 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3993  translation initiation factor IF-2  54.29 
 
 
884 aa  789    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.116527  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  52.31 
 
 
947 aa  672    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4641  translation initiation factor IF-2  82.03 
 
 
972 aa  1128    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269772  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1600  translation initiation factor IF-2  66.61 
 
 
803 aa  793    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0215539  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1749  translation initiation factor IF-2  62.39 
 
 
890 aa  747    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0133551  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1227  translation initiation factor IF-2  65.57 
 
 
920 aa  1109    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0619631  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  85.03 
 
 
975 aa  1118    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  54.13 
 
 
884 aa  666    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3162  translation initiation factor IF-2  53.32 
 
 
984 aa  665    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1123  translation initiation factor IF-2  60.48 
 
 
818 aa  743    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1476  translation initiation factor IF-2  82.51 
 
 
971 aa  1131    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809339  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  68.18 
 
 
992 aa  958    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  85.19 
 
 
975 aa  1120    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2561  translation initiation factor IF-2  61.17 
 
 
943 aa  1066    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334789  normal  0.0201615 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1864  translation initiation factor IF-2  71.09 
 
 
876 aa  932    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3781  translation initiation factor IF-2  54.04 
 
 
873 aa  645    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322768  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  57.72 
 
 
903 aa  657    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2564  translation initiation factor IF-2  80.67 
 
 
976 aa  1122    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0419633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  63.41 
 
 
885 aa  828    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5462  translation initiation factor IF-2  66.56 
 
 
837 aa  800    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2465  translation initiation factor IF-2  54.48 
 
 
689 aa  639    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000966946  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0157  translation initiation factor IF-2  46.09 
 
 
905 aa  766    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2134  translation initiation factor IF-2  62.25 
 
 
978 aa  1063    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149988  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2708  translation initiation factor IF-2  60.49 
 
 
908 aa  727    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.334172  normal  0.377403 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  54.7 
 
 
887 aa  658    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  59.1 
 
 
907 aa  1066    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2426  translation initiation factor IF-2  62.6 
 
 
968 aa  1078    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0271781  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  82.07 
 
 
989 aa  1108    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3596  translation initiation factor IF-2  55.47 
 
 
892 aa  786    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000160504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3074  translation initiation factor 2  64.5 
 
 
843 aa  790    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1645  translation initiation factor IF-2  56.06 
 
 
692 aa  653    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0509218  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0074  translation initiation factor IF-2  45.52 
 
 
908 aa  784    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0422922  normal  0.247669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  77.98 
 
 
979 aa  1395    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0631  translation initiation factor IF2-2  57.34 
 
 
880 aa  719    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  85.03 
 
 
975 aa  1118    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  50.82 
 
 
835 aa  652    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2749  translation initiation factor IF-2  69.44 
 
 
990 aa  917    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.867679  normal  0.130193 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  82.51 
 
 
971 aa  1131    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  63.24 
 
 
895 aa  801    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1695  translation initiation factor IF-2  63.3 
 
 
869 aa  781    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  56.4 
 
 
856 aa  646    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  55.23 
 
 
894 aa  805    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  64.42 
 
 
890 aa  775    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  64.42 
 
 
890 aa  775    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0821  translation initiation factor IF-2  63.35 
 
 
831 aa  803    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.175155  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0563  translation initiation factor IF-2  65.62 
 
 
816 aa  795    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.852622  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  56.91 
 
 
885 aa  803    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  0.0000041871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  56.91 
 
 
885 aa  803    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1948  translation initiation factor IF-2  62.42 
 
 
883 aa  772    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0536071 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  61.54 
 
 
881 aa  814    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0900  translation initiation factor IF-2  51.31 
 
 
882 aa  643    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.437883  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  82.97 
 
 
971 aa  1117    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62760  translation initiation factor IF-2  66.56 
 
 
840 aa  800    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0503522  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3383  translation initiation factor IF-2  63.11 
 
 
943 aa  1090    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121659  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2433  translation initiation factor IF-2  53.76 
 
 
1079 aa  644    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.189984  normal  0.802602 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3605  translation initiation factor IF-2  64.25 
 
 
898 aa  777    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.600034  normal  0.0461803 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  49.93 
 
 
882 aa  674    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  85.03 
 
 
975 aa  1118    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0817  translation initiation factor IF-2  62.28 
 
 
880 aa  809    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00792511 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  82.51 
 
 
971 aa  1131    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  54.71 
 
 
949 aa  672    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  54.56 
 
 
889 aa  721    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000967139 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  85.19 
 
 
975 aa  1120    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  50.36 
 
 
985 aa  639    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  54.46 
 
 
921 aa  660    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  54.56 
 
 
880 aa  716    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4712  translation initiation factor IF-2  63.82 
 
 
842 aa  781    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.940521  normal  0.658182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>