65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5408 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5408  putative efflux outer membrane protein  100 
 
 		 506 aa  1025    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3076  outer membrane efflux protein  60.89 
 
 		 502 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0469  outer membrane efflux protein  39.14 
 
 		 502 aa  365  1e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0393  outer membrane efflux protein  39.34 
 
 		 502 aa  358  9e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0564  outer membrane efflux protein  38.93 
 
 		 502 aa  358  9.999999999999999e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0483  outer membrane efflux protein  39.13 
 
 		 502 aa  355  1e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.219911  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0676  outer membrane efflux protein  37.45 
 
 		 516 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773648  hitchhiker  0.0000779831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0161  Outer membrane efflux protein  36.25 
 
 		 504 aa  332  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0297  outer membrane efflux protein  36.5 
 
 		 537 aa  298  2e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3184  outer membrane efflux protein  34.74 
 
 		 515 aa  295  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.911982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2053  hypothetical protein  36.21 
 
 		 605 aa  289  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.13895  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0906  hypothetical protein  34.92 
 
 		 600 aa  277  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0678  hypothetical protein  34.71 
 
 		 595 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3737  outer membrane efflux protein  36.83 
 
 		 496 aa  270  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0420  outer membrane efflux protein  32.48 
 
 		 552 aa  269  1e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1670  outer membrane efflux protein  33.06 
 
 		 526 aa  260  4e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000434789  normal  0.249137 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0368  Outer membrane protein-like  34.69 
 
 		 609 aa  254  3e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1150  outer membrane efflux protein  30.62 
 
 		 746 aa  234  4.0000000000000004e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0094  outer membrane efflux protein, putative  24.11 
 
 		 501 aa  63.5  0.000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0379352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.37 
 
 		 483 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.29 
 
 		 483 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  23.31 
 
 		 512 aa  57.4  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2021  outer membrane efflux protein  22.07 
 
 		 437 aa  56.6  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2692  outer membrane efflux protein  26.46 
 
 		 442 aa  56.6  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922433  normal  0.254416 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0120  outer membrane efflux protein  22.31 
 
 		 448 aa  56.6  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000165447  hitchhiker  0.000000000000561163 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1482  outer membrane efflux protein  24.5 
 
 		 426 aa  56.6  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.979092  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.03 
 
 		 484 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4297  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  25 
 
 		 461 aa  55.1  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173675  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.79 
 
 		 484 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0259  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  25 
 
 		 461 aa  54.7  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.87 
 
 		 499 aa  54.3  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 512 aa  52.8  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1727  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.77 
 
 		 452 aa  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000826676  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2941  outer membrane efflux protein  24.4 
 
 		 436 aa  51.6  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0140963  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2659  outer membrane efflux protein  21.8 
 
 		 436 aa  52  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.4 
 
 		 485 aa  51.2  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  20.52 
 
 		 467 aa  51.2  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.62 
 
 		 525 aa  50.8  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.34 
 
 		 483 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3841  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.24 
 
 		 490 aa  50.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626052  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0309  outer membrane efflux protein  30.26 
 
 		 458 aa  50.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10330  putative outer membrane protein precursor  25.7 
 
 		 471 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.339948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0945  secretion protein  25.35 
 
 		 472 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.15 
 
 		 512 aa  47.4  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2380  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.22 
 
 		 481 aa  47.4  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.96 
 
 		 469 aa  47  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  26.52 
 
 		 479 aa  46.6  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3339  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  27.85 
 
 		 1530 aa  46.2  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211806 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4260  outer membrane efflux protein  21.41 
 
 		 438 aa  46.6  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2704  outer membrane efflux protein  22.79 
 
 		 423 aa  46.2  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.35 
 
 		 475 aa  45.8  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3425  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  24.38 
 
 		 461 aa  45.8  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.76 
 
 		 471 aa  45.1  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.53 
 
 		 477 aa  45.1  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0808322  hitchhiker  0.00908583 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.5 
 
 		 501 aa  45.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1779  outer membrane efflux protein  26.47 
 
 		 444 aa  45.4  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0223897  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.55 
 
 		 472 aa  44.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26 
 
 		 482 aa  44.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0364  outer membrane channel protein  24.58 
 
 		 500 aa  44.7  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.32 
 
 		 486 aa  44.7  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0559  outer membrane efflux protein  28.43 
 
 		 455 aa  44.3  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.04 
 
 		 478 aa  43.9  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357765  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1726  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.79 
 
 		 478 aa  43.9  0.007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.33067  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  24.87 
 
 		 462 aa  43.5  0.008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1884  outer membrane efflux protein  21.5 
 
 		 483 aa  43.5  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>