46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3076 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3076  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 502 aa  1013    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5408  putative efflux outer membrane protein  61.75 
 
 		 506 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0469  outer membrane efflux protein  35.33 
 
 		 502 aa  325  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0676  outer membrane efflux protein  36.08 
 
 		 516 aa  319  6e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773648  hitchhiker  0.0000779831 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0564  outer membrane efflux protein  34.71 
 
 		 502 aa  313  5.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0161  Outer membrane efflux protein  37.1 
 
 		 504 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0906  hypothetical protein  36.25 
 
 		 600 aa  292  9e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0297  outer membrane efflux protein  35.8 
 
 		 537 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3184  outer membrane efflux protein  36.55 
 
 		 515 aa  291  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.911982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0393  outer membrane efflux protein  34.54 
 
 		 502 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0678  hypothetical protein  35.62 
 
 		 595 aa  286  4e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0483  outer membrane efflux protein  32.87 
 
 		 502 aa  286  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.219911  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2053  hypothetical protein  35.23 
 
 		 605 aa  286  8e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.13895  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3737  outer membrane efflux protein  35.65 
 
 		 496 aa  266  5.999999999999999e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0420  outer membrane efflux protein  31.12 
 
 		 552 aa  256  5e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1670  outer membrane efflux protein  31.35 
 
 		 526 aa  254  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000434789  normal  0.249137 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0368  Outer membrane protein-like  32.29 
 
 		 609 aa  219  1e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1150  outer membrane efflux protein  29.84 
 
 		 746 aa  212  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2021  outer membrane efflux protein  23.33 
 
 		 437 aa  64.7  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1727  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.07 
 
 		 452 aa  55.8  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000826676  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3645  outer membrane efflux protein  24.6 
 
 		 514 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.784148  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5578  outer membrane efflux protein  24.6 
 
 		 514 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0232692  hitchhiker  0.00628536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4722  outer membrane efflux protein  24.6 
 
 		 514 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0674524  decreased coverage  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1015  Outer membrane efflux protein  24.48 
 
 		 731 aa  55.1  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0127212 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1054  outer membrane efflux protein  24.19 
 
 		 514 aa  54.3  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000452487  normal  0.217723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0559  outer membrane efflux protein  26.95 
 
 		 455 aa  52.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1779  outer membrane efflux protein  24.58 
 
 		 444 aa  53.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0223897  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3973  outer membrane efflux protein  24.6 
 
 		 513 aa  52.8  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0704049 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2704  outer membrane efflux protein  20.85 
 
 		 423 aa  51.6  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4512  outer membrane efflux protein  22.27 
 
 		 520 aa  50.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4182  outer membrane efflux protein  24.83 
 
 		 431 aa  49.3  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256436  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5078  outer membrane efflux protein  22.94 
 
 		 635 aa  47  0.0007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.851054  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3265  outer membrane efflux protein  25.31 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2864  outer membrane efflux protein  25.31 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3644  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.62 
 
 		 471 aa  45.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  24.75 
 
 		 512 aa  44.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  24.51 
 
 		 473 aa  45.4  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  22.54 
 
 		 479 aa  44.7  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2659  outer membrane efflux protein  24.54 
 
 		 436 aa  44.7  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1761  hypothetical protein  23.24 
 
 		 576 aa  44.7  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1294  putative outer membrane CHANEL lipoprotein  23.85 
 
 		 489 aa  43.9  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2950  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.2 
 
 		 479 aa  43.9  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3628  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.37 
 
 		 479 aa  43.5  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  24 
 
 		 466 aa  43.5  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5561  outer membrane efflux protein  23.99 
 
 		 431 aa  43.1  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1941  outer membrane efflux protein  21.25 
 
 		 432 aa  43.1  0.01  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>