101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2740 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  100 
 
 		 214 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  42.58 
 
 		 221 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  37.8 
 
 		 224 aa  161  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2713  cytochrome B561  40.78 
 
 		 222 aa  160  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  37.68 
 
 		 218 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  35.61 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  36.1 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3004  cytochrome B561  36.84 
 
 		 215 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0455486  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1964  cytochrome B561  30.58 
 
 		 201 aa  106  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156226  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2186  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  35.21 
 
 		 254 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0241  cytochrome B561  35.35 
 
 		 202 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0540804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2065  cytochrome B561  29.61 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2105  cytochrome B561  29.61 
 
 		 201 aa  99.4  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.818357  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1695  cytochrome B561  33.33 
 
 		 209 aa  99  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2425  cytochrome B561  28.64 
 
 		 201 aa  98.6  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0091  cytochrome B561  33.49 
 
 		 222 aa  96.3  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000871818 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2159  cytochrome B561  28.64 
 
 		 201 aa  96.3  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.862051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1198  hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  27.67 
 
 		 201 aa  93.6  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0166  cytochrome B561  31.16 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.304607  normal  0.200906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01639  predicted cytochrome  33.01 
 
 		 261 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.467197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1972  cytochrome B561  33.01 
 
 		 261 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01629  hypothetical protein  33.01 
 
 		 261 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.5046  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2240  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.72 
 
 		 254 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.728815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2286  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.72 
 
 		 254 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.08232 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2233  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.72 
 
 		 254 aa  92  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0108837  normal  0.187454 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1885  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.86 
 
 		 261 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1527  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.86 
 
 		 261 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  hitchhiker  0.0000439849 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1870  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.37 
 
 		 261 aa  90.9  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26404  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2383  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.37 
 
 		 261 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00487401  hitchhiker  0.000175861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1751  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.37 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000335774  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1961  cytochrome B561  31.37 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190116 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2399  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.72 
 
 		 254 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.356417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3141  cytochrome B561  29.33 
 
 		 218 aa  89.4  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105308  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3634  cytochrome B561  28.11 
 
 		 208 aa  87.8  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.430483  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1393  cytochrome B561  29.29 
 
 		 213 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0377  cytochrome b561  27.55 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0283  cytochrome B561  30.69 
 
 		 259 aa  72.4  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0878  cytochrome B561  26.19 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0580408  normal  0.0708671 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2178  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  29.57 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.608248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4155  hypothetical protein  25.42 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187759  normal  0.879826 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2995  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  24.77 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0962  hypothetical protein  25.93 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0148  cytochrome b561  26.53 
 
 		 198 aa  53.5  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1277  cytochrome B561  26.73 
 
 		 232 aa  52.4  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.258136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4345  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  26.09 
 
 		 287 aa  52  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.159228  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2989  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  21.47 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1961  hypothetical protein  29.27 
 
 		 263 aa  50.1  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0016  HupC/HyaC/HydC family protein  23.49 
 
 		 266 aa  50.1  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6423  cytochrome b561  23.96 
 
 		 198 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.43186 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1696  hypothetical protein  23.12 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0857  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.24 
 
 		 227 aa  50.1  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0804  hypothetical protein  25 
 
 		 238 aa  49.3  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0019  HupC/HyaC/HydC family protein  23.49 
 
 		 269 aa  48.9  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3599  hypothetical protein  25.37 
 
 		 209 aa  48.5  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.927572  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2730  oxidoreductase, molybdopterin binding protein  28.57 
 
 		 495 aa  48.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0908687  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1107  cytochrome b561  24.23 
 
 		 210 aa  48.5  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.342144  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1281  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  27.35 
 
 		 238 aa  48.5  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00387154  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1401  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  28.32 
 
 		 238 aa  48.1  0.0001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1448  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  23.71 
 
 		 227 aa  48.1  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0615119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2027  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.02 
 
 		 240 aa  48.1  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0460  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  28.76 
 
 		 238 aa  48.1  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000119026  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3846  hypothetical protein  23.33 
 
 		 242 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.659126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2750  hypothetical protein  25.37 
 
 		 207 aa  48.1  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0581542 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4815  cytochrome B561  31 
 
 		 280 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3601  hypothetical protein  23.96 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.894877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3372  hypothetical protein  23.3 
 
 		 206 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.356958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0974  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.65 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000584739  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4303  hypothetical protein  24.35 
 
 		 229 aa  47  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2741  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.38 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157602  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1941  (Ni/Fe) hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.14 
 
 		 186 aa  46.6  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0243  hypothetical protein  22.93 
 
 		 209 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1509  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  22.51 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2667  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  25 
 
 		 213 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2569  cytochrome B561  30.3 
 
 		 280 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5019  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  22.92 
 
 		 212 aa  45.4  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.211466 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08530  Ni,Fe-hydrogenase I cytochrome b subunit  26.4 
 
 		 229 aa  45.1  0.0008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.360929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0332  hypothetical protein  24.39 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0337  hypothetical protein  26.57 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061183  normal  0.0250928 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1901  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  24.88 
 
 		 227 aa  44.3  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1152  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.34 
 
 		 254 aa  44.7  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.955059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.51 
 
 		 408 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0163  nickel-iron hydrogenase, small subunit  22.34 
 
 		 228 aa  43.9  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.979082  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4333  cytochrome B561  24.48 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  22.12 
 
 		 339 aa  43.5  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1107  cytochrome b561  25.52 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0878902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1860  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.48 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3908  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.54 
 
 		 253 aa  43.1  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1591  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.78 
 
 		 229 aa  43.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0486  hypothetical protein  24.77 
 
 		 214 aa  42.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.899419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3135  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  24.86 
 
 		 217 aa  42.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152976 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4896  hypothetical protein  21.94 
 
 		 225 aa  42.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.887207  decreased coverage  0.000752171 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6765  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  20.94 
 
 		 223 aa  42.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4243  hypothetical protein  25.75 
 
 		 245 aa  42.7  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.927259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2175  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26 
 
 		 250 aa  42.4  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000847396  normal  0.136379 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0743  cytochrome B561  23.96 
 
 		 210 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.689612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1224  cytochrome B561  23.96 
 
 		 210 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3770  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  21.43 
 
 		 244 aa  42  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0316  oxidoreductase, molybdopterin binding  28.57 
 
 		 517 aa  42  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 299 aa  42  0.007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3285  hypothetical protein  21.88 
 
 		 227 aa  41.6  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>