97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0243 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0243  hypothetical protein  100 
 
 		 209 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3599  hypothetical protein  76.56 
 
 		 209 aa  307  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.927572  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0486  hypothetical protein  73.36 
 
 		 214 aa  300  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.899419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0332  hypothetical protein  77.62 
 
 		 210 aa  299  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0337  hypothetical protein  70.81 
 
 		 209 aa  282  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061183  normal  0.0250928 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0222  hypothetical protein  64.62 
 
 		 212 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.500993  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1197  cytochrome b561  59.05 
 
 		 210 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0202339  normal  0.348935 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0743  cytochrome B561  59.05 
 
 		 210 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.689612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1224  cytochrome B561  59.05 
 
 		 210 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4333  cytochrome B561  56.19 
 
 		 210 aa  240  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1107  cytochrome b561  56.19 
 
 		 210 aa  238  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.342144  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1107  cytochrome b561  56.67 
 
 		 210 aa  236  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0878902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2667  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  57.84 
 
 		 213 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5019  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  55.02 
 
 		 212 aa  228  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.211466 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0619  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  60.73 
 
 		 212 aa  226  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0667  hypothetical protein  58.67 
 
 		 366 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.108588  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1200  hypothetical protein  58.67 
 
 		 378 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0949827  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1404  hypothetical protein  58.67 
 
 		 378 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0485  hypothetical protein  58.67 
 
 		 366 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3086  hypothetical protein  58.67 
 
 		 361 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1399  hypothetical protein  58.16 
 
 		 374 aa  225  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2989  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  53.4 
 
 		 210 aa  224  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1532  hypothetical protein  58.16 
 
 		 373 aa  223  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2995  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  58.46 
 
 		 210 aa  223  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3135  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  54.07 
 
 		 217 aa  223  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152976 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2178  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  52.68 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.608248 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1509  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  54.45 
 
 		 203 aa  215  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0308  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  57.59 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.534278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1696  hypothetical protein  56 
 
 		 217 aa  214  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0296  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  57.59 
 
 		 224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2841  hypothetical protein  57.14 
 
 		 336 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6423  cytochrome b561  56.7 
 
 		 198 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.43186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1519  hypothetical protein  54.45 
 
 		 201 aa  211  7e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1202  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  54.41 
 
 		 214 aa  206  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2591  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B-type subunit oxidoreductase protein  56.02 
 
 		 198 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.724767 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2750  hypothetical protein  56.45 
 
 		 207 aa  202  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0581542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3601  hypothetical protein  55.21 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.894877  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0962  hypothetical protein  55.05 
 
 		 222 aa  197  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1751  hypothetical protein  58.12 
 
 		 210 aa  195  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172426  normal  0.321819 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4931  hypothetical protein  58.12 
 
 		 211 aa  194  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.211711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3372  hypothetical protein  55.56 
 
 		 206 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.356958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6765  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  56.16 
 
 		 223 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0542  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit oxidoreductase protein  51.9 
 
 		 210 aa  192  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2729  hypothetical protein  53.37 
 
 		 199 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3724  HupC/HyaC/HydC family protein  54.59 
 
 		 201 aa  188  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1496  HupC/HyaC/HydC family protein  55.14 
 
 		 201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4896  hypothetical protein  49.75 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.887207  decreased coverage  0.000752171 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64550  hypothetical protein  59.14 
 
 		 204 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3285  hypothetical protein  49.25 
 
 		 227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318834  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5605  hypothetical protein  58.6 
 
 		 204 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1559  Thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  38.5 
 
 		 216 aa  128  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2312  hypothetical protein  42.04 
 
 		 202 aa  118  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.414028  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4165  hypothetical protein  32.47 
 
 		 198 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.41949 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3629  hypothetical protein  37.44 
 
 		 219 aa  99.4  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.131811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4243  hypothetical protein  31.75 
 
 		 245 aa  95.5  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.927259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0865  cytochrome B561  32.27 
 
 		 288 aa  92  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0959  hypothetical protein  33.33 
 
 		 199 aa  91.7  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.309529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4303  hypothetical protein  34.09 
 
 		 229 aa  89  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4155  hypothetical protein  33.33 
 
 		 242 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187759  normal  0.879826 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3846  hypothetical protein  31.3 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.659126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2569  cytochrome B561  28.11 
 
 		 280 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4815  cytochrome B561  28.51 
 
 		 280 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2350  hypothetical protein  29.92 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.772362  normal  0.605927 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1009  putative transmembrane b-type cytochrome protein  28.57 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.154518  normal  0.187677 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3942  hypothetical protein  27.97 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.634833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0564  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  27.64 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0373789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1813  cytochrome B561  26.97 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.876727  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3310  putative transmembrane b-type cytochrome protein  27.19 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.600987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3633  putative transmembrane b-type cytochrome protein  26.75 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.261183 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3510  putative transmembrane b-type cytochrome protein  28.07 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0316  oxidoreductase, molybdopterin binding  26.46 
 
 		 517 aa  55.5  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2295  hypothetical protein  32.56 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.5766 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0490  hypothetical protein  22.36 
 
 		 285 aa  54.7  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.333881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4105  HupC/HyaC/HydC family protein  29.58 
 
 		 270 aa  51.6  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02800  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)  28.79 
 
 		 544 aa  50.1  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.132141  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  23.21 
 
 		 224 aa  49.3  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4345  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  24.4 
 
 		 287 aa  49.3  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.159228  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2741  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.91 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157602  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1913  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.57 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.400664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1920  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.57 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1887  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.57 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  21.56 
 
 		 218 aa  46.2  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0019  HupC/HyaC/HydC family protein  29.93 
 
 		 269 aa  45.8  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0016  HupC/HyaC/HydC family protein  29.93 
 
 		 266 aa  45.8  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  22.93 
 
 		 214 aa  45.8  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2406  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.09 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0991035  hitchhiker  0.000275557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2090  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.09 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.427939  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2748  hypothetical protein  28.87 
 
 		 366 aa  44.3  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0308012  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2730  oxidoreductase, molybdopterin binding protein  23.61 
 
 		 495 aa  43.5  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0908687  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  23.08 
 
 		 221 aa  43.1  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  23.98 
 
 		 244 aa  42  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1878  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.12 
 
 		 224 aa  42  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2157  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.12 
 
 		 224 aa  42  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.71471  normal  0.166064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3634  cytochrome B561  26.15 
 
 		 208 aa  42  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.430483  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1820  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.12 
 
 		 224 aa  41.6  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  23.96 
 
 		 244 aa  41.6  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  26.61 
 
 		 211 aa  41.2  0.01  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>