57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3004 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_3004  cytochrome B561  100 
 
 		 215 aa  441  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0455486  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0091  cytochrome B561  66.82 
 
 		 222 aa  320  9.999999999999999e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000871818 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0166  cytochrome B561  58.88 
 
 		 213 aa  259  3e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.304607  normal  0.200906 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1393  cytochrome B561  61.34 
 
 		 213 aa  248  5e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1695  cytochrome B561  56.16 
 
 		 209 aa  239  2e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0241  cytochrome B561  58 
 
 		 202 aa  226  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0540804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3141  cytochrome B561  53.81 
 
 		 218 aa  218  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105308  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3634  cytochrome B561  47.96 
 
 		 208 aa  194  9e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.430483  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2159  cytochrome B561  48.77 
 
 		 201 aa  191  1e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.862051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1198  hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  46.27 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1964  cytochrome B561  47.78 
 
 		 201 aa  185  4e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156226  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0377  cytochrome b561  45.96 
 
 		 199 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2425  cytochrome B561  46.8 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2065  cytochrome B561  47.78 
 
 		 201 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2105  cytochrome B561  47.78 
 
 		 201 aa  181  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.818357  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0878  cytochrome B561  48.69 
 
 		 197 aa  167  9e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0580408  normal  0.0708671 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0148  cytochrome b561  45.18 
 
 		 198 aa  162  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  36.84 
 
 		 214 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2713  cytochrome B561  30.18 
 
 		 222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  34.95 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  33.82 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  31.68 
 
 		 244 aa  94.4  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  30.2 
 
 		 244 aa  92.8  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  31.34 
 
 		 221 aa  92  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2186  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.99 
 
 		 254 aa  88.6  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2399  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.99 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.356417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2233  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.99 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0108837  normal  0.187454 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2286  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.99 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.08232 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2240  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.99 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.728815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1527  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.67 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  hitchhiker  0.0000439849 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2383  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.67 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00487401  hitchhiker  0.000175861 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1885  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.67 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1961  cytochrome B561  32.02 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190116 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1751  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.02 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000335774  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1870  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.02 
 
 		 261 aa  75.1  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26404  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1972  cytochrome B561  32.02 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01629  hypothetical protein  32.02 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.5046  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01639  predicted cytochrome  32.02 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.467197  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0283  cytochrome B561  31.86 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4815  cytochrome B561  31.54 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2569  cytochrome B561  27.42 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2741  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.39 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157602  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0490  hypothetical protein  32.58 
 
 		 285 aa  50.1  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.333881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0865  cytochrome B561  31.91 
 
 		 288 aa  49.7  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0938  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  23.98 
 
 		 225 aa  45.8  0.0005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.36095  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1164  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  26 
 
 		 242 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.49 
 
 		 208 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0336  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.77 
 
 		 244 aa  42.7  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00129504  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1367  cytochrome B561  22.07 
 
 		 390 aa  42.7  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.7 
 
 		 216 aa  42  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1156  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.23 
 
 		 242 aa  42  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.190258  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.7 
 
 		 216 aa  42  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2916  cytochrome B561  22.07 
 
 		 390 aa  42  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.494489 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0019  HupC/HyaC/HydC family protein  27.1 
 
 		 269 aa  42  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  24.71 
 
 		 216 aa  41.6  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1813  cytochrome B561  28.67 
 
 		 299 aa  41.6  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.876727  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3770  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  23.66 
 
 		 244 aa  41.6  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52768  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>