202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3488 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 
208 aa  424  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  65.53 
 
 
206 aa  274  7e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.51 
 
 
215 aa  217  8.999999999999998e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.49 
 
 
218 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  47.57 
 
 
211 aa  209  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.46 
 
 
218 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.97 
 
 
218 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  47.55 
 
 
208 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  47.06 
 
 
233 aa  201  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  47.06 
 
 
217 aa  201  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.25 
 
 
208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.25 
 
 
208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.25 
 
 
208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.25 
 
 
208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.56 
 
 
211 aa  198  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.25 
 
 
208 aa  197  9e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.25 
 
 
208 aa  197  9e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.25 
 
 
208 aa  197  9e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  49.25 
 
 
208 aa  195  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.54 
 
 
218 aa  195  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.793467 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  47.26 
 
 
218 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.63 
 
 
218 aa  194  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.75 
 
 
208 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.75 
 
 
208 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.41 
 
 
235 aa  193  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.76 
 
 
208 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.76 
 
 
208 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.76 
 
 
208 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.76 
 
 
208 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.76 
 
 
208 aa  191  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.71 
 
 
228 aa  186  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.08 
 
 
211 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.08 
 
 
211 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.27 
 
 
211 aa  183  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.27 
 
 
224 aa  182  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.27 
 
 
224 aa  182  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  40.95 
 
 
211 aa  182  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.27 
 
 
224 aa  182  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.6 
 
 
211 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.6 
 
 
211 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.6 
 
 
211 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.6 
 
 
211 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.6 
 
 
211 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  44.08 
 
 
211 aa  181  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.08 
 
 
211 aa  181  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.08 
 
 
211 aa  181  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.08 
 
 
211 aa  181  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.08 
 
 
211 aa  181  6e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.08 
 
 
211 aa  181  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  44.08 
 
 
211 aa  181  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
218 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
218 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  42.38 
 
 
211 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
218 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
218 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
218 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  42.86 
 
 
211 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.04 
 
 
235 aa  179  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.95 
 
 
240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  43.56 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.65 
 
 
213 aa  171  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
223 aa  168  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
223 aa  168  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
223 aa  168  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  40.59 
 
 
217 aa  167  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  40.59 
 
 
217 aa  167  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
217 aa  167  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
217 aa  167  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  40.59 
 
 
217 aa  167  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.59 
 
 
217 aa  167  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.92 
 
 
228 aa  167  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.54 
 
 
213 aa  166  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  41.98 
 
 
216 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.29 
 
 
216 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.29 
 
 
216 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  40.58 
 
 
215 aa  161  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.83 
 
 
211 aa  160  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.65 
 
 
211 aa  159  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.5 
 
 
224 aa  158  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  36.71 
 
 
212 aa  155  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2091  formate dehydrogenase gamma subunit  32.46 
 
 
207 aa  132  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000354882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.51 
 
 
214 aa  128  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  32.52 
 
 
222 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  32.32 
 
 
213 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  32.32 
 
 
213 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  32.32 
 
 
213 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  32.32 
 
 
213 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.41 
 
 
213 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.41 
 
 
213 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.41 
 
 
213 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.17 
 
 
341 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  31.6 
 
 
339 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.58 
 
 
339 aa  104  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.11 
 
 
339 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  32.56 
 
 
369 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.81 
 
 
204 aa  99.8  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.3 
 
 
204 aa  99  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.02 
 
 
227 aa  94.4  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.81 
 
 
384 aa  92.8  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.1 
 
 
345 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>