46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3634 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3634  cytochrome B561  100 
 
 		 208 aa  424  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.430483  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3141  cytochrome B561  52.66 
 
 		 218 aa  244  9e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105308  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0377  cytochrome b561  54.08 
 
 		 199 aa  221  8e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0878  cytochrome B561  52.55 
 
 		 197 aa  208  4e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0580408  normal  0.0708671 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0241  cytochrome B561  51.53 
 
 		 202 aa  202  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0540804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0166  cytochrome B561  50.26 
 
 		 213 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.304607  normal  0.200906 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1695  cytochrome B561  46.94 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1393  cytochrome B561  53.16 
 
 		 213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3004  cytochrome B561  47.96 
 
 		 215 aa  194  9e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0455486  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0091  cytochrome B561  46.73 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000871818 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2159  cytochrome B561  42.71 
 
 		 201 aa  180  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.862051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2105  cytochrome B561  43.5 
 
 		 201 aa  178  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.818357  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2425  cytochrome B561  42.71 
 
 		 201 aa  177  9e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2065  cytochrome B561  43 
 
 		 201 aa  177  9e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1964  cytochrome B561  42.71 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156226  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1198  hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  40.7 
 
 		 201 aa  174  7e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0148  cytochrome b561  45.18 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2186  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.69 
 
 		 254 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  28.11 
 
 		 214 aa  87.8  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2240  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  35.2 
 
 		 254 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.728815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2286  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  35.2 
 
 		 254 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.08232 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  30.41 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2233  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.69 
 
 		 254 aa  85.1  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0108837  normal  0.187454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2399  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  35.2 
 
 		 254 aa  84.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.356417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2713  cytochrome B561  29.38 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  31.53 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  30.93 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  30.54 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  28.16 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1527  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.96 
 
 		 261 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  hitchhiker  0.0000439849 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2383  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.96 
 
 		 261 aa  71.6  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00487401  hitchhiker  0.000175861 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1885  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.46 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0283  cytochrome B561  27.78 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1870  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.46 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26404  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01639  predicted cytochrome  29.44 
 
 		 261 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.467197  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1961  cytochrome B561  29.95 
 
 		 261 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190116 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1751  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.95 
 
 		 261 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000335774  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01629  hypothetical protein  29.44 
 
 		 261 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.5046  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1972  cytochrome B561  29.44 
 
 		 261 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.5 
 
 		 342 aa  47.4  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2741  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.02 
 
 		 207 aa  45.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157602  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2916  cytochrome B561  24.88 
 
 		 390 aa  44.3  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.494489 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1367  cytochrome B561  24.88 
 
 		 390 aa  42.4  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3987  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  21.86 
 
 		 234 aa  42.4  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  25 
 
 		 211 aa  42  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0243  hypothetical protein  26.15 
 
 		 209 aa  42  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.061558 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>