107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2929 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  100 
 
 		 224 aa  461  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  90.18 
 
 		 218 aa  417  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2713  cytochrome B561  65.37 
 
 		 222 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  64.9 
 
 		 221 aa  292  3e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  55.71 
 
 		 244 aa  248  4e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  55.24 
 
 		 244 aa  247  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  37.8 
 
 		 214 aa  161  6e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3004  cytochrome B561  34.95 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0455486  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0091  cytochrome B561  33.17 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000871818 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3141  cytochrome B561  34.12 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105308  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1198  hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  33 
 
 		 201 aa  98.2  9e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2065  cytochrome B561  32.35 
 
 		 201 aa  95.1  7e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2105  cytochrome B561  32.02 
 
 		 201 aa  94.4  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.818357  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0241  cytochrome B561  34.6 
 
 		 202 aa  92.4  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0540804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2425  cytochrome B561  31.37 
 
 		 201 aa  92  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1964  cytochrome B561  32.35 
 
 		 201 aa  92  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156226  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0166  cytochrome B561  33.49 
 
 		 213 aa  91.7  8e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.304607  normal  0.200906 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2159  cytochrome B561  32.35 
 
 		 201 aa  91.3  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.862051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1695  cytochrome B561  33.5 
 
 		 209 aa  89.4  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2186  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.38 
 
 		 254 aa  89.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1393  cytochrome B561  31.98 
 
 		 213 aa  88.6  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3634  cytochrome B561  30.41 
 
 		 208 aa  85.9  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.430483  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0377  cytochrome b561  30.85 
 
 		 199 aa  85.1  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2240  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.38 
 
 		 254 aa  81.6  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.728815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2286  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.38 
 
 		 254 aa  81.6  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.08232 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2233  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.38 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0108837  normal  0.187454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2399  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  32.38 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.356417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2383  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.29 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00487401  hitchhiker  0.000175861 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1527  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.84 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  hitchhiker  0.0000439849 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1870  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.8 
 
 		 261 aa  75.1  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1751  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.8 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000335774  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1961  cytochrome B561  31.8 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190116 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01639  predicted cytochrome  31.8 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.467197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1972  cytochrome B561  31.8 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1885  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  33.33 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01629  hypothetical protein  31.8 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.5046  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0878  cytochrome B561  26 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0580408  normal  0.0708671 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0283  cytochrome B561  32.21 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0148  cytochrome b561  28.5 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2741  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.65 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157602  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1813  cytochrome B561  27.63 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.876727  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4345  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  31.72 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.159228  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2989  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  26.98 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3770  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.03 
 
 		 244 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0163  nickel-iron hydrogenase, small subunit  28.57 
 
 		 228 aa  54.3  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.979082  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1961  hypothetical protein  27.22 
 
 		 263 aa  53.9  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4303  hypothetical protein  24.87 
 
 		 229 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0865  cytochrome B561  24.58 
 
 		 288 aa  52.8  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3285  hypothetical protein  24.24 
 
 		 227 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318834  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2178  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  25.6 
 
 		 208 aa  52.4  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.608248 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0490  hypothetical protein  24.17 
 
 		 285 aa  52.4  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.333881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4896  hypothetical protein  23.74 
 
 		 225 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.887207  decreased coverage  0.000752171 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1295  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  44 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00118042  normal  0.526274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1156  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  37.11 
 
 		 242 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.190258  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6765  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  26.04 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4155  hypothetical protein  23.74 
 
 		 242 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187759  normal  0.879826 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0243  hypothetical protein  23.21 
 
 		 209 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0486  hypothetical protein  25.85 
 
 		 214 aa  48.9  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.899419 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2350  hypothetical protein  28.81 
 
 		 280 aa  48.5  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.772362  normal  0.605927 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1164  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  36.9 
 
 		 242 aa  48.5  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0543  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.57 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2995  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  23.81 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4105  HupC/HyaC/HydC family protein  27.94 
 
 		 270 aa  48.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3846  hypothetical protein  23.23 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.659126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  25.63 
 
 		 388 aa  47.4  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0222  hypothetical protein  26.84 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.500993  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1696  hypothetical protein  25.65 
 
 		 217 aa  47.4  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2750  hypothetical protein  25.54 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0581542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.25 
 
 		 408 aa  46.6  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0337  hypothetical protein  25.63 
 
 		 209 aa  45.8  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061183  normal  0.0250928 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1941  (Ni/Fe) hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.78 
 
 		 186 aa  45.8  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3135  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  24.53 
 
 		 217 aa  45.4  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152976 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0619  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  22.27 
 
 		 212 aa  45.1  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0874  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.46 
 
 		 222 aa  45.1  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2824  HupC protein  51.28 
 
 		 244 aa  45.1  0.0009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.603712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3987  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  39.22 
 
 		 234 aa  44.7  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4333  cytochrome B561  26.06 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1277  cytochrome B561  25 
 
 		 232 aa  44.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.258136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2175  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  56.25 
 
 		 250 aa  44.3  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000847396  normal  0.136379 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6423  cytochrome b561  22.68 
 
 		 198 aa  44.7  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.43186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2667  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  24.55 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0121  nickel-iron hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.57 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.347229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0019  HupC/HyaC/HydC family protein  26.35 
 
 		 269 aa  44.3  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3372  hypothetical protein  24.74 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.356958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1519  hypothetical protein  26.63 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3100  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.09 
 
 		 248 aa  44.3  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1972  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  44.44 
 
 		 246 aa  43.9  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.184335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4243  hypothetical protein  33.68 
 
 		 245 aa  43.9  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.927259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1559  Thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  23.76 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3369  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.35 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00901378  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2569  cytochrome B561  30 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3601  hypothetical protein  24.74 
 
 		 206 aa  43.5  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.894877  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2105  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.23 
 
 		 222 aa  43.1  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1399  hypothetical protein  24.5 
 
 		 374 aa  43.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0016  HupC/HyaC/HydC family protein  27.27 
 
 		 266 aa  43.5  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4815  cytochrome B561  20.73 
 
 		 280 aa  43.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2031  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.26 
 
 		 222 aa  43.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.172243  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0332  hypothetical protein  23.08 
 
 		 210 aa  42.4  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2730  oxidoreductase, molybdopterin binding protein  27.27 
 
 		 495 aa  42.4  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0908687  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3086  hypothetical protein  24.5 
 
 		 361 aa  42  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>