94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0486 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0486  hypothetical protein  100 
 
 		 214 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.899419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0332  hypothetical protein  80.84 
 
 		 210 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0243  hypothetical protein  73.36 
 
 		 209 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3599  hypothetical protein  76.92 
 
 		 209 aa  293  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.927572  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0337  hypothetical protein  70.81 
 
 		 209 aa  279  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061183  normal  0.0250928 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0222  hypothetical protein  69.16 
 
 		 212 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.500993  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1197  cytochrome b561  56.44 
 
 		 210 aa  231  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0202339  normal  0.348935 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0743  cytochrome B561  53.95 
 
 		 210 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.689612  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3086  hypothetical protein  57.95 
 
 		 361 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0485  hypothetical protein  57.95 
 
 		 366 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1404  hypothetical protein  58.25 
 
 		 378 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1224  cytochrome B561  53.95 
 
 		 210 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0667  hypothetical protein  57.95 
 
 		 366 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.108588  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1200  hypothetical protein  57.95 
 
 		 378 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0949827  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4333  cytochrome B561  54.19 
 
 		 210 aa  228  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1399  hypothetical protein  57.73 
 
 		 374 aa  228  6e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1532  hypothetical protein  57.73 
 
 		 373 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2667  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  54.15 
 
 		 213 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1107  cytochrome b561  55.17 
 
 		 210 aa  225  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0878902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1107  cytochrome b561  54.19 
 
 		 210 aa  224  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.342144  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3135  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  50.47 
 
 		 217 aa  223  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152976 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2989  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  54.4 
 
 		 210 aa  219  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1509  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  53.12 
 
 		 203 aa  218  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1696  hypothetical protein  56.19 
 
 		 217 aa  218  6e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2841  hypothetical protein  57.22 
 
 		 336 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2178  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  50.94 
 
 		 208 aa  215  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.608248 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0619  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  50.47 
 
 		 212 aa  213  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2995  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  54.4 
 
 		 210 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5019  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  54.69 
 
 		 212 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.211466 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6423  cytochrome b561  54.64 
 
 		 198 aa  211  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.43186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1519  hypothetical protein  51.04 
 
 		 201 aa  205  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1751  hypothetical protein  57.07 
 
 		 210 aa  202  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172426  normal  0.321819 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0296  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  51.83 
 
 		 224 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0308  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  51.83 
 
 		 224 aa  202  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.534278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4931  hypothetical protein  56.57 
 
 		 211 aa  201  8e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.211711 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3601  hypothetical protein  54.69 
 
 		 206 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.894877  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2750  hypothetical protein  55.38 
 
 		 207 aa  200  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0581542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0962  hypothetical protein  52.33 
 
 		 222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1202  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  52.28 
 
 		 214 aa  198  3.9999999999999996e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3724  HupC/HyaC/HydC family protein  50.51 
 
 		 201 aa  196  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2729  hypothetical protein  53.3 
 
 		 199 aa  193  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3372  hypothetical protein  54.97 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.356958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2591  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B-type subunit oxidoreductase protein  50 
 
 		 198 aa  192  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.724767 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1496  HupC/HyaC/HydC family protein  54.59 
 
 		 201 aa  191  9e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0542  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit oxidoreductase protein  49.76 
 
 		 210 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4896  hypothetical protein  51.74 
 
 		 225 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.887207  decreased coverage  0.000752171 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6765  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  53 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64550  hypothetical protein  56.45 
 
 		 204 aa  175  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3285  hypothetical protein  46.27 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318834  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5605  hypothetical protein  56.45 
 
 		 204 aa  170  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1559  Thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  37.62 
 
 		 216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2312  hypothetical protein  38.46 
 
 		 202 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.414028  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4165  hypothetical protein  33.88 
 
 		 198 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.41949 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3629  hypothetical protein  35.07 
 
 		 219 aa  98.6  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.131811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4243  hypothetical protein  32.21 
 
 		 245 aa  95.1  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.927259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4303  hypothetical protein  35.35 
 
 		 229 aa  95.1  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0865  cytochrome B561  31.75 
 
 		 288 aa  94  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0959  hypothetical protein  32.75 
 
 		 199 aa  93.2  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.309529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3846  hypothetical protein  33.63 
 
 		 242 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.659126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4155  hypothetical protein  33.8 
 
 		 242 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187759  normal  0.879826 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4815  cytochrome B561  28.84 
 
 		 280 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2350  hypothetical protein  31.65 
 
 		 280 aa  84  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.772362  normal  0.605927 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2569  cytochrome B561  28.4 
 
 		 280 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1813  cytochrome B561  31.12 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.876727  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3942  hypothetical protein  28.51 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.634833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1009  putative transmembrane b-type cytochrome protein  29.15 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.154518  normal  0.187677 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3310  putative transmembrane b-type cytochrome protein  28.95 
 
 		 290 aa  68.6  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.600987 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0564  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  26.3 
 
 		 280 aa  68.2  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0373789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3510  putative transmembrane b-type cytochrome protein  29.39 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3633  putative transmembrane b-type cytochrome protein  28.51 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.261183 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0490  hypothetical protein  26.02 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.333881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4345  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  30.59 
 
 		 287 aa  62  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.159228  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2295  hypothetical protein  31.32 
 
 		 208 aa  62  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.5766 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0016  HupC/HyaC/HydC family protein  27.71 
 
 		 266 aa  61.6  0.000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0019  HupC/HyaC/HydC family protein  27.71 
 
 		 269 aa  61.6  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4105  HupC/HyaC/HydC family protein  33.56 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0316  oxidoreductase, molybdopterin binding  25 
 
 		 517 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  26.26 
 
 		 221 aa  52  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2741  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.89 
 
 		 207 aa  50.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157602  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  24.77 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02800  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)  29.38 
 
 		 544 aa  51.6  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.132141  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  25.23 
 
 		 214 aa  50.1  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2748  hypothetical protein  26.87 
 
 		 366 aa  47.8  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0308012  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  24.19 
 
 		 244 aa  46.6  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1277  cytochrome B561  26.94 
 
 		 232 aa  47.4  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.258136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2730  oxidoreductase, molybdopterin binding protein  23.5 
 
 		 495 aa  47.4  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0908687  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1164  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  23.79 
 
 		 242 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  24.29 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.26 
 
 		 235 aa  43.5  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2713  cytochrome B561  25.52 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  29.55 
 
 		 213 aa  42.7  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  23.56 
 
 		 218 aa  43.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.46 
 
 		 235 aa  42.4  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2916  cytochrome B561  23.28 
 
 		 390 aa  42  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.494489 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>