94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0677 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  100 
 
 		 244 aa  504  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  95.9 
 
 		 244 aa  467  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2713  cytochrome B561  66.04 
 
 		 222 aa  294  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  55.14 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  55.61 
 
 		 218 aa  251  6e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  53.18 
 
 		 221 aa  234  7e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  37.09 
 
 		 214 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3004  cytochrome B561  32.68 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0455486  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0091  cytochrome B561  28.44 
 
 		 222 aa  92  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000871818 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2159  cytochrome B561  32.21 
 
 		 201 aa  90.9  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.862051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2425  cytochrome B561  31.25 
 
 		 201 aa  87.4  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3141  cytochrome B561  28.76 
 
 		 218 aa  87.4  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105308  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0166  cytochrome B561  29.38 
 
 		 213 aa  86.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.304607  normal  0.200906 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3634  cytochrome B561  31.58 
 
 		 208 aa  85.5  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.430483  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1964  cytochrome B561  30.1 
 
 		 201 aa  85.1  9e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156226  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2186  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  30.73 
 
 		 254 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0377  cytochrome b561  30.15 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1198  hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  28.64 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2065  cytochrome B561  30.48 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2105  cytochrome B561  30.48 
 
 		 201 aa  81.3  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.818357  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2240  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  30.32 
 
 		 254 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.728815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2286  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  30.73 
 
 		 254 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.08232 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2233  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  30.73 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0108837  normal  0.187454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2399  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  30.73 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.356417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1393  cytochrome B561  30.37 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1695  cytochrome B561  31.13 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0241  cytochrome B561  31.43 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0540804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2383  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.69 
 
 		 261 aa  62  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00487401  hitchhiker  0.000175861 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0148  cytochrome b561  29.35 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01629  hypothetical protein  29.69 
 
 		 261 aa  62  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.5046  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1972  cytochrome B561  29.69 
 
 		 261 aa  62  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01639  predicted cytochrome  29.69 
 
 		 261 aa  62  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.467197  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1870  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.17 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26404  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4815  cytochrome B561  25.27 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1527  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.65 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  hitchhiker  0.0000439849 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1885  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.79 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1751  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.17 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000335774  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1961  cytochrome B561  29.17 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190116 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3369  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.92 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00901378  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0878  cytochrome B561  26.63 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0580408  normal  0.0708671 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0283  cytochrome B561  28.65 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2350  hypothetical protein  26.69 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.772362  normal  0.605927 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2569  cytochrome B561  37.25 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0874  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.15 
 
 		 222 aa  52.8  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0163  nickel-iron hydrogenase, small subunit  29.18 
 
 		 228 aa  52  0.000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.979082  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6765  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  26.2 
 
 		 223 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2741  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.19 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157602  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4345  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  26.67 
 
 		 287 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.159228  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0938  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  25.87 
 
 		 225 aa  50.8  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.36095  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2989  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  26.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0962  hypothetical protein  24.14 
 
 		 222 aa  50.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2087  hypothetical protein  24.05 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000659531  hitchhiker  0.0000000000148039 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3100  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.22 
 
 		 248 aa  50.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1961  hypothetical protein  26.23 
 
 		 263 aa  48.9  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0486  hypothetical protein  24.19 
 
 		 214 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.899419 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0490  hypothetical protein  28.87 
 
 		 285 aa  48.5  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.333881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4896  hypothetical protein  22.41 
 
 		 225 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.887207  decreased coverage  0.000752171 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0016  HupC/HyaC/HydC family protein  25.19 
 
 		 266 aa  48.1  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0019  HupC/HyaC/HydC family protein  24.9 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3373  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  23.67 
 
 		 263 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.262475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2105  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.53 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6423  cytochrome b561  25 
 
 		 198 aa  47  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.43186 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08530  Ni,Fe-hydrogenase I cytochrome b subunit  26.9 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.360929 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2406  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.58 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0991035  hitchhiker  0.000275557 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1913  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.58 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.400664  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1887  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.58 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1920  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.58 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2097  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  24.53 
 
 		 224 aa  46.2  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.6 
 
 		 353 aa  46.2  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1878  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.58 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2157  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.58 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.71471  normal  0.166064 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4303  hypothetical protein  26.26 
 
 		 229 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2178  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  22.28 
 
 		 208 aa  45.4  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.608248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2090  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.53 
 
 		 224 aa  45.4  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.427939  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1277  cytochrome B561  26.47 
 
 		 232 aa  45.4  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.258136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1820  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.11 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3908  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.27 
 
 		 253 aa  45.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2031  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.1 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.172243  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3285  hypothetical protein  20.96 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318834  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2149  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.03 
 
 		 261 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0320701  normal  0.217874 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  24.52 
 
 		 388 aa  43.9  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2730  oxidoreductase, molybdopterin binding protein  31.46 
 
 		 495 aa  43.9  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0908687  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0714  Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  24.64 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.72466  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4105  HupC/HyaC/HydC family protein  29.59 
 
 		 270 aa  43.5  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0337  hypothetical protein  24.31 
 
 		 209 aa  43.5  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061183  normal  0.0250928 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1941  (Ni/Fe) hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.32 
 
 		 186 aa  43.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.56 
 
 		 390 aa  43.1  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.27 
 
 		 204 aa  43.1  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.27 
 
 		 204 aa  42.7  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1906  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.81 
 
 		 221 aa  42.7  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142953 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0543  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.31 
 
 		 218 aa  42  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0865  cytochrome B561  31.46 
 
 		 288 aa  42  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0243  hypothetical protein  23.98 
 
 		 209 aa  42  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0835  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.02 
 
 		 234 aa  42  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>