201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1573 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 204 aa  417  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  98.04 
 
 		 204 aa  410  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  68.34 
 
 		 210 aa  288  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.82 
 
 		 696 aa  112  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  33.84 
 
 		 211 aa  109  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  33.5 
 
 		 211 aa  107  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  34.34 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  34.34 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  33.33 
 
 		 211 aa  106  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  34.34 
 
 		 224 aa  106  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  33.83 
 
 		 211 aa  105  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 208 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 208 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 208 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 208 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 208 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 208 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 208 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  34.13 
 
 		 213 aa  103  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  31.68 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  31.68 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  31.68 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  31.68 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  31.68 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  34.16 
 
 		 369 aa  101  9e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.81 
 
 		 208 aa  99.8  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  34.9 
 
 		 211 aa  99  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.22 
 
 		 218 aa  98.6  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.34 
 
 		 215 aa  98.2  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  31 
 
 		 211 aa  97.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  31 
 
 		 211 aa  97.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  31 
 
 		 211 aa  97.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  31 
 
 		 211 aa  97.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  31 
 
 		 211 aa  97.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  33.17 
 
 		 213 aa  97.4  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  30.85 
 
 		 208 aa  97.4  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  33.17 
 
 		 212 aa  97.4  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  31 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.51 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 208 aa  96.7  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.35 
 
 		 208 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.35 
 
 		 208 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.35 
 
 		 208 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.8 
 
 		 239 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.5 
 
 		 211 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.18 
 
 		 223 aa  95.5  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.18 
 
 		 223 aa  95.5  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.18 
 
 		 223 aa  95.5  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.5 
 
 		 211 aa  95.9  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  33.85 
 
 		 211 aa  95.5  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  32.18 
 
 		 217 aa  95.5  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.18 
 
 		 217 aa  95.5  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.18 
 
 		 217 aa  95.5  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  32.18 
 
 		 217 aa  95.5  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.18 
 
 		 217 aa  95.5  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.18 
 
 		 217 aa  95.5  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  30.5 
 
 		 211 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.5 
 
 		 211 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  31.5 
 
 		 206 aa  95.1  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  30.5 
 
 		 211 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.5 
 
 		 211 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.5 
 
 		 211 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.5 
 
 		 211 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.5 
 
 		 211 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  30.24 
 
 		 218 aa  95.1  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.85 
 
 		 208 aa  94.7  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.85 
 
 		 208 aa  94.7  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.85 
 
 		 208 aa  94  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  30.69 
 
 		 224 aa  93.6  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  26.73 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  31.25 
 
 		 216 aa  92.4  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.3 
 
 		 214 aa  92.4  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  32.55 
 
 		 233 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  32.08 
 
 		 208 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.07 
 
 		 338 aa  90.1  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.76 
 
 		 235 aa  87.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  32.85 
 
 		 217 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.25 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.25 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.96 
 
 		 227 aa  85.1  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  30.43 
 
 		 370 aa  85.1  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.95 
 
 		 228 aa  85.1  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0797  formate dehydrogenase gamma subunit  28.57 
 
 		 229 aa  84.7  8e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205396  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.58 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.61 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.58 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.32 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.9 
 
 		 396 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.92 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  33.8 
 
 		 398 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.44 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.61 
 
 		 341 aa  82.4  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.92 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.47 
 
 		 335 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.66 
 
 		 218 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  28.86 
 
 		 213 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  28.86 
 
 		 213 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  33.02 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  28.86 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  28.36 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>