198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4278 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  99.53 
 
 
211 aa  427  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  99.53 
 
 
211 aa  427  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  100 
 
 
211 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  99.53 
 
 
211 aa  427  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  99.53 
 
 
211 aa  427  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  99.53 
 
 
211 aa  427  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  99.53 
 
 
211 aa  427  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  99.53 
 
 
211 aa  427  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  99.05 
 
 
211 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  95.73 
 
 
211 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  95.73 
 
 
211 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  95.73 
 
 
211 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  95.73 
 
 
211 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  95.73 
 
 
211 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  92.89 
 
 
211 aa  411  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  78.95 
 
 
211 aa  357  6e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  79.15 
 
 
224 aa  340  7e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  78.67 
 
 
224 aa  337  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  78.67 
 
 
224 aa  337  5.9999999999999996e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  73.21 
 
 
211 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  76.08 
 
 
211 aa  324  6e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
218 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
218 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.87 
 
 
218 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
218 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
218 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  52.71 
 
 
211 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.45 
 
 
215 aa  218  7e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.81 
 
 
208 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.81 
 
 
208 aa  211  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.81 
 
 
208 aa  211  9e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.81 
 
 
208 aa  211  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  47.42 
 
 
217 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.42 
 
 
217 aa  210  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  47.42 
 
 
217 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
217 aa  210  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
217 aa  210  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
217 aa  210  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
223 aa  210  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
223 aa  210  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.42 
 
 
223 aa  210  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  52.94 
 
 
218 aa  209  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.81 
 
 
208 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.33 
 
 
208 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.33 
 
 
208 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.89 
 
 
224 aa  205  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.98 
 
 
218 aa  205  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.81 
 
 
208 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.81 
 
 
208 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.81 
 
 
208 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.46 
 
 
211 aa  202  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  54.95 
 
 
208 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.46 
 
 
208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.46 
 
 
208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.46 
 
 
208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  44.6 
 
 
213 aa  199  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  45.5 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  45.63 
 
 
217 aa  195  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.85 
 
 
208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.57 
 
 
218 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  42.72 
 
 
213 aa  194  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.41 
 
 
215 aa  192  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  45.97 
 
 
211 aa  191  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  46.45 
 
 
211 aa  190  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  46.12 
 
 
208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  45.63 
 
 
233 aa  188  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.85 
 
 
235 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.04 
 
 
218 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.04 
 
 
218 aa  184  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.56 
 
 
235 aa  184  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.26 
 
 
228 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.08 
 
 
208 aa  182  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.55 
 
 
218 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.793467 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2091  formate dehydrogenase gamma subunit  38.42 
 
 
207 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000354882 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.23 
 
 
228 aa  171  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  43.43 
 
 
240 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.74 
 
 
214 aa  168  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  44.39 
 
 
206 aa  164  9e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.71 
 
 
216 aa  161  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.71 
 
 
216 aa  161  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  36.71 
 
 
216 aa  158  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  39.39 
 
 
239 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.1 
 
 
213 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  38.58 
 
 
213 aa  155  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  38.58 
 
 
213 aa  155  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  38.58 
 
 
213 aa  155  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  38.58 
 
 
213 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.07 
 
 
213 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.07 
 
 
213 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  32.67 
 
 
222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  33.98 
 
 
398 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.02 
 
 
339 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  31.86 
 
 
388 aa  101  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.61 
 
 
396 aa  98.6  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.52 
 
 
390 aa  98.2  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.39 
 
 
408 aa  98.2  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.16 
 
 
341 aa  97.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.5 
 
 
204 aa  95.9  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.77 
 
 
353 aa  95.1  6e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  30.48 
 
 
397 aa  94.7  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>