199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2827 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 
228 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  63.39 
 
 
235 aa  296  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  65.3 
 
 
235 aa  276  3e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.81 
 
 
240 aa  241  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.17 
 
 
228 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.52 
 
 
215 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.24 
 
 
208 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.24 
 
 
208 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.24 
 
 
208 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.24 
 
 
208 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.06 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.24 
 
 
208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.76 
 
 
208 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.76 
 
 
208 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  49.27 
 
 
208 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.27 
 
 
208 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  46.38 
 
 
211 aa  195  6e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.78 
 
 
208 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.78 
 
 
208 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  50 
 
 
208 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.12 
 
 
218 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  48.26 
 
 
218 aa  193  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.71 
 
 
208 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.8 
 
 
208 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.8 
 
 
208 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.76 
 
 
208 aa  192  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.96 
 
 
211 aa  186  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.73 
 
 
211 aa  185  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  45.81 
 
 
217 aa  185  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.23 
 
 
211 aa  184  7e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  45.23 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.23 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  45.23 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.23 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.23 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.23 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.23 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.03 
 
 
218 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  43.56 
 
 
211 aa  182  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  46.6 
 
 
206 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.22 
 
 
211 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.22 
 
 
211 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.22 
 
 
211 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.22 
 
 
211 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.22 
 
 
211 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  44.78 
 
 
211 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.51 
 
 
218 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  43.84 
 
 
216 aa  175  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  43.84 
 
 
216 aa  175  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.03 
 
 
218 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  43.07 
 
 
216 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  43.54 
 
 
233 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.5 
 
 
218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.5 
 
 
218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.5 
 
 
218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.5 
 
 
218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.65 
 
 
213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.5 
 
 
218 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  42.65 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  42.65 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  42.65 
 
 
224 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  43.84 
 
 
208 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  39.11 
 
 
213 aa  171  9e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  42.08 
 
 
212 aa  170  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  42.79 
 
 
211 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.83 
 
 
218 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.793467 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  38.46 
 
 
217 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.46 
 
 
217 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  38.46 
 
 
217 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.46 
 
 
223 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.46 
 
 
223 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.46 
 
 
223 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.46 
 
 
217 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.46 
 
 
217 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.46 
 
 
217 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.78 
 
 
211 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  40.98 
 
 
211 aa  161  9e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.4 
 
 
239 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.94 
 
 
215 aa  159  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  39.13 
 
 
224 aa  159  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2091  formate dehydrogenase gamma subunit  32.18 
 
 
207 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000354882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.98 
 
 
214 aa  133  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  36.54 
 
 
222 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.19 
 
 
213 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.19 
 
 
213 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.19 
 
 
213 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  31.68 
 
 
213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  31.68 
 
 
213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  32.18 
 
 
213 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  31.19 
 
 
213 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.55 
 
 
204 aa  93.2  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.55 
 
 
204 aa  91.7  9e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  28.7 
 
 
388 aa  90.9  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.14 
 
 
341 aa  88.2  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  30 
 
 
384 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.57 
 
 
396 aa  86.3  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  31.75 
 
 
369 aa  86.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.49 
 
 
342 aa  84.3  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  29.67 
 
 
401 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  26.5 
 
 
350 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>