194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2700 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  100 
 
 
217 aa  441  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  75.46 
 
 
218 aa  317  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  76.85 
 
 
218 aa  309  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.793467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  75.46 
 
 
218 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  75.46 
 
 
218 aa  305  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  68.27 
 
 
233 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  67.79 
 
 
208 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  58 
 
 
215 aa  241  6e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.91 
 
 
218 aa  240  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  58.42 
 
 
218 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  63.96 
 
 
208 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  63.96 
 
 
208 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  63.45 
 
 
208 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.38 
 
 
208 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.38 
 
 
208 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  62.94 
 
 
208 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  62.94 
 
 
208 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.38 
 
 
208 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.38 
 
 
208 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  54.59 
 
 
211 aa  232  3e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  62.44 
 
 
208 aa  232  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.87 
 
 
208 aa  232  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.87 
 
 
208 aa  232  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  62.44 
 
 
208 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.87 
 
 
208 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.71 
 
 
211 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.87 
 
 
208 aa  221  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.06 
 
 
208 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.15 
 
 
235 aa  208  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  46.45 
 
 
211 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  46.15 
 
 
211 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  46.15 
 
 
211 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  46.15 
 
 
211 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  46.15 
 
 
211 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  46.15 
 
 
211 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  46.12 
 
 
211 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  48.54 
 
 
224 aa  203  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  48.54 
 
 
224 aa  203  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  48.54 
 
 
224 aa  203  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  48.29 
 
 
211 aa  202  5e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.19 
 
 
211 aa  201  5e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.19 
 
 
211 aa  201  5e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  45.19 
 
 
211 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.19 
 
 
211 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.19 
 
 
211 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.19 
 
 
211 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  45.19 
 
 
211 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.19 
 
 
211 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  45.19 
 
 
211 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.52 
 
 
235 aa  198  6e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  42.38 
 
 
218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  42.13 
 
 
218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  42.38 
 
 
218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  42.13 
 
 
218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  47.39 
 
 
211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  42.13 
 
 
218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.14 
 
 
228 aa  196  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  47.57 
 
 
212 aa  190  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  48.28 
 
 
206 aa  189  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.88 
 
 
239 aa  188  4e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  44.76 
 
 
224 aa  187  9e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  43.75 
 
 
216 aa  186  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  42.79 
 
 
216 aa  184  8e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  42.79 
 
 
216 aa  184  8e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  43.33 
 
 
217 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  43.33 
 
 
217 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  43.33 
 
 
223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  43.33 
 
 
217 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  43.33 
 
 
217 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  43.33 
 
 
217 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  43.33 
 
 
223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  43.87 
 
 
213 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  43.33 
 
 
217 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  43.33 
 
 
223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  43.4 
 
 
213 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.48 
 
 
240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  45.59 
 
 
211 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  45.59 
 
 
211 aa  180  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.81 
 
 
228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  42.44 
 
 
215 aa  171  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.92 
 
 
214 aa  158  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2091  formate dehydrogenase gamma subunit  32.84 
 
 
207 aa  155  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000354882 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.83 
 
 
213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.83 
 
 
213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.83 
 
 
213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  32.84 
 
 
213 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  32.84 
 
 
213 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  33.33 
 
 
213 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  32.34 
 
 
213 aa  143  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  33.49 
 
 
222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  27.23 
 
 
357 aa  97.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  27.31 
 
 
350 aa  94.4  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  28.63 
 
 
369 aa  94.4  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.5 
 
 
342 aa  93.6  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  26.85 
 
 
350 aa  93.2  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  30.51 
 
 
384 aa  92.4  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.37 
 
 
204 aa  91.3  9e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  29.28 
 
 
347 aa  91.3  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.85 
 
 
204 aa  91.3  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.55 
 
 
408 aa  90.1  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>