158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0797 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0797  formate dehydrogenase gamma subunit  100 
 
 
229 aa  468  1.0000000000000001e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  39.83 
 
 
227 aa  155  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1823  formate dehydrogenase gamma subunit  39.71 
 
 
219 aa  121  9e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0452  formate dehydrogenase gamma subunit  34.1 
 
 
226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.57 
 
 
204 aa  86.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.57 
 
 
204 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  28.5 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1927  formate dehydrogenase, putative  30.37 
 
 
220 aa  81.6  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.58806  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  26.89 
 
 
211 aa  75.9  0.0000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.15 
 
 
211 aa  75.5  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  27.98 
 
 
213 aa  73.9  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.32 
 
 
218 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  27.57 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.27 
 
 
213 aa  68.9  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.56 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.56 
 
 
218 aa  68.6  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.56 
 
 
218 aa  68.6  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.56 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.79 
 
 
211 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.66 
 
 
218 aa  68.2  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.15 
 
 
208 aa  68.2  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2087  hypothetical protein  27.8 
 
 
285 aa  67.8  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000659531  hitchhiker  0.0000000000148039 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  26.61 
 
 
218 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.64 
 
 
210 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.27 
 
 
224 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.27 
 
 
224 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.11 
 
 
211 aa  64.3  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.99 
 
 
218 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.27 
 
 
224 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.17 
 
 
208 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  24.2 
 
 
217 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.2 
 
 
217 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.89 
 
 
211 aa  62.4  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.2 
 
 
217 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.2 
 
 
223 aa  62.8  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.2 
 
 
223 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.2 
 
 
223 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.2 
 
 
217 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.2 
 
 
217 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  24.2 
 
 
217 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.99 
 
 
218 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.23 
 
 
218 aa  62  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  28.17 
 
 
208 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  29.78 
 
 
388 aa  61.2  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  26.48 
 
 
217 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.79 
 
 
408 aa  60.5  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.98 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.57 
 
 
224 aa  60.5  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.57 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.35 
 
 
215 aa  60.8  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.17 
 
 
208 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.15 
 
 
218 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.793467 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.98 
 
 
211 aa  59.7  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.03 
 
 
211 aa  59.7  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7398  formate dehydrogenase gamma subunit  24.67 
 
 
258 aa  59.3  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.757877  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  27.88 
 
 
397 aa  59.3  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0680  formate dehydrogenase gamma subunit  24.06 
 
 
239 aa  58.9  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.23 
 
 
208 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 
228 aa  58.9  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.85 
 
 
212 aa  58.9  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2336  formate dehydrogenase gamma subunit  23.65 
 
 
240 aa  58.5  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.723504  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.93 
 
 
215 aa  58.2  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.57 
 
 
211 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  25.57 
 
 
211 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.57 
 
 
211 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  25.57 
 
 
211 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.57 
 
 
211 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.57 
 
 
211 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.57 
 
 
211 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.57 
 
 
211 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  24.88 
 
 
208 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 
208 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.26 
 
 
214 aa  57  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.4 
 
 
390 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  25 
 
 
233 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.54 
 
 
211 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.54 
 
 
211 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.54 
 
 
211 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  28.3 
 
 
370 aa  56.2  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.54 
 
 
211 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.54 
 
 
211 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.88 
 
 
235 aa  56.2  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.38 
 
 
342 aa  56.2  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  25 
 
 
213 aa  55.8  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.52 
 
 
213 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.52 
 
 
213 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.52 
 
 
213 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  29.19 
 
 
339 aa  55.5  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.89 
 
 
235 aa  55.8  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2091  formate dehydrogenase gamma subunit  23.56 
 
 
207 aa  55.1  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000354882 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>