125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7398 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7398  formate dehydrogenase gamma subunit  100 
 
 
258 aa  515  1.0000000000000001e-145  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.757877  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6516  putative formate dehydrogenase  52.79 
 
 
225 aa  184  8e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.23915  normal  0.0966018 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0423  hypothetical protein  51.03 
 
 
245 aa  179  4.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.158904  normal  0.64717 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.27 
 
 
227 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.32 
 
 
239 aa  82  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.13 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  30.81 
 
 
222 aa  76.6  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2091  formate dehydrogenase gamma subunit  28.85 
 
 
207 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000354882 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.86 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.41 
 
 
341 aa  72  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  27.49 
 
 
217 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.84 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.7 
 
 
216 aa  68.6  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.7 
 
 
216 aa  68.6  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.98 
 
 
218 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.37 
 
 
218 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  28.25 
 
 
216 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.98 
 
 
215 aa  65.1  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  30.58 
 
 
211 aa  64.3  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0452  formate dehydrogenase gamma subunit  26.61 
 
 
226 aa  63.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.93 
 
 
211 aa  64.3  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.28 
 
 
218 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.793467 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.05 
 
 
240 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.09 
 
 
211 aa  62.8  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.07 
 
 
235 aa  62  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  25.12 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.12 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.25 
 
 
228 aa  61.6  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  25.12 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.12 
 
 
213 aa  61.2  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.3 
 
 
211 aa  61.2  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.12 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.09 
 
 
211 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.23 
 
 
204 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  22.62 
 
 
211 aa  59.3  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0797  formate dehydrogenase gamma subunit  24.67 
 
 
229 aa  59.3  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205396  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  26.67 
 
 
233 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.11 
 
 
218 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.92 
 
 
213 aa  58.9  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.29 
 
 
208 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.29 
 
 
208 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  26.19 
 
 
208 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.29 
 
 
208 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.29 
 
 
208 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.29 
 
 
208 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.25 
 
 
214 aa  58.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.7 
 
 
342 aa  58.2  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  28.57 
 
 
206 aa  57.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.81 
 
 
208 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.81 
 
 
208 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.77 
 
 
210 aa  57.4  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.73 
 
 
204 aa  57.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.54 
 
 
215 aa  57  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  25.66 
 
 
218 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  27.52 
 
 
339 aa  56.2  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.64 
 
 
224 aa  55.8  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.64 
 
 
224 aa  55.8  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.84 
 
 
408 aa  55.5  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.92 
 
 
211 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.7 
 
 
213 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.7 
 
 
213 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.17 
 
 
224 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.73 
 
 
213 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  21.46 
 
 
218 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  21.46 
 
 
218 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.53 
 
 
396 aa  53.5  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.82 
 
 
208 aa  53.9  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1823  formate dehydrogenase gamma subunit  30.91 
 
 
219 aa  53.5  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  21.36 
 
 
218 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  21.36 
 
 
218 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  21.36 
 
 
218 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  24.31 
 
 
211 aa  53.1  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.32 
 
 
208 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.43 
 
 
696 aa  53.1  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.32 
 
 
208 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.33 
 
 
208 aa  52.4  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  25.85 
 
 
213 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  25.85 
 
 
213 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.7 
 
 
212 aa  51.6  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.53 
 
 
211 aa  51.6  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.66 
 
 
387 aa  51.2  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.53 
 
 
211 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.17 
 
 
390 aa  50.8  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  25.96 
 
 
388 aa  50.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.1 
 
 
345 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.59 
 
 
208 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.57 
 
 
387 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  27.09 
 
 
208 aa  50.1  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  25.37 
 
 
213 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  26.34 
 
 
213 aa  49.7  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  27.95 
 
 
398 aa  50.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.59 
 
 
208 aa  49.7  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>