191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4059 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 408 aa  830    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  73.5 
 
 		 390 aa  555  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  68.27 
 
 		 401 aa  525  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  67.31 
 
 		 401 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  66.85 
 
 		 401 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  65.28 
 
 		 396 aa  488  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  67.4 
 
 		 388 aa  462  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  64.63 
 
 		 384 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  50.39 
 
 		 384 aa  360  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  49.87 
 
 		 397 aa  355  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.17 
 
 		 387 aa  354  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  51.3 
 
 		 398 aa  351  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.14 
 
 		 387 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.53 
 
 		 340 aa  274  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.64 
 
 		 353 aa  265  1e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  40.34 
 
 		 357 aa  224  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  36.31 
 
 		 370 aa  220  3e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  36.71 
 
 		 350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  36.39 
 
 		 350 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  37.74 
 
 		 339 aa  212  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  37.54 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.36 
 
 		 341 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.29 
 
 		 339 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  37.7 
 
 		 339 aa  195  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.46 
 
 		 345 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.2 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  30.77 
 
 		 404 aa  186  7e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.76 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.76 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  37.65 
 
 		 339 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.59 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.15 
 
 		 336 aa  168  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  37.08 
 
 		 342 aa  167  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  32.05 
 
 		 327 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  32.05 
 
 		 327 aa  164  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  32.05 
 
 		 327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.69 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  33.02 
 
 		 338 aa  159  9e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  32.56 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  32.89 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  32.89 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  32.89 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.89 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.56 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.56 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.56 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.23 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  31.65 
 
 		 327 aa  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.91 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.41 
 
 		 327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.79 
 
 		 327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.78 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  30.07 
 
 		 369 aa  146  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.46 
 
 		 327 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.46 
 
 		 327 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.84 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.23 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  32.23 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.54 
 
 		 330 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.97 
 
 		 327 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.1 
 
 		 326 aa  133  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  35 
 
 		 321 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.49 
 
 		 324 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  31.91 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  34.58 
 
 		 321 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.78 
 
 		 321 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.82 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.75 
 
 		 326 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.67 
 
 		 310 aa  99.4  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.3 
 
 		 310 aa  99.4  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.26 
 
 		 218 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  30.04 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.82 
 
 		 696 aa  97.8  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.89 
 
 		 314 aa  97.8  3e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  96.7  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  30.39 
 
 		 211 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.39 
 
 		 211 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  30.39 
 
 		 211 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  94.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.17 
 
 		 309 aa  94  5e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.39 
 
 		 211 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.41 
 
 		 317 aa  93.6  6e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.39 
 
 		 211 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.71 
 
 		 211 aa  90.9  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.04 
 
 		 215 aa  89.7  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  29.05 
 
 		 211 aa  88.6  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  31.84 
 
 		 218 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.52 
 
 		 299 aa  88.6  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.76 
 
 		 235 aa  88.6  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.64 
 
 		 215 aa  87.4  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.84 
 
 		 218 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>