180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0239 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 326 aa  658    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  88.34 
 
 		 326 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  81.93 
 
 		 321 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  56.25 
 
 		 321 aa  323  3e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  56.07 
 
 		 321 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  58 
 
 		 327 aa  315  5e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  58 
 
 		 327 aa  315  5e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  57.6 
 
 		 327 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.8 
 
 		 327 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.4 
 
 		 327 aa  301  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  52.1 
 
 		 323 aa  300  3e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.8 
 
 		 327 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  58.4 
 
 		 327 aa  298  7e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.4 
 
 		 327 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.4 
 
 		 327 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.2 
 
 		 330 aa  294  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.6 
 
 		 326 aa  293  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.06 
 
 		 327 aa  292  5e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  58.82 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.64 
 
 		 324 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.74 
 
 		 335 aa  238  8e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.07 
 
 		 338 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.95 
 
 		 337 aa  235  6e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.1 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  47.68 
 
 		 342 aa  229  5e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  47.26 
 
 		 342 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  47.26 
 
 		 342 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  47.26 
 
 		 342 aa  227  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  49.17 
 
 		 338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.67 
 
 		 342 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.67 
 
 		 342 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.67 
 
 		 342 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.67 
 
 		 342 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.92 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  42.59 
 
 		 335 aa  217  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  32.04 
 
 		 370 aa  152  5.9999999999999996e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  33.91 
 
 		 350 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  33.48 
 
 		 350 aa  149  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  37.83 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  31.09 
 
 		 357 aa  143  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  33.21 
 
 		 369 aa  138  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  30.04 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.52 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.45 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.06 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  29.18 
 
 		 339 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.1 
 
 		 345 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.98 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.8 
 
 		 339 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.69 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.69 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  32.51 
 
 		 398 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.6 
 
 		 408 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  34.05 
 
 		 397 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.74 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.92 
 
 		 387 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.65 
 
 		 387 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.59 
 
 		 342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  32.76 
 
 		 384 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.47 
 
 		 390 aa  113  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.78 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.41 
 
 		 315 aa  109  7.000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.65 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.63 
 
 		 384 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.27 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.57 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.79 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.92 
 
 		 401 aa  100  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.77 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  29.92 
 
 		 401 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.04 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  28.52 
 
 		 404 aa  99  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  30.17 
 
 		 388 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.76 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.76 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.76 
 
 		 310 aa  94.4  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  29.46 
 
 		 401 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.35 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.7 
 
 		 235 aa  78.6  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.2 
 
 		 696 aa  72.8  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.73 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.55 
 
 		 228 aa  68.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  24.41 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  26.15 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2336  formate dehydrogenase gamma subunit  28.27 
 
 		 240 aa  65.5  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.723504  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.75 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.75 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.37 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.75 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.75 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0452  formate dehydrogenase gamma subunit  29.76 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.75 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.81 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.04 
 
 		 208 aa  62.4  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  26.89 
 
 		 208 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  26.89 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.18 
 
 		 215 aa  61.6  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.37 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.29 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  25.23 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>