187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02280 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  100 
 
 		 350 aa  717    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  93.71 
 
 		 350 aa  684    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  77.01 
 
 		 357 aa  553  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  73.47 
 
 		 339 aa  512  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  47.68 
 
 		 347 aa  266  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.86 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  37.69 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  37.08 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  35.56 
 
 		 370 aa  223  4.9999999999999996e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.62 
 
 		 342 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.01 
 
 		 342 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.01 
 
 		 342 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.01 
 
 		 342 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.01 
 
 		 342 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  37.93 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  37.93 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  37.93 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  37.24 
 
 		 342 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.26 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.36 
 
 		 396 aa  210  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  34.94 
 
 		 384 aa  209  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.04 
 
 		 384 aa  209  7e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  37.58 
 
 		 327 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  37.9 
 
 		 327 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  37.58 
 
 		 327 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  33.33 
 
 		 388 aa  206  5e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.24 
 
 		 387 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  35.92 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  32.84 
 
 		 398 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.7 
 
 		 408 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.28 
 
 		 335 aa  202  7e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.39 
 
 		 387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  37.01 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  33.44 
 
 		 397 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.66 
 
 		 353 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  37.9 
 
 		 327 aa  197  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.22 
 
 		 327 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.29 
 
 		 390 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.45 
 
 		 327 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.76 
 
 		 327 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  36.22 
 
 		 401 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.76 
 
 		 327 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  37.71 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.91 
 
 		 327 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.14 
 
 		 326 aa  189  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.65 
 
 		 330 aa  189  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.26 
 
 		 345 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.91 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.09 
 
 		 345 aa  187  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.69 
 
 		 339 aa  187  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.09 
 
 		 345 aa  187  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.85 
 
 		 401 aa  184  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  35.85 
 
 		 401 aa  184  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.84 
 
 		 345 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  35.24 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  34.66 
 
 		 369 aa  172  6.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.38 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.21 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.23 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  30.09 
 
 		 404 aa  166  5e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.59 
 
 		 342 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  32.09 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.2 
 
 		 336 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  35.86 
 
 		 321 aa  159  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.76 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  35.44 
 
 		 321 aa  156  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.91 
 
 		 326 aa  149  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 326 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.32 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  25.45 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  25.45 
 
 		 310 aa  106  8e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  25.45 
 
 		 310 aa  105  9e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  26.09 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.81 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.51 
 
 		 218 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 218 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 218 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 218 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 218 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.21 
 
 		 696 aa  99.8  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.72 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  26.62 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  25.6 
 
 		 315 aa  96.7  6e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  29.58 
 
 		 211 aa  96.3  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.57 
 
 		 211 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  28.05 
 
 		 217 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.05 
 
 		 217 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 223 aa  94  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  28.05 
 
 		 217 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 217 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 217 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 217 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 223 aa  94  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.05 
 
 		 223 aa  94  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.85 
 
 		 211 aa  93.6  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  26.85 
 
 		 217 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  31.67 
 
 		 224 aa  92.8  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.57 
 
 		 215 aa  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.35 
 
 		 211 aa  91.3  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.65 
 
 		 211 aa  90.9  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>