181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0403 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  100 
 
 		 404 aa  811    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  42.41 
 
 		 342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.61 
 
 		 341 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  43.04 
 
 		 339 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.64 
 
 		 339 aa  229  8e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  40.86 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  40.2 
 
 		 345 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  39.53 
 
 		 345 aa  219  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  40.91 
 
 		 336 aa  219  5e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  39.53 
 
 		 345 aa  219  5e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  39.53 
 
 		 345 aa  218  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  35.08 
 
 		 370 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  33.73 
 
 		 388 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  32.98 
 
 		 398 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  34.43 
 
 		 397 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.07 
 
 		 387 aa  193  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.71 
 
 		 387 aa  193  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.47 
 
 		 353 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  32.46 
 
 		 384 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.05 
 
 		 390 aa  186  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  35.19 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  30.97 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  28.67 
 
 		 401 aa  180  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.73 
 
 		 408 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  32.69 
 
 		 401 aa  177  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  30.09 
 
 		 350 aa  176  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.24 
 
 		 401 aa  176  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.44 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  33.44 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  28.74 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.46 
 
 		 384 aa  169  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  29.6 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.09 
 
 		 396 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.5 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.75 
 
 		 337 aa  141  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.22 
 
 		 342 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.22 
 
 		 342 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.22 
 
 		 342 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.46 
 
 		 342 aa  139  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.6 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  28 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  28.35 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  28.35 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  28.35 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  28.35 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  30.22 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  29.55 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.61 
 
 		 335 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  29.52 
 
 		 327 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  29.52 
 
 		 327 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  29.55 
 
 		 321 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  29.52 
 
 		 327 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.61 
 
 		 335 aa  119  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.12 
 
 		 321 aa  116  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  28.48 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.22 
 
 		 327 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.98 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.99 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.52 
 
 		 326 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.26 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.99 
 
 		 327 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  27.12 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.94 
 
 		 327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.52 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.89 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  30.53 
 
 		 327 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.65 
 
 		 327 aa  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.6 
 
 		 330 aa  106  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.11 
 
 		 218 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.11 
 
 		 218 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.11 
 
 		 218 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  28.11 
 
 		 218 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  27.71 
 
 		 218 aa  97.4  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.86 
 
 		 211 aa  88.6  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.86 
 
 		 211 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  26.86 
 
 		 211 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.86 
 
 		 211 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.86 
 
 		 211 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  26.86 
 
 		 211 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.86 
 
 		 211 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.86 
 
 		 211 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.86 
 
 		 211 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.78 
 
 		 211 aa  86.7  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  26.03 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.8 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.8 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.8 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.8 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.8 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.27 
 
 		 696 aa  84.7  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.89 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.36 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.29 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.29 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.61 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.78 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.78 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  26.91 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.91 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.91 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>