188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3607 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  100 
 
 		 323 aa  659    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  80.43 
 
 		 327 aa  554  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  80.43 
 
 		 327 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  80.43 
 
 		 327 aa  554  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  81.96 
 
 		 327 aa  535  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  80.73 
 
 		 327 aa  534  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  79.82 
 
 		 327 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  80.43 
 
 		 327 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  80.43 
 
 		 327 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  79.51 
 
 		 327 aa  529  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  77.81 
 
 		 330 aa  520  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  76.83 
 
 		 326 aa  501  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  74.77 
 
 		 327 aa  494  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  75.91 
 
 		 328 aa  483  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  76.85 
 
 		 324 aa  471  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.15 
 
 		 337 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.01 
 
 		 338 aa  348  7e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.66 
 
 		 335 aa  347  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  51.48 
 
 		 342 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.19 
 
 		 342 aa  341  9e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  51.48 
 
 		 342 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  51.48 
 
 		 342 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  51.48 
 
 		 342 aa  340  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.85 
 
 		 342 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.85 
 
 		 342 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.85 
 
 		 342 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.51 
 
 		 342 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  57.63 
 
 		 338 aa  331  9e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.43 
 
 		 335 aa  328  6e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.66 
 
 		 335 aa  324  2e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.1 
 
 		 326 aa  317  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.85 
 
 		 326 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  60.17 
 
 		 321 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  50.55 
 
 		 321 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  50.55 
 
 		 321 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  37.71 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  36.7 
 
 		 350 aa  200  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  36.73 
 
 		 357 aa  199  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  36.88 
 
 		 339 aa  196  6e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  36.67 
 
 		 347 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  34.32 
 
 		 370 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  37.66 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.45 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.23 
 
 		 408 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.34 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  31.42 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.34 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.21 
 
 		 387 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  29.93 
 
 		 398 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.16 
 
 		 387 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  30.74 
 
 		 384 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.91 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.25 
 
 		 345 aa  132  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  33.33 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.07 
 
 		 396 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.49 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.48 
 
 		 342 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.31 
 
 		 340 aa  129  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.45 
 
 		 384 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.33 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.83 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.83 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.8 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  28.73 
 
 		 388 aa  125  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  26.18 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  32.43 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.71 
 
 		 401 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  28.71 
 
 		 401 aa  119  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.96 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  28.48 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.24 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  32.44 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  32.06 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.13 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.86 
 
 		 315 aa  107  4e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  31.68 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.5 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.59 
 
 		 299 aa  99.4  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.56 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.88 
 
 		 696 aa  73.9  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.91 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.33 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.33 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.33 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.33 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.33 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.54 
 
 		 204 aa  72  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.54 
 
 		 204 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.33 
 
 		 214 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.44 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  28.57 
 
 		 213 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  28.57 
 
 		 213 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  28.57 
 
 		 213 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.1 
 
 		 213 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.1 
 
 		 213 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.1 
 
 		 213 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  28.57 
 
 		 213 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.09 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0680  formate dehydrogenase gamma subunit  34.29 
 
 		 239 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  28.77 
 
 		 211 aa  67  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>