187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4807 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 324 aa  659    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  94.51 
 
 		 328 aa  592  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  83.49 
 
 		 327 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  83.49 
 
 		 327 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  83.49 
 
 		 327 aa  569  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  85.32 
 
 		 327 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  85.02 
 
 		 327 aa  553  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  83.89 
 
 		 330 aa  551  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  85.28 
 
 		 326 aa  551  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  84.1 
 
 		 327 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  84.1 
 
 		 327 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  83.79 
 
 		 327 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  83.18 
 
 		 327 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  82.57 
 
 		 327 aa  541  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  76.85 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.44 
 
 		 337 aa  347  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.91 
 
 		 335 aa  339  5e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.74 
 
 		 338 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.31 
 
 		 342 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  56.77 
 
 		 338 aa  333  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.78 
 
 		 342 aa  331  8e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.78 
 
 		 342 aa  331  8e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.78 
 
 		 342 aa  331  8e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  53.74 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.44 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  53.4 
 
 		 342 aa  326  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  53.4 
 
 		 342 aa  326  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  53.4 
 
 		 342 aa  326  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.97 
 
 		 335 aa  325  5e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.64 
 
 		 335 aa  323  3e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.64 
 
 		 326 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.43 
 
 		 326 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.51 
 
 		 321 aa  294  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  54.37 
 
 		 321 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  53.97 
 
 		 321 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  34.17 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  38.14 
 
 		 347 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  35.09 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  32.55 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  33.88 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  34.92 
 
 		 370 aa  172  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.43 
 
 		 390 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  35.32 
 
 		 369 aa  151  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.33 
 
 		 353 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.22 
 
 		 408 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.96 
 
 		 345 aa  144  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  34.65 
 
 		 398 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  34.05 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.36 
 
 		 387 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.8 
 
 		 387 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.89 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.91 
 
 		 345 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.19 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  33.91 
 
 		 384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  34.05 
 
 		 397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.33 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.33 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.05 
 
 		 339 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.36 
 
 		 340 aa  132  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.01 
 
 		 396 aa  129  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.07 
 
 		 384 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  31.75 
 
 		 388 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  28.94 
 
 		 401 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.21 
 
 		 342 aa  125  9e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.47 
 
 		 336 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  28.96 
 
 		 404 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.84 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  27.92 
 
 		 401 aa  113  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.92 
 
 		 401 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.85 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.25 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.56 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.99 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.99 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.19 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.79 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.63 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.06 
 
 		 310 aa  96.3  7e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.65 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.24 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  29.33 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  29.33 
 
 		 213 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  29.33 
 
 		 213 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.72 
 
 		 696 aa  72.4  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.37 
 
 		 213 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  28.85 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.37 
 
 		 213 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.37 
 
 		 213 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.57 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.33 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.83 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.67 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.94 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.59 
 
 		 235 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.63 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>