192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0506 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 342 aa  687    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  45.37 
 
 		 339 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.62 
 
 		 341 aa  285  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.31 
 
 		 345 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.31 
 
 		 345 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.31 
 
 		 345 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.3 
 
 		 336 aa  269  5e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.23 
 
 		 339 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.11 
 
 		 339 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  43.71 
 
 		 345 aa  257  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  42.41 
 
 		 404 aa  233  5e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  37.59 
 
 		 370 aa  189  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  36.47 
 
 		 369 aa  179  8e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  35.4 
 
 		 388 aa  179  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  36.76 
 
 		 347 aa  178  9e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  32.81 
 
 		 384 aa  176  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.33 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  33.76 
 
 		 398 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  32.81 
 
 		 397 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  36.86 
 
 		 401 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  30.68 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.82 
 
 		 387 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  36.59 
 
 		 350 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.36 
 
 		 387 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.89 
 
 		 408 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  35.07 
 
 		 357 aa  159  6e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.39 
 
 		 390 aa  159  8e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  36.08 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.6 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.42 
 
 		 384 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.6 
 
 		 396 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  31.38 
 
 		 401 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.38 
 
 		 401 aa  146  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.36 
 
 		 338 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.79 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.93 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  31.52 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.58 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  30.77 
 
 		 342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  31.13 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  30.77 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  30.77 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  30.77 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.36 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.36 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.36 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.36 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  31.62 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  31.62 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.19 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  31.62 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.22 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  28.88 
 
 		 338 aa  122  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.15 
 
 		 326 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.04 
 
 		 321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  32.48 
 
 		 323 aa  116  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  30.83 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.59 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.62 
 
 		 327 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.62 
 
 		 327 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.62 
 
 		 327 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.06 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.77 
 
 		 330 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.66 
 
 		 327 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.64 
 
 		 327 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.86 
 
 		 218 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  33.02 
 
 		 218 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.86 
 
 		 218 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.86 
 
 		 218 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.86 
 
 		 218 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.75 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  29.18 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.64 
 
 		 696 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.94 
 
 		 326 aa  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.31 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.31 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.31 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  32.39 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.39 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  32.39 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.39 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.39 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.39 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  34.6 
 
 		 211 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.81 
 
 		 310 aa  96.3  7e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  32.71 
 
 		 224 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  33.65 
 
 		 211 aa  94  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.28 
 
 		 215 aa  93.2  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  33.18 
 
 		 212 aa  92.4  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  33.96 
 
 		 213 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  34.5 
 
 		 217 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  33.02 
 
 		 213 aa  90.9  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  35.85 
 
 		 233 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  35.85 
 
 		 208 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.9 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.41 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.23 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.23 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.23 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.23 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>