184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0391 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  96.81 
 
 		 345 aa  684    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 345 aa  701    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 345 aa  701    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  82.9 
 
 		 345 aa  597  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  68.99 
 
 		 339 aa  497  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  67.34 
 
 		 339 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  53.89 
 
 		 339 aa  359  4e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.19 
 
 		 341 aa  351  8.999999999999999e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.96 
 
 		 336 aa  330  3e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  43.31 
 
 		 342 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  39.53 
 
 		 404 aa  208  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  36.83 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  30.92 
 
 		 350 aa  189  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  36.56 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  36.96 
 
 		 388 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  30.56 
 
 		 350 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  33.92 
 
 		 401 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.76 
 
 		 408 aa  176  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  37.59 
 
 		 397 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  36.3 
 
 		 357 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  36.9 
 
 		 398 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.24 
 
 		 390 aa  169  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  35.76 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.94 
 
 		 401 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.85 
 
 		 387 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.2 
 
 		 387 aa  166  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  33.54 
 
 		 401 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  33.83 
 
 		 339 aa  163  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.26 
 
 		 396 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.44 
 
 		 340 aa  160  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.25 
 
 		 384 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.97 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  36.51 
 
 		 369 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  30.92 
 
 		 327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  30.92 
 
 		 327 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  30.92 
 
 		 327 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.5 
 
 		 335 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  32.62 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.22 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.19 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.97 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  26.54 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  31.78 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.62 
 
 		 321 aa  123  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  26.85 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  26.85 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.38 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  26.85 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.93 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.41 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.93 
 
 		 330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.97 
 
 		 326 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.62 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.07 
 
 		 327 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.98 
 
 		 326 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.62 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.62 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.07 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.62 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  32.27 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.47 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.07 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  34.91 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.67 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  30.83 
 
 		 323 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.93 
 
 		 335 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.25 
 
 		 335 aa  102  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  28.44 
 
 		 338 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  29.6 
 
 		 218 aa  99.4  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  29.6 
 
 		 218 aa  99.4  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  30 
 
 		 218 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  30 
 
 		 218 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  29.55 
 
 		 218 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.29 
 
 		 215 aa  95.1  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  25.99 
 
 		 310 aa  94.4  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  25.99 
 
 		 310 aa  94.4  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.1 
 
 		 315 aa  92.8  8e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.86 
 
 		 215 aa  92.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  25.45 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.78 
 
 		 696 aa  89.7  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.92 
 
 		 208 aa  89.7  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.35 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  24.92 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  29.91 
 
 		 217 aa  87  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  26.36 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.25 
 
 		 211 aa  86.7  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.55 
 
 		 240 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.37 
 
 		 211 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  29.72 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.25 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.8 
 
 		 228 aa  85.9  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  29.25 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.25 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.25 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  27.98 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.5 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  29.25 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.25 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.25 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.25 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>