184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3662 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  100 
 
 		 321 aa  649    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  97.51 
 
 		 321 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.07 
 
 		 326 aa  342  4e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.82 
 
 		 321 aa  340  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.93 
 
 		 326 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  52.42 
 
 		 327 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  52.42 
 
 		 327 aa  291  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  52.42 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  52.79 
 
 		 327 aa  277  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  48.47 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.79 
 
 		 327 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.79 
 
 		 327 aa  275  9e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.42 
 
 		 327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.79 
 
 		 327 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.42 
 
 		 327 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.69 
 
 		 330 aa  273  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.17 
 
 		 327 aa  272  6e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.78 
 
 		 326 aa  268  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  55.32 
 
 		 328 aa  266  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.32 
 
 		 324 aa  256  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.21 
 
 		 337 aa  248  8e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.87 
 
 		 338 aa  246  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  49.58 
 
 		 342 aa  246  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.74 
 
 		 342 aa  245  6e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.21 
 
 		 335 aa  243  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.21 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.21 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  48.75 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  48.75 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  48.75 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.21 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  50.21 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.71 
 
 		 335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  49.58 
 
 		 338 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.58 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  36.44 
 
 		 357 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  36.29 
 
 		 350 aa  159  5e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  35.86 
 
 		 350 aa  159  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  35.68 
 
 		 339 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  36.73 
 
 		 370 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  40.43 
 
 		 347 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  31.17 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  33.33 
 
 		 369 aa  143  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  30 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.25 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.64 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.62 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.91 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.34 
 
 		 339 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.91 
 
 		 408 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.79 
 
 		 345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.79 
 
 		 345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  33.77 
 
 		 384 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.47 
 
 		 339 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 390 aa  123  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.05 
 
 		 396 aa  122  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  33.04 
 
 		 398 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.77 
 
 		 387 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.03 
 
 		 336 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.55 
 
 		 384 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.77 
 
 		 387 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  31.91 
 
 		 388 aa  116  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  31.49 
 
 		 397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  29.55 
 
 		 404 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.31 
 
 		 340 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  28.87 
 
 		 401 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  29.83 
 
 		 401 aa  97.1  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.41 
 
 		 401 aa  96.7  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.67 
 
 		 309 aa  86.7  5e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.82 
 
 		 317 aa  85.9  9e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.67 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.46 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.8 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.08 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.67 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.08 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.39 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  25.93 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.03 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  29.58 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  29.11 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.11 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.27 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.79 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.79 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.79 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.79 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.79 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.95 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.47 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.55 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.71 
 
 		 218 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.12 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.7 
 
 		 696 aa  68.2  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.19 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.24 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.99 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.99 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  30.24 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>