187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3128 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 336 aa  686    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  53.75 
 
 		 339 aa  356  2.9999999999999997e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.89 
 
 		 345 aa  354  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.41 
 
 		 341 aa  352  4e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.96 
 
 		 345 aa  349  4e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.96 
 
 		 345 aa  349  4e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.38 
 
 		 339 aa  348  6e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.06 
 
 		 339 aa  340  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.84 
 
 		 345 aa  334  1e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.3 
 
 		 342 aa  288  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  45.12 
 
 		 370 aa  232  8.000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  40.91 
 
 		 404 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  38.83 
 
 		 388 aa  208  9e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  38.8 
 
 		 397 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  40.06 
 
 		 384 aa  203  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  35.95 
 
 		 347 aa  199  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  39.86 
 
 		 387 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  37.55 
 
 		 401 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  39.41 
 
 		 390 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.01 
 
 		 387 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  36.42 
 
 		 398 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.82 
 
 		 353 aa  192  7e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  32.51 
 
 		 350 aa  182  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  39.13 
 
 		 369 aa  182  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.43 
 
 		 396 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  32.2 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.08 
 
 		 408 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  36.24 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  35.91 
 
 		 401 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.22 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.61 
 
 		 401 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  33.46 
 
 		 339 aa  169  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.98 
 
 		 384 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.5 
 
 		 338 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.6 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  32.07 
 
 		 327 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  32.07 
 
 		 327 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  32.07 
 
 		 327 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.46 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  31.03 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  31.22 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  31.47 
 
 		 321 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  27.31 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.04 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.74 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.35 
 
 		 335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.49 
 
 		 330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  32.07 
 
 		 327 aa  126  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.76 
 
 		 327 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.62 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.57 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.1 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.1 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.1 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.07 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.07 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.07 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  27.31 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  27.31 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  27.31 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.65 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  31.17 
 
 		 328 aa  122  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.95 
 
 		 335 aa  122  9e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.65 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.31 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.5 
 
 		 335 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  28.78 
 
 		 338 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.17 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.09 
 
 		 208 aa  110  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.13 
 
 		 215 aa  94.4  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.52 
 
 		 310 aa  92.8  7e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.52 
 
 		 310 aa  92.8  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  30.29 
 
 		 211 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.24 
 
 		 211 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.95 
 
 		 211 aa  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.81 
 
 		 211 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.52 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  29.81 
 
 		 211 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.81 
 
 		 211 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  29.81 
 
 		 211 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.81 
 
 		 211 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.81 
 
 		 211 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.81 
 
 		 211 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.81 
 
 		 211 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.47 
 
 		 211 aa  89.7  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.91 
 
 		 224 aa  89.4  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.91 
 
 		 224 aa  89.4  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.85 
 
 		 211 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.85 
 
 		 211 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.85 
 
 		 211 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.85 
 
 		 211 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.91 
 
 		 224 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  23.6 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.85 
 
 		 211 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.03 
 
 		 218 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.44 
 
 		 211 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.03 
 
 		 218 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.73 
 
 		 218 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.02 
 
 		 240 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.19 
 
 		 235 aa  87  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>