185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4415 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  100 
 
 		 328 aa  668    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  84.45 
 
 		 327 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  84.45 
 
 		 327 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  84.45 
 
 		 327 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  94.51 
 
 		 324 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  85.37 
 
 		 327 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  85.67 
 
 		 327 aa  557  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  85.06 
 
 		 327 aa  551  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  85.67 
 
 		 326 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  84.45 
 
 		 327 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  84.15 
 
 		 327 aa  547  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  83.84 
 
 		 327 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  82.78 
 
 		 330 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  83.84 
 
 		 327 aa  547  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  75.91 
 
 		 323 aa  499  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.75 
 
 		 337 aa  347  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.94 
 
 		 338 aa  344  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.63 
 
 		 342 aa  335  7e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  54.83 
 
 		 338 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.95 
 
 		 335 aa  334  1e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.97 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.97 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.97 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  54.08 
 
 		 342 aa  330  3e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.63 
 
 		 342 aa  329  4e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  53.74 
 
 		 342 aa  325  6e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  53.74 
 
 		 342 aa  325  6e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  53.74 
 
 		 342 aa  325  6e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.9 
 
 		 335 aa  322  5e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.88 
 
 		 335 aa  317  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.4 
 
 		 326 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.8 
 
 		 326 aa  299  4e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.92 
 
 		 321 aa  292  5e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  54.37 
 
 		 321 aa  287  1e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  54.76 
 
 		 321 aa  287  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  35.24 
 
 		 350 aa  195  7e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  33.86 
 
 		 350 aa  189  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  36.33 
 
 		 357 aa  188  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  37.8 
 
 		 347 aa  186  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  34.84 
 
 		 339 aa  182  6e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  35.1 
 
 		 370 aa  175  8e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.33 
 
 		 353 aa  152  8e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.02 
 
 		 390 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  32.19 
 
 		 369 aa  149  9e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.31 
 
 		 408 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  34.05 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  33.48 
 
 		 398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.19 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.33 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.92 
 
 		 387 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.92 
 
 		 387 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.47 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  33.05 
 
 		 384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.48 
 
 		 345 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.46 
 
 		 340 aa  132  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  33.92 
 
 		 397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.91 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.91 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.62 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.25 
 
 		 396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  30.56 
 
 		 388 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  27.71 
 
 		 401 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.5 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.94 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.9 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  26.88 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  27.12 
 
 		 404 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.88 
 
 		 401 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.8 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  30.62 
 
 		 315 aa  108  9.000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.65 
 
 		 314 aa  107  4e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.3 
 
 		 299 aa  102  8e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.27 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.27 
 
 		 310 aa  99  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.96 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  30.57 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.33 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.06 
 
 		 310 aa  95.1  2e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.04 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.72 
 
 		 696 aa  73.2  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  28.85 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.89 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  28.85 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  28.85 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  28.85 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.64 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.98 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  29.17 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.88 
 
 		 213 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.88 
 
 		 213 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.88 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 		 211 aa  68.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.08 
 
 		 228 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.07 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.08 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>