187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4419 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 335 aa  679    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  80.9 
 
 		 335 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  83.98 
 
 		 337 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  80.3 
 
 		 335 aa  552  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  74.04 
 
 		 342 aa  518  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  73.75 
 
 		 342 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  73.75 
 
 		 342 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  73.75 
 
 		 342 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  71.81 
 
 		 338 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  75.07 
 
 		 342 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  74.78 
 
 		 342 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  75.38 
 
 		 338 aa  502  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  73.89 
 
 		 342 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  73.89 
 
 		 342 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  73.89 
 
 		 342 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  56.58 
 
 		 327 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  56.58 
 
 		 327 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  56.58 
 
 		 327 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.29 
 
 		 330 aa  348  7e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  54.43 
 
 		 323 aa  339  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  53.77 
 
 		 327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  55 
 
 		 327 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.77 
 
 		 327 aa  335  9e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.77 
 
 		 327 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.52 
 
 		 326 aa  333  3e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.14 
 
 		 327 aa  332  6e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.02 
 
 		 327 aa  331  1e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.83 
 
 		 327 aa  330  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  52.88 
 
 		 328 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  54.97 
 
 		 324 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  49.58 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  50 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  42.77 
 
 		 321 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  42.59 
 
 		 326 aa  235  8e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  37.42 
 
 		 357 aa  232  6e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.32 
 
 		 326 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  36.28 
 
 		 350 aa  222  6e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  35.14 
 
 		 350 aa  218  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  36.39 
 
 		 339 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  37.25 
 
 		 347 aa  205  9e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  35.31 
 
 		 384 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.54 
 
 		 387 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.54 
 
 		 387 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  33.43 
 
 		 370 aa  180  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  34.97 
 
 		 398 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  34.31 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.2 
 
 		 340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.44 
 
 		 390 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.91 
 
 		 353 aa  162  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.23 
 
 		 408 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.95 
 
 		 396 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  33.47 
 
 		 369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  31.53 
 
 		 388 aa  146  6e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.08 
 
 		 384 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.19 
 
 		 342 aa  139  7.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  30.35 
 
 		 401 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  28.27 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.32 
 
 		 341 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  30.09 
 
 		 401 aa  133  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.78 
 
 		 401 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.17 
 
 		 339 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  28.61 
 
 		 404 aa  126  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.63 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.71 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.38 
 
 		 345 aa  119  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.38 
 
 		 345 aa  119  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.5 
 
 		 336 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.83 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.05 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.76 
 
 		 310 aa  99.8  5e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.12 
 
 		 317 aa  99.8  7e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.65 
 
 		 314 aa  92.4  9e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.47 
 
 		 299 aa  92.4  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.2 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.2 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.2 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.83 
 
 		 299 aa  88.6  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.29 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.44 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.63 
 
 		 214 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.19 
 
 		 208 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.44 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.3 
 
 		 696 aa  75.5  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.11 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.11 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  28.5 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.05 
 
 		 235 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  28.5 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.56 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.04 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  28.5 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  28.5 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.04 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.04 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.42 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.42 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.42 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.75 
 
 		 218 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.75 
 
 		 218 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  22.32 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>