183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0065 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 330 aa  676    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  86.06 
 
 		 327 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  85.45 
 
 		 327 aa  578  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  85.45 
 
 		 327 aa  578  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  85.76 
 
 		 327 aa  559  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  85.15 
 
 		 327 aa  554  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  85.15 
 
 		 327 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  84.85 
 
 		 327 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  84.55 
 
 		 327 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  85.15 
 
 		 327 aa  552  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  82.78 
 
 		 328 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  80.85 
 
 		 326 aa  525  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  79.39 
 
 		 327 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  77.81 
 
 		 323 aa  519  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  83.89 
 
 		 324 aa  511  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.21 
 
 		 337 aa  360  1e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.87 
 
 		 335 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  57 
 
 		 342 aa  350  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.88 
 
 		 342 aa  350  2e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.95 
 
 		 338 aa  349  3e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  56.66 
 
 		 342 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  56.66 
 
 		 342 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  56.66 
 
 		 342 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  55.03 
 
 		 338 aa  343  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  58.22 
 
 		 342 aa  344  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.88 
 
 		 342 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.88 
 
 		 342 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.88 
 
 		 342 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.47 
 
 		 335 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.99 
 
 		 335 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.2 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.18 
 
 		 326 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.51 
 
 		 321 aa  295  7e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  53.08 
 
 		 321 aa  290  3e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  55.06 
 
 		 321 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  39.36 
 
 		 350 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  38.65 
 
 		 350 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  38.95 
 
 		 347 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  37.41 
 
 		 357 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  36.57 
 
 		 339 aa  192  8e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  35.02 
 
 		 370 aa  178  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.25 
 
 		 390 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  36.11 
 
 		 369 aa  150  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.02 
 
 		 353 aa  149  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.6 
 
 		 387 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.6 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  31.1 
 
 		 398 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.84 
 
 		 408 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  30.03 
 
 		 384 aa  139  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.54 
 
 		 345 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  31 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.66 
 
 		 396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  35.27 
 
 		 397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.73 
 
 		 345 aa  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.93 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.04 
 
 		 339 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.67 
 
 		 345 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.67 
 
 		 345 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.47 
 
 		 341 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.55 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  29.76 
 
 		 388 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.19 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  27.45 
 
 		 401 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.77 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.07 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.56 
 
 		 299 aa  119  9e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  33.48 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.33 
 
 		 401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  27.33 
 
 		 401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.23 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  30.62 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  30.6 
 
 		 404 aa  106  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.52 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.14 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.14 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.07 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.6 
 
 		 310 aa  99.4  8e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.86 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.22 
 
 		 696 aa  73.6  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  27.56 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.33 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  25.23 
 
 		 222 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.31 
 
 		 235 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.59 
 
 		 235 aa  72  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.64 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.7 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.31 
 
 		 211 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.75 
 
 		 227 aa  68.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.77 
 
 		 217 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  24.77 
 
 		 217 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.92 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 217 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>