190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3725 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 384 aa  770    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  72.34 
 
 		 388 aa  504  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  69.03 
 
 		 390 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  64.39 
 
 		 396 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  67.88 
 
 		 401 aa  434  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  63.66 
 
 		 408 aa  424  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  60.71 
 
 		 401 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  61.52 
 
 		 401 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  51.6 
 
 		 384 aa  359  4e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.25 
 
 		 387 aa  358  8e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  56.31 
 
 		 387 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  55.06 
 
 		 397 aa  351  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  54.94 
 
 		 398 aa  348  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.55 
 
 		 353 aa  278  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  45.14 
 
 		 340 aa  241  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  37.46 
 
 		 339 aa  209  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  36.04 
 
 		 350 aa  209  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  35.74 
 
 		 357 aa  207  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  36.14 
 
 		 350 aa  206  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  32.89 
 
 		 370 aa  199  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  36.65 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.61 
 
 		 345 aa  170  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.66 
 
 		 339 aa  169  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.32 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.72 
 
 		 345 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  32.46 
 
 		 404 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.77 
 
 		 341 aa  159  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.18 
 
 		 345 aa  156  7e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.18 
 
 		 345 aa  156  7e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  32.57 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.11 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.42 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.98 
 
 		 336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  33.11 
 
 		 342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.41 
 
 		 335 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.15 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  33.02 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  32.45 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  32.45 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  34.38 
 
 		 369 aa  144  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  32.45 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.68 
 
 		 342 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.02 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.02 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.02 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.35 
 
 		 342 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.49 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.08 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  32.81 
 
 		 327 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  33.2 
 
 		 327 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  32.81 
 
 		 327 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.55 
 
 		 330 aa  122  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.42 
 
 		 327 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.42 
 
 		 327 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  33.2 
 
 		 327 aa  120  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  34.55 
 
 		 321 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.65 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  33.2 
 
 		 323 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.03 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.03 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.64 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  34.09 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  33.8 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.33 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.5 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  32.81 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.63 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  30.28 
 
 		 317 aa  103  6e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.17 
 
 		 326 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.73 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.36 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.38 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.02 
 
 		 215 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.47 
 
 		 310 aa  99.8  7e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.11 
 
 		 235 aa  97.8  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.68 
 
 		 299 aa  95.9  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.82 
 
 		 315 aa  95.5  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.1 
 
 		 211 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.71 
 
 		 696 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.14 
 
 		 299 aa  93.2  6e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.81 
 
 		 208 aa  92.8  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  25.74 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.78 
 
 		 211 aa  92  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.32 
 
 		 211 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.32 
 
 		 211 aa  90.5  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.56 
 
 		 218 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.56 
 
 		 218 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.68 
 
 		 218 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.56 
 
 		 218 aa  90.1  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.56 
 
 		 218 aa  90.1  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.46 
 
 		 218 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  27.32 
 
 		 211 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.32 
 
 		 211 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.32 
 
 		 211 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  27.32 
 
 		 211 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.32 
 
 		 211 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.32 
 
 		 211 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.32 
 
 		 211 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  27.7 
 
 		 213 aa  88.6  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.62 
 
 		 211 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>