193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1823 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1823  formate dehydrogenase gamma subunit  100 
 
 
219 aa  451  1.0000000000000001e-126  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.08 
 
 
227 aa  205  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0452  formate dehydrogenase gamma subunit  38.01 
 
 
226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0797  formate dehydrogenase gamma subunit  39.71 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205396  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.17 
 
 
208 aa  94.4  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1927  formate dehydrogenase, putative  27.03 
 
 
220 aa  94.4  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.58806  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.19 
 
 
353 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.23 
 
 
211 aa  82.8  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  27.31 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.31 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  27.31 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.83 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.83 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.78 
 
 
211 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.85 
 
 
211 aa  79  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.83 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.57 
 
 
211 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.64 
 
 
235 aa  77  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.29 
 
 
696 aa  74.7  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  24.89 
 
 
222 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2812  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.23 
 
 
490 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  28.96 
 
 
398 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.56 
 
 
341 aa  72.4  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.81 
 
 
491 aa  71.6  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.89 
 
 
387 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.89 
 
 
387 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  27.15 
 
 
339 aa  70.9  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.82 
 
 
342 aa  70.1  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2631  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  30.5 
 
 
491 aa  69.7  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  24.55 
 
 
397 aa  69.7  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  26.01 
 
 
384 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  28.37 
 
 
369 aa  68.9  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.18 
 
 
340 aa  68.9  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  27.8 
 
 
370 aa  68.6  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.88 
 
 
213 aa  68.6  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0680  formate dehydrogenase gamma subunit  29.17 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0635  formate dehydrogenase gamma subunit  24.19 
 
 
242 aa  67  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.11337 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  22.62 
 
 
204 aa  67  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.75 
 
 
408 aa  65.9  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.83 
 
 
211 aa  65.9  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.29 
 
 
211 aa  65.9  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  22.97 
 
 
204 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  26.82 
 
 
388 aa  66.2  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  26.24 
 
 
217 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.89 
 
 
384 aa  65.1  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  27.7 
 
 
206 aa  65.1  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2336  formate dehydrogenase gamma subunit  23.73 
 
 
240 aa  64.7  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.723504  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.11 
 
 
390 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.68 
 
 
210 aa  64.3  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.88 
 
 
213 aa  64.7  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.36 
 
 
215 aa  62.4  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  24.23 
 
 
401 aa  62  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2087  hypothetical protein  24.23 
 
 
285 aa  62  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000659531  hitchhiker  0.0000000000148039 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.75 
 
 
218 aa  62  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.69 
 
 
228 aa  62  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.75 
 
 
218 aa  62  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.78 
 
 
396 aa  61.2  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.48 
 
 
211 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.82 
 
 
218 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.7 
 
 
240 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7398  formate dehydrogenase gamma subunit  25.66 
 
 
258 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.757877  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  24 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.38 
 
 
218 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  25.69 
 
 
211 aa  59.7  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.08 
 
 
218 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.08 
 
 
218 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.08 
 
 
218 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.08 
 
 
218 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3922  formate dehydrogenase, putative  24.54 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0709  formate dehydrogenase gamma subunit  24.07 
 
 
227 aa  58.9  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000619237 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 
215 aa  58.9  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  26.15 
 
 
208 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  27.48 
 
 
339 aa  58.5  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3252  formate dehydrogenase gamma subunit  24.07 
 
 
227 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000122704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  27.66 
 
 
327 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.11 
 
 
212 aa  57.8  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1962  deca-heme C-type cytochrome-like protein  27.1 
 
 
241 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.282752  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2001  deca-heme C-type cytochrome-like  27.1 
 
 
241 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0423  hypothetical protein  22.01 
 
 
245 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.158904  normal  0.64717 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.09 
 
 
401 aa  57  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  28.44 
 
 
350 aa  57  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1877  deca-heme C-type cytochrome-like protein  27.1 
 
 
241 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.14633  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  28.32 
 
 
350 aa  56.6  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  24.12 
 
 
208 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  29.65 
 
 
401 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.76 
 
 
228 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.32 
 
 
218 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.793467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  23.68 
 
 
233 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  27.23 
 
 
327 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.23 
 
 
208 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  27.23 
 
 
327 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>