169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1927 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1927  formate dehydrogenase, putative  100 
 
 
220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.58806  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0709  formate dehydrogenase gamma subunit  30.66 
 
 
227 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000619237 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3252  formate dehydrogenase gamma subunit  30.66 
 
 
227 aa  92.8  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000122704 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3922  formate dehydrogenase, putative  30.29 
 
 
227 aa  90.9  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.68 
 
 
227 aa  89.4  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0797  formate dehydrogenase gamma subunit  30.37 
 
 
229 aa  81.6  0.000000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205396  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1823  formate dehydrogenase gamma subunit  27.03 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.83 
 
 
204 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0452  formate dehydrogenase gamma subunit  28.97 
 
 
226 aa  75.1  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.93 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.85 
 
 
211 aa  68.6  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.64 
 
 
215 aa  68.2  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2336  formate dehydrogenase gamma subunit  26.18 
 
 
240 aa  67.4  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.723504  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  30 
 
 
696 aa  68.2  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  27.06 
 
 
217 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  25 
 
 
215 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.85 
 
 
208 aa  67.4  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0635  formate dehydrogenase gamma subunit  25.11 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.11337 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  27.35 
 
 
222 aa  65.1  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.28 
 
 
210 aa  65.1  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.61 
 
 
211 aa  63.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  23.61 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.61 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.61 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  23.61 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.61 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.61 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.61 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.61 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.19 
 
 
211 aa  62  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  27.57 
 
 
218 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.58 
 
 
224 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.58 
 
 
224 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.15 
 
 
228 aa  61.2  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.1 
 
 
218 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  22.22 
 
 
211 aa  61.2  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.58 
 
 
224 aa  61.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.57 
 
 
211 aa  61.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.15 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.15 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.15 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.15 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  23.15 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.85 
 
 
341 aa  58.9  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.88 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  24.2 
 
 
339 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.88 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.88 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.88 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.88 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21820  cytochrome b subunit of formate dehydrogenase  26.48 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.137543 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.85 
 
 
218 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.31 
 
 
239 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.89 
 
 
214 aa  57.4  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  27.52 
 
 
211 aa  56.6  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.24 
 
 
208 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.24 
 
 
208 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.67 
 
 
211 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2812  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.32 
 
 
490 aa  56.2  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.24 
 
 
208 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.24 
 
 
208 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.24 
 
 
208 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.24 
 
 
208 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.71 
 
 
208 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.71 
 
 
208 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 
387 aa  55.1  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.29 
 
 
299 aa  54.7  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  28.99 
 
 
208 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.36 
 
 
208 aa  54.3  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0423  hypothetical protein  26.97 
 
 
245 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.158904  normal  0.64717 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 
387 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.55 
 
 
491 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2631  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  31.5 
 
 
491 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.82 
 
 
211 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.99 
 
 
208 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.67 
 
 
396 aa  53.5  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  25 
 
 
338 aa  53.5  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.79 
 
 
390 aa  53.5  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.58 
 
 
216 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  24.04 
 
 
342 aa  52.8  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.71 
 
 
208 aa  53.1  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.58 
 
 
216 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.34 
 
 
211 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  28.87 
 
 
216 aa  52.4  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  25.33 
 
 
397 aa  52.4  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.11 
 
 
235 aa  52  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  27.54 
 
 
206 aa  52  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  26.36 
 
 
317 aa  52  0.000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.09 
 
 
224 aa  52  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11260  cytochrome b subunit of formate dehydrogenase  23.08 
 
 
236 aa  52  0.000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.29 
 
 
213 aa  52  0.000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.16 
 
 
315 aa  51.6  0.000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0680  formate dehydrogenase gamma subunit  25.41 
 
 
239 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  25.12 
 
 
369 aa  51.6  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.85 
 
 
218 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.87 
 
 
213 aa  51.2  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  23.35 
 
 
384 aa  50.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.84 
 
 
212 aa  50.4  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.53 
 
 
342 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.79 
 
 
218 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.793467 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>