131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3922 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3922  formate dehydrogenase, putative  100 
 
 		 227 aa  461  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3252  formate dehydrogenase gamma subunit  98.24 
 
 		 227 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000122704 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0709  formate dehydrogenase gamma subunit  98.68 
 
 		 227 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000619237 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1927  formate dehydrogenase, putative  30.29 
 
 		 220 aa  90.9  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.58806  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  26.92 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.87 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.17 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  25.51 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.06 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.6 
 
 		 299 aa  65.5  0.0000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.3 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.06 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.04 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2336  formate dehydrogenase gamma subunit  30.94 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.723504  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  26.17 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.18 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  28.57 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.19 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.61 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.64 
 
 		 299 aa  62  0.000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  24.58 
 
 		 309 aa  61.6  0.000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2812  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.96 
 
 		 490 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.85 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  25.37 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2631  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  36.07 
 
 		 491 aa  60.1  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.34 
 
 		 491 aa  58.9  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.37 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.19 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  25.33 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  26.76 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  28.22 
 
 		 321 aa  55.1  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  28.16 
 
 		 369 aa  55.1  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  22.75 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  30 
 
 		 321 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1823  formate dehydrogenase gamma subunit  25 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11260  cytochrome b subunit of formate dehydrogenase  24 
 
 		 236 aa  55.1  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21820  cytochrome b subunit of formate dehydrogenase  25.56 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.137543 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0680  formate dehydrogenase gamma subunit  31.76 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  27.78 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 696 aa  53.1  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.78 
 
 		 208 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.02 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.02 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.02 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.02 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  23.26 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.02 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.66 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.7 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793467 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.23 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  25.82 
 
 		 339 aa  49.7  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1164  formate dehydrogenase gamma subunit  31.43 
 
 		 261 aa  50.1  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.08 
 
 		 326 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.04 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.68 
 
 		 213 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1680  hypothetical protein  24.07 
 
 		 255 aa  50.1  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0799939  normal  0.0725804 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  22.79 
 
 		 213 aa  49.3  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  22.79 
 
 		 213 aa  49.3  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.68 
 
 		 213 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.27 
 
 		 326 aa  49.7  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.1 
 
 		 210 aa  49.7  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.39 
 
 		 341 aa  49.7  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.68 
 
 		 213 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.66 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.31 
 
 		 208 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.31 
 
 		 208 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  25.78 
 
 		 350 aa  49.3  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  22.22 
 
 		 213 aa  48.9  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.07 
 
 		 227 aa  48.9  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  25.35 
 
 		 217 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 208 aa  48.5  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 208 aa  48.5  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.16 
 
 		 321 aa  48.5  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0797  formate dehydrogenase gamma subunit  25.98 
 
 		 229 aa  47.8  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205396  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.2 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.2 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.2 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  31.34 
 
 		 327 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  29.7 
 
 		 342 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  28.57 
 
 		 327 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  29.7 
 
 		 342 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  29.7 
 
 		 342 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  28.57 
 
 		 327 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.34 
 
 		 327 aa  47.4  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.34 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  23.87 
 
 		 211 aa  47  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  28.1 
 
 		 327 aa  47  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  27.09 
 
 		 370 aa  46.6  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.71 
 
 		 338 aa  47  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 208 aa  46.6  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.34 
 
 		 327 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.34 
 
 		 327 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.34 
 
 		 327 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.66 
 
 		 208 aa  46.2  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.45 
 
 		 327 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0452  formate dehydrogenase gamma subunit  26.5 
 
 		 226 aa  45.8  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>